GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以'>'开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje…

工具推荐:https://github.com/openvax/gtfparse 真不敢相信,Linux自带的命令会这么强大,从gtf中提取出需要的transcript,看起来复杂,其实一个grep就搞定了. grep -F -f out.list gffcmp.combined.gtf > test.out 本文出自于http://www.bioinfo-scrounger.com转载请注明出处 gffcompare官网 gffcompare和gffread可以认为是专门开发出来用于处理gff…

GFF3是GFF注释文件的新标准.文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开. 依次是: 1. reference sequence:参照序列 指出注释的对象.如一个染色体,克隆或片段.可以有多个参照序列. 该id的取名不能以’>’开头,不能包含空格. 2. source :来源 注释的来源.如果未知,则用点(.)代替. 3. type      :类型 属性的类型.建议使用符合SO惯例的名称(sequence ontology,参看[[Sequence Ontology Proje…

1)gff3及gtf2简介 一个物种的基因组测序完成后,需要对这些数据进行解读,首先要先找到这些序列中转录起始位点.基因.外显子.内含子等组成元件在染色体中的位置信息(即注释)后才能再进行深入的分析.gff/gtf是贮存这些注释信息的两种文件格式. GFF(general feature format):这种格式主要是用来注释基因组. 现大部分利用的是第三版,即gff3. GTF(gene transfer format):主要是用来对基因进行注释.当前所广泛使用的gtf格式为第二版,即gtf2…

SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一, 安装: 首先在家目录下, 下载安装包 wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/s…

StringTie 参考链接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html 参数简介 StringTie的基本用法: stringtie <aligned_reads.bam> [options]* 其中,aligned_reads.bam 是输入文件,该输入文件要求必须按其基因组位置排序, HISA…

最近需要做转座子分析,查找发现可以使用 TransposonPSI 来进行分析.但是登陆官网,该软件 update 时间为 2013 年,但是因为时间紧迫,暂时还没有进行其他方法的调研,所以先选用该软件进行了分析. 一.TransposonPSI 安装及使用 1. TransposonPSI 安装 官网: http://transposonpsi.sourceforge.net 下载地址:https://sourceforge.net/projects/transposonpsi/ 压缩包非常小…

之间介绍过annovar进行对snp注释,今天介绍snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes 详细的说明请阅读: http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html 一.安装 1 wget http://sourceforge.net/projec…

参考: GFF格式说明 Generic Feature Format Version 3 (GFF3) 先下载一个 gtf 文件浏览一下 1 havana gene 11869 14409 . + . gene_id "; 1 havana transcript 11869 14409 . + . gene_id "; 有一个 R 的版本,可以看一看:R的bioconductor包TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene详解 另外,看看 Bioconducto…

错误的原因是使用了两次MM . 一.Oracle中使用to_date()时格式化日期需要注意格式码 如:select to_date('2005-01-01 11:11:21','yyyy-MM-dd HH24:mm:ss') from dual;原因是SQL中不区分大小写,MM和mm被认为是相同的格式代码,所以Oracle的SQL采用了mi代替分钟.select to_date('2005-01-01 11:11:21','yyyy-MM-dd HH24:mi:ss') from dual;…

一.事件回放  今天工作时碰到了一个奇怪的问题,这个问题很早很早以前也碰到过,不过没想到过这么久了竟然又栽在这里. 当时正在联调一个项目,由于后端没有提供数据接口,于是我直接本地建立了一个 json 文件,然后把配置的URL指向这个json文件,文件内容大概如下 : // account.json { success: true, data: [{ id: "1", name: "张XX", job: "员工", type: 1 }] } 嗯,一…

原因: Excel2007设置过单元格格式后,并不能立即生效必须挨个双击单元格,才能生效.数据行很多.效率太低. 原因:主要是一些从网上拷贝过来的日期或数字excel默认为文本格式或特殊-中文数字格式大小写. 手动设置单元格,将格式改成日期格式,但仍不能参与计算. 只有挨个单元格双击,才能生效:才可以计算. 解决: 选中整列,"数据"--->"分列"--->"分隔符号"--->"下一步"--->&quo…

