reference:https://davetang.org/wiki/tiki-index.php?page=SAM @SQ SN:contig1 LN:9401 (序列ID及长度) 参考序列名,这些参考序列决定了比对结果sort的顺序,SN是参考序列名:LN是参考序列长度:每个参考序列为一行. @PG ID:bowtie2 PN:bowtie2 VN:2.0.0-beta7 (比对所使用的软件及版本) 这里的ID是bwa,PN是bwa,VN是0.7.12-r1039版本.CL可以认为是运行程…

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b…

原文链接 https://www.jianshu.com/p/386f520e5de1 The SAM Format Specification(sam格式说明) 1 The SAM Format Specification sam是一种序列比对后的输出格式,以tab作为分隔符,包括头部信息和比对信息.其中头部信息必须在比对信息之前.头部信息的开头是@,但是比对行不是.每一个比对行有11个重要的比对信息元素,如果比对位置和校准信息等. 1.1 An example FCC0YG3ACXX:2:1…

picard对bwa生成的sam文件进行reorder时,报错如下: Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; Line 18676 Line: ST-E00126:284:H37TJALXX:8:1101:4158…

Near-optimal RNA-Seq quantification https://pachterlab.github.io/kallisto 文章标题:   Pseudoalignment for metagenomic read assignment   文章摘要:   We explore connections between metagenomic read assignment and the quantification of transcripts from RNA-Seq…

Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don't know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now to review terminology in our Dictionary entryReferenc…

Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowtie2使用 碱基 序列 种子 前导链 错配 基因组 末端 标题: Bowtie和Bowtie2使用 摘要: [Bowtie和Bowtie2使用]bowtie 比对http: bowtie-bio sourceforge net index shtmlhttp: www ncrna net bowti…

by Umer Zeeshan Ijaz The purpose of this tutorial is to introduce students to the frequently used tools for NGS analysis as well as giving experience in writing one-liners. Copy the required files to your current directory, change directory (cd) to t…

HTSeq:一个用于处理高通量数据(High-throughout sequencing)的python包.HTSeq包有很多功能类,熟悉python脚本的可以自行编写数据处理脚本.另外,HTSeq也提供了两个脚本文件能够直接处理数据:htseq-qa(检测数据质量)和htseq-count(reads计数). 用法:htseq-count [options] <alignment_file> <gff_file> <alignment_file> : contains…

来源:STARmanual.pdf 来源:Calling variants in RNAseq PART0 准备工作 #STAR 安装前的依赖的工具 #Red Hat, CentOS, Fedora. sudo yum update sudo yum install make sudo yum install gcc-c++ sudo yum install glibc-static PART1 Quick start #STAR Basic workflow ###1. Generating…

转载:http://www.zilhua.com/2081.html 参考资料:http://bioinfo.mc.vanderbilt.edu/NGS/software.htm 1. Mapping BFAST: A fast and accurate tool for mapping of short reads to reference sequences. BWA: A fast light-weighted tool that aligns short nucleotide seque…

转载:http://blog.sina.com.cn/s/blog_6721167201018jik.html Change Logs: 13/01/12: 增加了一篇文献,外加一些无聊的修改.12/08/20: 修正了一个代码错误:增加了对-rf(Read filters)参数的说明.12/08/14: 补充了2.x版本有改动的一些地方.12/08/10: 更正一个错误.12/11/06:因为后面一直都没什么时间,同时也觉得没有什么好讲的了就一直搁置了,在这边再补充说明一下,其实GATK毕竟只…

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 随着測序技术的不断提高.二代測序数据成指数增长. NCBI提供了SRA数据库存储这些数据. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据,NCBI提供了下载的命令行工具:sra-toolkit. 包含下面命令: 官方文档: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi…

1. Blast (1)格式化数据库 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要参数: -i 输入需要格式化的源数据库名称 -p 文件类型,是核苷酸序列数据库(F - nucleotide)/蛋白质序列数据库(T – protein),default = T -a 输入数据库的格式是否为ASN.1/FASTA [T/F],default = F -o 解析选项:解析序列标识并且建立目录[T/F],default = F -l 自定义log文件命令defa…

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1.根据本物种已有的miRNA序列进行比对, 已知当miRNA序列从 miRBase或者 sRNAanno得到 (应该将clean reads比对到所研究物种到tRNA, rRNA, snoRNA,mRNA等数据,允许一个错配,将比对上等reads过…

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670…

参考资料: SAMtools(官网) SAM Spec v1.4 (SAM格式 说明书) (重要) samtools-1.3.1 使用手册 (SAMtools软件说明书) samtools常用命令详解(博客园) SAM格式定义(博耘生物) samtools使用方法(plob) 这个学习急不来,而且比对非常重要,先把上面的官方SAM/BAM格式说明文件看透`Sequence Alignment/Map Format Specification` SAMtools解决的问题 非常多序列(read),…

