scipy构建稀疏矩阵

from scipy.sparse import csr_matrix import numpy as np indptr = np.array([0, 2, 3, 6]) indices = np.array([0, 2, 2, 0, 1, 2]) data = np.array([1, 2, 3, 4, 5, 6]) #表示要构建稀疏矩阵的数据 #按照行来压缩, #方法:第i行(本例中i=0,1,2), #非零数据列的索引为indices[indptr[i]:indptr[i+1]] #非零…

scipy.sparse 稀疏矩阵

from 博客园(华夏35度)http://www.cnblogs.com/zhangchaoyang 作者:Orisun 本文主要围绕scipy中的稀疏矩阵展开,也会介绍几种scipy之外的稀疏矩阵的存储方式. dok_matrix 继承自dict,key是(row,col)构成的二元组,value是非0元素. 优点: 非常高效地添加.删除.查找元素转换成coo_matrix很快缺点: 继承了dict的缺点,即内存开销大不能有重复的(row,col) 适用场景: 加载数据文件时使用dok…

用R的dgCMatrix包来构建稀疏矩阵 | sparse matrix by dgCMatrix

sparse matrix是用来存储大型稀疏矩阵用得,单细胞表达数据基本都用这个格式来存储,因为单细胞很大部分都是0,用普通文本矩阵存储太占空间. 使用也是相当简单: library("Matrix") readsCount <- read.csv("data/count.csv", header = T, row.names = 1) readsCountSM <- as(as.matrix(readsCount), "dgCMatrix&q…

Python教程：进击机器学习（五）--Scipy《转》

Scipy简介文件输入和输出scipyio 线性代数操作scipylinalg 快速傅里叶变换scipyfftpack 优化器scipyoptimize 统计工具scipystats Scipy简介 Scipy是一个高级的科学计算库,它和Numpy联系很密切,Scipy一般都是操控Numpy数组来进行科学计算,所以可以说是基于Numpy之上了.Scipy有很多子模块可以应对不同的应用,例如插值运算,优化算法.图像处理.数学统计等. 以下列出Scipy的子模块: 模块名功能 scipy.clu…

1.5 Scipy：高级科学计算

sklearn实战-乳腺癌细胞数据挖掘(博主亲自录制视频教程) https://study.163.com/course/introduction.htm?courseId=1005269003&utm_campaign=commission&utm_source=cp-400000000398149&utm_medium=share 医药统计项目可联系 QQ:231469242 http://www.kancloud.cn/wizardforcel/scipy-lecture-n…

稀疏矩阵在Python中的表示方法

对于一个矩阵而言,若数值为零的元素远远多于非零元素的个数,且非零元素分布没有规律时,这样的矩阵被称作稀疏矩阵:与之相反,若非零元素数目占据绝大多数时,这样的矩阵被称作稠密矩阵. 稀疏矩阵在工程应用中经常被使用,尤其是在通信编码和机器学习中.若编码矩阵或特征表达矩阵是稀疏矩阵时,其计算速度会大大提升.对于机器学习而言,稀疏矩阵应用非常广,比如在数据特征表示.自然语言处理等领域.用稀疏表示和工作在计算上代价很高,需要专门处理稀疏矩阵的表示和操作等,但是这些操作可以大幅提升性能. Python中的稀疏…

matlab——sparse函数和full函数（稀疏矩阵和非稀疏矩阵转换）

函数功能:生成稀疏矩阵使用方法 :S = sparse(A) 将矩阵A转化为稀疏矩阵形式,即矩阵A中任何0元素被去除,非零元素及其下标组成矩阵S.如果A本身是稀疏的,sparse(S)返回S. S = sparse(i,j,s,m,n,nzmax) 由向量i,j,s生成一个m*n的含有nzmax个非零元素的稀疏矩阵S,并且有 S(i(k),j(k)) = s(k).向量 i,j 和 s 有相同的长度.对应对向量i和j的值,s 中任何零元素将被忽略.s 中在 i 和 j 处的重复值将被叠加. 注…

统计学习方法 | 第1章统计学习方法概论 | Scipy中的Leastsq()

Scipy是一个用于数学.科学.工程领域的常用软件包,可以处理插值.积分.优化.图像处理.常微分方程数值解的求解.信号处理等问题.它用于有效计算Numpy矩阵,使Numpy和Scipy协同工作,高效解决问题. Scipy是由针对特定任务的子模块组成: 模块名应用领域 scipy.cluster 向量计算/Kmeans scipy.constants 物理和数学常量 scipy.fftpack 傅立叶变换 scipy.integrate 积分程序 scipy.interpolate 插值 sci…

SciPy 基础功能

章节 SciPy 介绍 SciPy 安装 SciPy 基础功能 SciPy 特殊函数 SciPy k均值聚类 SciPy 常量 SciPy fftpack(傅里叶变换) SciPy 积分 SciPy 插值 SciPy 输入输出 SciPy 线性代数 SciPy 图像处理 SciPy 优化 SciPy 信号处理 SciPy 统计默认情况下,所有NumPy函数都可以在SciPy(命名空间)中使用.当导入SciPy时,不需要显式地导入NumPy函数.NumPy的主要对象是n次多维数组ndarray,…

SciPy 介绍

章节 SciPy 介绍 SciPy 安装 SciPy 基础功能 SciPy 特殊函数 SciPy k均值聚类 SciPy 常量 SciPy fftpack(傅里叶变换) SciPy 积分 SciPy 插值 SciPy 输入输出 SciPy 线性代数 SciPy 图像处理 SciPy 优化 SciPy 信号处理 SciPy 统计 SciPy,发音为Sigh Pi,是一个python开源库,在BSD授权下发布,主要用于数学.科学和工程计算. SciPy库依赖于NumPy,NumPy提供了方便和快速的…

利用Python进行数据分析(1) 简单介绍

一.处理数据的基本内容数据分析是指对数据进行控制.处理.整理.分析的过程. 在这里,“数据”是指结构化的数据,例如:记录.多维数组.Excel 里的数据.关系型数据库中的数据.数据表等. 二.说说 Python 这门语言 Python 是现在最受欢迎的动态编程语言之一(还有 Perl.Ruby 等).近些年非常流行用 Python 建站,比如流行的 Python Web 框架 Django. Python 这类语言被称为脚本语言,因为它们可以编写简短粗糙的小程序,即脚本.不过这好像在说 Py…

Python笔记001-----简介及常用的库

1.Python是一种解释性语言,大部分代码要比编译型语言(如C++,java等)运行要慢点多.2.对于高并发,多线程的应用程序而言,Python并不是理想语言,python有全局解释器锁(Global Interpreter Lock, GIL),放置解释器同时执行多条Python字节码指令的机制.并不是说Python不能执行真正的多线程并行代码,只不过这些代码不能在单个Python进程中执行而已.比如说,Cython项目可以集成OpenMP(一个用于并行计算的C框架)以实现并行处理循环进而大…