【使用bioawk对基因组fasta序列ID（染色体/scaffold名称）排序？】的更多相关文章

使用bioawk对基因组fasta序列ID（染色体/scaffold名称）排序？

目录 需求 实现 需求 已知某基因组序列,染色体或scaffold ID顺序不定,想要对其按数字排序. 原顺序: 想要的排序结果: 实现 使用bioawk,没有的话conda直接安装. bioawk -c fastx '{print}' old.genome.fa | \ sort -k1,1V | awk '{print ">"$1;print $2}' >new.genome.fa https://www.biostars.org/p/494201/…

通过bed文件获取fasta序列

一.BED 文件格式 BED 文件格式提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释的信息.BED行有3个必须的列和9个额外可选的列. 每行的数据格式要求一致. 必须包含的3列: 1.chrom, 染色体名字(e.g. chr3, chrY) 2.chromStart, 目标区段在染色体起始位置,染色体第一个碱基的位置是0 3.chromEnd, 目标区段在染色体结束位置,染色体的末端位置没有包含到显示信息里面.例如,首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chrom…

php 统计fasta 序列长度和GC含量

最近php7的消息铺天盖地, 忍不住想尝试下.星期天看了下语法, 写个小脚本练下手: 这个脚本读取fasta 文件, 输出序列的长度和GC含量: <?php $fasta = "test.fasta"; $meta = array(); $meta = parse_fasta($fasta); write_res($meta); function parse_fasta($fasta) { $meta = array(); $file_handle = fopen($fasta,…

bowtie2-inspect 根据bowtie2的索引取得fasta 序列

今天运行tophat2的时候看到下面这条记录: [2016-02-27 11:40:03] Checking for reference FASTA file Warning: Could not find FASTA file /home/pub/database/Human/hg19/bowtie2_db/hg19.fa.fa [2016-02-27 11:40:03] Reconstituting reference FASTA file from Bowtie index Executi…

samtools faidx 命令处理fasta序列

samtools faidx 能够对fasta 序列建立一个后缀为.fai 的文件,根据这个.fai 文件和原始的fastsa文件, 能够快速的提取任意区域的序列 用法: samtools faidx input.fa 该命令对输入的fasta序列有一定要求:对于每条序列,除了最后一行外, 其他行的长度必须相同, >one ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCAT GCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC ATGCAT >two another chro…

据时间生成唯一序列ID

据时间生成唯一序列ID /** * <html> * <body> * <P> Copyright 1994 JsonInternational</p> * <p> All rights reserved.</p> * <p> Created on 19941115</p> * <p> Created by Jason</p> * </body> * </html>…

order by id asc得出的排序是什么原理

我们要用order by id asc得出的排序应该是,4,好了原理就这么简. sql实现方法,代码如下: : 代码如下: $sql ="Select 字段 from 表名 where id>3 order by id asc limit 1"; 得出的结果与我们想的是一样的,好了最后我把自己以前写的一个函数分享给各位,代码如下:代码如下: /* int $tag 0 int $fid*/ function nextPre($tag=0,$zid,$fid) { if( $tag…

Python之利用reduce函数求序列的最值及排序

在一般将Python的reduce函数的例子中,通常都是拿列表求和来作为例子.那么,是否还有其他例子呢?   本次分享将讲述如何利用Python中的reduce函数对序列求最值以及排序.   我们用reduce函数对序列求最值的想法建立在冒泡排序的算法上.先上例子? from functools import reduce from random import randint A = [randint(1, 100) for _ in range(10)] print('The origin l…

B表中的pid对应A表中id，查询A表中数据，根据b表中对应a表中该id的数据数目排序

B表中的pid对应A表中id,查询A表中数据,根据b表中对应a表中该id的数据数目排序 select a.*,count(*) as c from a left join b on a.id=b.aid group by a.id ORDER BY c desc…

简单的 通过ID获取文件名称

模型中的方法class 模型名{ /** * 通过ID获取文件名称 */ public static function getNameById($id) { $model = self::findOne($id); if($model) { return $model->file_name; } return ''; }}…