1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f…

Sam&bam文件 SAM是一种序列比对格式标准, 由sanger制定,是以TAB为分割符的文本格式.主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示,当然也可以表示任意的多重比对结果.当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成:而map结果是类似…

1,SAM文件格式介绍 SAM(The Sequence Alignment / Map format)格式,即序列比对文件的格式,详细介绍文档:http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf SAM文件由两部分组成,头部区和主体区,都以tab分列.头部区:以’@'开始,体现了比对的一些总体信息.比如比对的SAM格式版本,比对的参考序列,比对使用的软件等.主体区:比对结果,每一个比对结果是一行,有11个主列和一个可选列. 2,头部区简要介绍 @HD V…

内网技巧-通过SAM数据库获得本地用户hash的方法 在windows上的C:\Windows\System32\config目录保存着当前用户的密码hash.我们可以使用相关手段获取该hash. 提取的时候需要管理员权限,普通权限没办法提取出来 方案一 secretsdump.py 利用工具 https://github.com/SecureAuthCorp/impacket/blob/master/examples/secretsdump.py #!/usr/bin/env python f…

Spring resource bundle多语言,单引号format异常 前言 十一假期被通知出现大bug,然后发现是多语言翻译问题.法语中有很多单引号,单引号在format的时候出现无法匹配问题.这个问题是由spring resource bundle 并调用MessageFormat引起的,根本原因是MessageFormat会转义单引号. 创建一个简单的多语言demo,重现异常 1.配置 @Bean public ResourceBundleMessageSource messageSo…

参考文章:http://www.liangshunet.com/ca/201303/218815742.htm 字符串之间的连接常用的两种是:“+”连接.string.format格式化连接.StringBuilder 连接 1.什么时候使用“+”连接呢? 待连接的字符串在6个以下,可以使用 + 连接 使用 + 连接最终会调用 String.Concat 方法,当同时连接几个字符串时,并不是每连接一个都分配一次内存,而是把几个字符都作为 String.Concat 方法的参数,只分配一次内存,如…

题目原文: Calculate a + b and output the sum in standard format -- that is, the digits must be separated into groups of three by commas (unless there are less than four digits). Input Each input file contains one test case. Each case contains a pair of i…

Conversion to Dalvik format failed: Unable to execute dex: Multiple dex files define ... 这个错误是因为有两个相同的jar包,删除其中一个就可以正常运行了.…

转自:http://blog.csdn.net/samsone/article/details/7556781 1.格式化货币(跟系统的环境有关,中文系统默认格式化人民币,英文系统格式化美元) string.Format("{0:C}",0.2) 结果为:￥0.20 (英文操作系统结果:$0.20) 默认格式化小数点后面保留两位小数,如果需要保留一位或者更多,可以指定位数string.Format("{0:C1}",23.15) 结果为:￥23.2 (截取会自动四舍…

VBA 格式化字符串 VBA 的 Format 函数与工作表函数 TEXT 用法基本相同,但功能更加强大,许多格式只能用于VBA 的 Format 函数,而不能用于工作表函数 TEXT ,以下是本人归纳的几点用法,希望对学习VBA有所裨益.Format(值,格式(可选参数))一.数字格式:1.General Number:普通数字,可以用来去掉千位分隔号和无效 0 .如:Format("1,234,567.80", "General Number")="1…

   上回书,我们说到飞天玉虎蒋伯芳来到蜈蚣岭,不是,重来,上回咱们说到可以在Erlang Shell里面手工构造,加载并调用一个模块.在那个demo里面,我把多个Form单独生成出来,最后放在一起做compile:forms,是不是可以简单点?我们先看完整的module代码,erl_scan:string之后是什么样子的:   erl_syntax   Eshell V5.10.2 (abort with ^G) 1> Code = "-module(t).\n-export([say/…

Erlang Abstract Format并不难懂,只是枯燥一点罢了,如果把Abstract Format的文档翻译出来,其实就是Erlang教科书中语法入门的部分. Erlang Abstract Format实际上是用Erlang代码的AST,下面通过一些真切的实例代码了解一下它的一些细节. 首先,Erlang Abstract Format里面包含一些概念,我会在下面的描述中把涉及到的概念字体加粗.请注意概念之间的层次关系.Erlang代码本身使用非常扁平的module组织,每一个mod…

C#中string.format用法详解 本文实例总结了C#中string.format用法.分享给大家供大家参考.具体分析如下: String.Format 方法的几种定义: String.Format (String, Object) 将指定的 String 中的格式项替换为指定的 Object 实例的值的文本等效项. String.Format (String, Object[]) 将指定 String 中的格式项替换为指定数组中相应 Object 实例的值的文本等效项. String.F…