之前整理的数据相关内容 数据的模态有 Clinical Data(临床数据) Genetic(基因数据) MRI PET BIOSPECIMEN(生物样本) 各模态数据的内容.特点 Clinical Data 内容: 招聘.人口统计.体检和认知评估数据.完整的临床数据集可以作为逗号分隔值(CSV)文件批量下载 基因数据 内容: 受试者的基因分型和测序数据,数据格式:CSV,VCF,BAM 基因分型数据: APOE Genotyping -- CSV TOMM40 PolyT Variant --…

ADNI临床数据集: 由各个学科的临床信息组成,包括招募.人口统计特征.体格检查和认知评估数据 所收集的临床数据: 基因数据: ILLUMINA SNP基因分型检测 ADNI的一个关键目标就是为研究人员提供机会,将遗传学.影像学和临床数据结合起来,帮助研究该病的机制 SNPs -- 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms) GWAS -- 全基因组关联研究(Genome-Wide Association Studies) WGS -- 全基因组测序 APO…

AD(Alzheimer’s disease):不可逆的神经退化,患病人员会由于脑部问题的恶化而导致心智功能不健全. ADNI:阿尔茨海默氏症神经成像项目 ADNI的总体目标是验证用于阿尔茨海默病临床治疗试验的生物标记物 Study Design 该研究支持关于减慢和停止AD的恶化进程的治疗方案的发展和研究.最终目标是确证在老年痴呆症的临床治疗中使用的生物指标(生物标记物) 通过研究来自多种形式的ADNI剖面的和纵向的数据已经得到的知识: AD病理在人们外表正常且没有记忆丢失的时候就已经出现,而…

相关名词: MCI:轻度认知功能障碍 EMCI:早期认知障碍 MCI:轻度认知障碍 LMCI:晚期认知障碍 CN:认知正常的志愿者 DTI:doppler tissue imaging,多普勒组织显像,是一种描述大脑结构的新方法,是核磁共振成像(MRI)的特殊形式. 一.认识ADNI 1.ADNI主要用于早期发现与追踪阿尔茨海默病,同时提供一个平台,方便全球人员之间能够共享数据. 2.ADNI研究的总体目标: (1)在尽可能早的阶段(痴呆前)检测AD,并确定用生物标志物跟踪疾病进展的方法. (2…

A Deep Learning Model to Predict a Diagnosis of Alzheimer Disease by Using 18F-FDG PET of the Brain 原文链接 提要 目的 开发并验证一种深度学习算法,该算法可以基于脑部18F FDG PET来预测AD.轻度认知障碍或者二者均不是的诊断结果,并将其性能与放射学阅读器的性能进行比较 材料和方法 来自ADNI的18F-FDG PET脑图(含2109张图片,包括1002个病人)用于训练.验证,40张来自4…

医疗图像解析 Dicom 后缀: .dcm..DCM Dicom中规定的坐标系是以人坐标系为绝对坐标系的,规定X轴正向指向病人的左侧,Y轴正向指向病人的背部,Z轴正向指向病人的头部.但是,坐标点的位置,每个厂商都有自己的看法 下图展示了成像过程中对应的坐标系 成像坐标系 三视图 图片信息中的Tag说明 在DICOM中,是通过Image Position和Image Orientation来描述当前的图像和人体坐标系的相对位置的. 解析举例 import dicom import pylab im…

brain_parcellation 论文详细介绍 通过从脑部MR图像中分割155个神经结构来验证该网络学习3D表示的效率 目标:设计一个高分辨率和紧凑的网络架构来分割体积图像中的精细结构 特点:大多数存在的网络体系结构都遵循完全卷积下行-向上采样路径.具有高空间分辨率的低层次特征首先被下采样用于更高层次的特征抽象;然后对特征图进行上采样,以实现高分辨率分割.本论文提出了一种新的3D架构,它包含了整个层的高空间分辨率特征图,并且可以在广泛的接受领域中进行训练 验证:通过从T1加权MR图像中自动进…

A Deep Learning Pipeline for Classifying Different Stages of Alzheimer's Disease from fMRI Data -- Yosra Kazemi 阿尔茨海默氏病(AD)是一种不可逆转的渐进性神经障碍,会导致记忆和思维能力的丧失 该论文使用深度学习的方法成功地对AD病的五个阶段进行了分类:非病态健康控制(NC).显著性记忆关注(SMC).早期轻度认知损害 (EMCI).晚期轻度认知损害(LMCI)和阿尔茨海默病(AD)…

数据类型 临床 遗传 MRI图像 PET图像 生物样本 临床 ADNI临床数据集包括关于每个受试者的临床信息,包括招募,人口统计学,身体检查和认知评估数据.可以将整套临床数据作为逗号分隔值(CSV)文件批量下载. ADNI临床数据由阿尔茨海默氏症治疗研究所(ATRI)收集和管理. 下表总结了收集的临床数据 遗传 遗传因素在阿尔茨海默病中起重要作用.因此,ADNI的一个关键目标是为研究人员提供将遗传学与成像和临床数据相结合的机会,以帮助研究疾病的发病机制.已经为ADNI 1,ADNI GO和ADN…

Hadoop 中利用 mapreduce 读写 mysql 数据   有时候我们在项目中会遇到输入结果集很大,但是输出结果很小,比如一些 pv.uv 数据,然后为了实时查询的需求,或者一些 OLAP 的需求,我们需要 mapreduce 与 mysql 进行数据的交互,而这些特性正是 hbase 或者 hive 目前亟待改进的地方. 好了言归正传,简单的说说背景.原理以及需要注意的地方: 1.为了方便 MapReduce 直接访问关系型数据库(Mysql,Oracle),Hadoop提供了DBI…