有些功能部分手机不能使用,网站,通讯录,wifi基本上每个手机都可以使用. 在看之前你可以扫一扫下面几个二维码先看看效果: 1.二维码生成 网址 (URL) 包含网址的 二维码生成 是大家平时最常接触到的(例如:http://dnt.dkill.net),二维码识别软件能够通过 http://前缀 知道数据代表的是一个网址.使用{URLTO:www.baidu.com} 类似的语法格式也能让识别软件认出网址. 2.二维码生成 电子邮箱地址(E-mail Address) 互联网上大家联络时基本都…

参考:https://msdn.microsoft.com/en-us/library/97af8hh4.aspx 测试代码: using System; using System.Collections.Generic; using System.Linq; using System.Text; namespace GuidToString { class Program { static void Main(string[] args) { Console.WriteLine(" -->…

WebApi返回json格式字符串, 在网上能找到好几种方法, 其中有三种普遍的方法, 但是感觉都不怎么好. 先贴一下, 网上给的常用方法吧. 方法一:(改配置法) 找到Global.asax文件,在Application_Start()方法中添加一句: protected void Application_Start() { AreaRegistration.RegisterAllAreas(); WebApiConfig.Register(GlobalConfiguration.Config…

原理篇: 一.编码的意义. 让我们从一个简单的问题开始,-2&-255(中间的操作符表示and的意思)的结果是多少,这个很简单的问题,但是能够写出解答过程的人并不 多.这个看起来和图片格式没有关系的问题恰恰是图片格式的核心内容以至于整个计算机系统的核心内容,多媒体技术虽然没有数据结构,操作系统等计算机基础课 所占的地位重,但是在于研究编码方面有着非常重要的地位.图像其实可以看做一种特殊编码过的文件. 二.从简单的24位bmp开始 bmp是最常见也是编码方式最简单的图片格式,这里不说明一幅图片是怎…

一.Ibatis常用动态sql语法,简单粗暴用一例子 <select id="iBatisSelectList" parameterClass="java.util.HashMap" resultMap="BeanFieldMap">        SELECT            Column_list        FROM            Table_name        WHERE 1=1            &l…

回到目录 关于持久化到Redis的消息格式,主要是说在Broker上把消息持久化的过程中,需要存储哪些类型的消息,因为我们的消息是分topic的,而每个topic又有若干个queue组成,而我们的topic和queue由于redis存储结构的原因,我们需要将它们分区对应存储一下,而不能像关系型数据库那样灵活,所以要额外设计几个数据结构来存储它们. 一 Topic字典 二 Topic对应的Queue字典 三 Queue里的消息 四 某个客户端对应某个Queue的消费进度 以上四个结构是我们要说的,…

//判断手机号码格式是否正确 + (BOOL)valiMobile:(NSString *)mobile{     mobile = [mobile stringByReplacingOccurrencesOfString:@" " withString:@""];     if (mobile.length != 11)     {         return NO;     }else{         /**          * 移动号段正则表达式    …

一.初始化参数绑定[一种日期格式] 配置步骤: ①:在applicationcontext.xml中只需要配置一个包扫描器即可 <!-- 包扫描器 --> <context:component-scan base-package="cn.happy.controller"></context:component-scan> ②:在处理器类中配置绑定方法  使用@InitBinder注解 在这里首先注册一个用户编辑器 参数一为目标类型   proper…

说明 简称FB格式,是一个简单的二进制文件打包格式. 作用是FBX.unity.js等交换的一个中间格式. 由李剑英制定,易于读取,易于扩展 相应的代码可以用svn取得 SVN:http://code.taobao.org/svn/hayabusa/trunk/fbxdumpxna 浏览器查看:http://code.taobao.org/p/hayabusa/src/trunk/fbxdumpxna/   该格式中所有的字符串.整数写入方式均为一致的 实践 我们在实践中的使用方法是,将fbxd…

从公开介绍来看,ProtocolBuffer(PB)是google 的一种数据交换的格式,它独立于语言,独立于平台.作为一个学了多年通信的人,ProtocolBuffer在我看来是一种信源编码.所谓信源编码,就是将待传输的信源符号经过某种变换,转换成码流进行传输的这个变换过程.信源编码可分为两类:有损编码与无损编码,PB自然是属于无损编码,在无损编码中,又分为定长编码和变长编码,定长编码就是一个符号变换后的码字的比特长度是固定的,比如ASCII.Unicode都是定长编码,码字是8比特,16比特…

