做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意…

很多时候第三方库或其他项目提供的库多数会以动态库的形式提供dll以及相应的lib导入库.头文件,不过也有的只是提供dll和头文件,或者也提供了def模块定义(用于导出函数)文件,此时若使用将不得不调用LoadLibrary以及GetProcAddress以获取一系列需要的函数,相对来说比较繁琐:多数人更喜欢使用引入库的方式. 此时需要通过提供的dll或者def文件来获取lib导入库文件,操作步骤如下: 1. 若只提供dll,则需通过dumpbin工具提取dll中导出的各个函数: dumpbin…

在讲解提取css之前,我们先看下项目的架构如下结构: ### 目录结构如下: demo1 # 工程名 | |--- dist # 打包后生成的目录文件 | |--- node_modules # 所有的依赖包 | |--- app | | |---index | | | |-- views # 存放所有vue页面文件 | | | | |-- index.vue | | | | |-- list.vue | | | |-- components # 存放vue公用的组件 | | | |-- js…

  Cocos2d-x游戏导出android工程,提取cocos的so文件   原本cocos游戏的android工程编译时,需要将cocos的库文件进行编译,这些文件大部分是cpp文件, 使用ndk-build工具编译cpp文件非常慢,而且非常耗cpu,大概需要10-20分钟才能编译完成,这个还是因为我换了固态硬盘后的效果,没固态硬盘可能就gg   这个等待时间可能是一个不错的水群时间,或者上去看看新闻,有哪个好看的,好玩的. 但事与愿违啊! 电脑编译这个工程已经占据的80%cpu,这叫人怎么…

Linux shell 中提取zip或jar文件中的某个文件 假如有个压缩包 abc.jar, 里面文件如下 (可以用unzip -l abc.jar 查看): data/1.txt data/2.txt 那就可以如下提取里面指定的文件到指定的位置,但上级目录将不会被创建.不加-d参数就解压到当前目录,-d参数可以指定不存在的目录,会自动创建.解压得到的文件名不变. unzip -j abc.jar data/2.txt -d /tmp/data_in_abc…

虽说渐渐地Mac笔记本基本告别内置光驱时代了,随着网络的普及,使用到光驱的机会也渐少,但有时又难免需要光驱,比如二货出版社的随书光盘等…我们可以通过USB外置光驱将光盘内容提取为ISO文件保存到电脑里,方便以后可以随时进行读取或重新再刻录成光盘. 利用MAC OS X 系统自带的“磁盘工具”即可实现光盘镜像提取功能. 1.“Finder”->”前往“->”实用工具“ 2.选择相应的光驱,然后选择“新建映像” 3.映像格式选择为”DVD/CD 主映像“,然后设定存储路径保存即可. 最后,会生成一…

如何使用Keka for Mac提取受密码保护的文件?keka Mac是很多人喜欢的压缩解压工具,以小巧,使用简单,界面简洁受到很多Mac用户的喜欢,你还可以使用它提取文件,下面我们就来介绍一下关于用Keka提取文件的方法. https://www.macdown.com 用Keka提取文件的格式RAR,7z,Lzma,xz,Zip,Tar,Gzip,Bzip2,ISO,EXE,CAB,PAX如何提取支持的文件如果您已将Keka设置为默认提取应用程序,只需双击压缩文件即可将其解压缩将一些压缩文件…

webpack 提取css成单独文件 // 用来拼接绝对路径的方法 const {resolve} = require('path') const HtmlWebpackPlugin = require('html-webpack-plugin') const MiniCssExtractPlugin = require('mini-css-extract-plugin') module.exports = { // webpack 配置 // 入口起点 entry : './src/index…

1.下载安装bcftools. 2.准备样本ID文件,这里命名为samplelistname.txt,一个样本一行,如下所示: sample1 sample2 sample3 3.输入命令: bcftools view -S samplelistname.txt /1000genomes/ALL.chr16.phase3_shapeit2_mvncall_integrated_v5a.20130502.genotypes.vcf.gz -Ov > samplelist_1000Genomes.v…

le final.snp.list | perl -lane '{$a+=1;print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$F[1]"}' | less >snp_site le final.indel.vcf |grep -v '^#' | less -S|perl -lane '{$a+=1;$b=$F[1]+length($F[3]);print "$a\t$F[0]\t$F[1]\t$b"}' | less -S >indel_site…