利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: /bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz /bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz…

Android使用DOM生成和输出XML格式数据 本文主要简单解说怎样使用DOM生成和输出XML数据. 1. 生成和输出XML数据 代码及凝视例如以下: try { DocumentBuilderFactory factory = DocumentBuilderFactory.newInstance(); DocumentBuilder builder = factory.newDocumentBuilder(); //创建一个新的Document对象.并不是获取 Document xmlDoc…

使用filebeat收集系统日志,不同应用的日志,然后把这些日志传输给Logstash,再然后交由elasticsearch处理,那么如何区分不同的日志来源呢? filebeat.yml配置文件中不启动模块,全部使用如下方式输出日志 filebeat.inputs: - type: log enabled: true paths: - /var/log/logstash/logstash-plain.log fields: log_source: logstash fields_under_ro…

版本为1.2.3的shiro API chm个事故文档生成. 获取shiro源代码 编译生成API文档 转换成chm格式 API 获取shiro源代码 shiro官网: http://shiro.apache.org/ 下载源代码资源包,使用myeclipse/eclipse将代码加入工程中.如: 需要使用到的jar包: 编译生成API文档 转换成chm格式 API 下载 javadoc2chm 转换非常简单,安装 javadoc2chm.1.3.1.11.msi 之后,启动,选择index.h…

版本号为1.2.3的shiro API chm个事故文档生成. 获取shiro源码 编译生成API文档 转换成chm格式 API 获取shiro源码 shiro官网: http://shiro.apache.org/ 下载源码资源包,使用myeclipse/eclipse将代码增加project中.如: 须要使用到的jar包: 编译生成API文档 Created with Raphaël 2.1.2项目Export选择java下的javadoc选择要导出的projectjava doc的配置设置…

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意…

在节点中加上"checked"属性,会自动生成checkbox. 获取选中节点 var nodeArray = ""; var nodesObj = mytree.getChecked(); var i;var length=nodesObj .length; for (i = 0; i < length; i++) { nodeArray += nodesObj[i].id + ',';     //允许多选的情况.如果不允许多选,就直接nodesObj[i…

数据库格式: 数据库mysql语句: FROM_UNIXTIME( s.timemodified, '%Y-%m-%d %h:%i:%s' ) 生成结果: 测试sql为: SELECT *, FROM_UNIXTIME( timemodified , '%Y-%m-%d %h:%i:%s' ) FROM scorm ORDER BY id DESC…

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge…

在做数据接口时,我们通常要获取第三方数据接口或者给第三方提供数据接口,而这些数据格式通常是以XML或者JSON格式传输,本文将介绍如何使用PHP生成XML格式数据供第三方调用以及如何获取第三方提供的XML数据. 生成XML格式数据 我们假设系统中有一张学生信息表student,需要提供给第三方调用,并有id,name,sex,age分别记录学生的姓名.性别.年龄等信息. CREATE TABLE `student` ( `id` int(11) NOT NULL auto_increment,…