从es 取出来一个date 字段, 结果竟然是 2016-10-10T10:48:58.000Z 这样的字符串, 这个是什么格式啊??? CST ? 只能自己转换了! 通过"yyyy-MM-dd'T'hh:mm:ss.SSS'Z'" String s = "2016-10-10T10:48:58.000Z"; Date parseDateTime = DateUtil.parseDateTime(s, "yyyy-MM-dd'T'hh:mm:ss.SSS'…

今天遇到了这些问题索性就 写篇文章吧 话不多说直接上栗子 不管任何是HTML格式还是JS格式必须要在  controller 里面写 // new Date() 获取当前时间 yyyy-MM-ddd //是返回的格式 下面会一 一列出 这种返回格式$scope.wwwwwww = $filter(new Date(),'yyyy-MM-dd') //或者这样写//这样是 指定date类型 可以省略不写 下面的是多此一举 但是我感觉有人会钻牛角尖所以嘛 嘿嘿 $scope.wwwwwww = $f…

mysql交互协议是开发mysql周边组件常用的协议,如JDBC,libmysql等等. 在此我们要认识到mysql交互协议其实是半双工的交互协议,至于为什么,这里就先挖个小坑,以后再填. 在探讨mysql交互协议的格式之前,我们要理清一个小问题,就是mysql交互协议会用到的基本数据类型. 1.整数类型 这里的整数类型可以用来表示mysql数据类型中的整数类型.日期时间类型.DOUBLE.FLOAT类型.比特类型以及枚举类型等等. 所有的mysql整数类型都是小端的,这是网络数据的惯例.即对于…

在相当多的情况下,咱们写入XML文件默认是使用文本格式来写入的,如果XML内容是通过网络传输,或者希望节省空间,特别是对于XML文档较大的情况,是得考虑尽可能地压缩XML文件的大小. XmlDictionaryWriter类从XmlWriter类派生,它公开了一些静方法,可以直接创建基于文本.二进制和MTOM格式的XML写入对象.文本格式就不多说了,就是直接把XML内容写入文件,二进制和MTOM相似,都对文件内容进行压缩,说白了,是输出为纯字节形式.MTOM常用于读写SOAP消息. 我们可以做个…

有时候,为了让数据可以“跨国经营”,尤其是HTTP Web有关的东东,会将数据内容以 XML 或 JSON 的格式返回,这样一来,不管客户端平台是四大文明古国,还是处于蒙昧时代的原始部落,都可以使用这些数据. 在WCF中实现将数据以XML或JSON格式返回有Y多种方法,不管你用什么方法,只要得到预期结果就好,米芾说了,笔可以八面出锋,当然了,人家指的是绘画. 这里,老周就挑两种方法来演示,仅供参考,没有考古价值,建议司马子长不要把本文收入<史记>. 第一种方法是用到 WebServiceHos…

时区简单理解 https://zh.wikipedia.org/wiki/%E6%97%B6%E5%8C%BA 上面的链接是时区的wiki说明,下面说说我记住的部分: GMT时区是格林威治标准时间,我把它理解为 “真实时间” UTC时区是根据GMT得来的“世界标准时间”,它的时间和GMT是相同的 CST可以指下列的时区: 澳洲中部时间,Central Standard Time (Australia)中部标准时区(北美洲),Central Standard Time (North America…

上文分析的二进制日志实际上是基于STATEMENT格式的,下面我们来看看基于ROW格式的二进制日志,毕竟,两者对应的binlog事件类型也不一样,同时,很多童鞋反映基于ROW格式的二进制日志无法查到原生的DML语句,关于这个问题,其实官方也给出了解决方案,下面,将一一揭晓. 首先,来几条测试数据 mysql> set binlog_format=row; Query OK, rows affected (0.00 sec) mysql> flush logs; Query OK, rows a…

C# 复制幻灯片(包括格式.背景.图片等)到同/另一个PPT文档 复制幻灯片是使用PowerPoint过程中的一个比较常见的操作,在复制一张幻灯片时一般有以下两种情况: 在同一个PPT文档内复制 从一个PPT文档复制到另一个PPT文档 在微软 PowerPoint 中复制幻灯片很简单,只需要选中幻灯片,然后复制粘贴就可以了,但作为一名程序猿,我肯定需要用编程的方式来实现它.下面就分享一下我是如何使用C#及免费PPT组件来实现在同一个PPT文档内复制幻灯片及从一个PPT文档里复制幻灯片到另一个PP…