python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

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python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

读取fasta文件genome_test.fa,并计算染色体总长,同时输出最长染色体编号.序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下: >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT>chr4ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG>chr5ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCG…

转载-python学习笔记之输入输出功能读取和写入数据

读取.写入和 Python 在 “探索 Python” 系列以前的文章中,学习了基本的 Python 数据类型和一些容器数据类型,例如tuple.string 和 list.其他文章讨论了 Python 语言的条件和循环特性,以及它们如何与容器数据类型进行协作来简化编程任务.编写程序的最后一个基本步骤就是从文件读取数据和把数据写入文件.阅读完这篇文章之后,可以在自己的 to-do 列表中加上检验这个技能学习效果的任务. 简单输出贯穿整个系列,一直用 print 语句写入(输出)数据,它默认把表…

吴裕雄--天生自然python学习笔记：pandas模块读取 Data Frame 数据

读取行数据读取一个列数据的语法为: 例如,读取所有学生自然科目的成绩 : import pandas as pd datas = [[65,92,78,83,70], [90,72,76,93,56], [81,85,91,89,77], [79,53,47,94,80]] indexs = ["林大明", "陈聪明", "黄美丽", "熊小娟"] columns = ["语文", "数学&qu…

Python学习之路基础篇--08Python基础+ 文件的基本操作和注册小作业

1 文件的基本操作 #1. 打开文件的模式有(默认为文本模式): r ,只读模式[默认模式,文件必须存在,不存在则抛出异常] w,只写模式[不可读:不存在则创建:存在则清空内容] a, 只追加写模式[不可读:不存在则创建:存在则只追加内容] #2. 对于非文本文件,我们只能使用b模式,"b"表示以字节的方式操作(而所有文件也都是以字节的形式存储的,使用这种模式无需考虑文本文件的字符编码.图片文件的jgp格式.视频文件的avi格式) rb wb ab 注:以b方式打开时,读取到的内容是字…

python学习——读取染色体长度（四：获取最长染色体的编号）

# 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr_len = {'chr1':10,'chr2':20,'chr3':30,'chr4':40,'chr5':15} # 求和 total_len = sum(chr_len.values()) # 获取键用keys for chr in chr_len.keys(): print(chr) # 获取值用values for len in chr_len.values(): print(len) # 获取键值对用items for [chr,le…

python学习——读取染色体长度（三、用循环或者函数求总长并获取最长染色体长度）

# 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr_len = [10,20,30,40,50] # 求和 # 方法一:通过循环 total_len = 0 #定义total_len的初始长度 for len in chr_len: # 从列表chr_len中每次取一个值交给len total_len += len # 或者total_len = total_len + len # 方法二:通过函数sum() total_len = sum(chr_len) # 求最长染色体编号 max_len…

python学习——读取染色体长度（二、向前一步：通过染色体序列获得长度信息）

# 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr1_seq = 'ATATATATAT' chr2_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCG' chr3_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT' chr4_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG' chr5_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT' # 求和 tot…