题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了4种核苷酸,简记作A,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATG和GTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,例如: 这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的…

最近博客更不起来...然后又(照例)犯鼻炎了唉难受. 题目传送门 我们首先可以预处理碱基间的权值表.然后讲读入的碱基转化为数字,就变成了“数字匹配使权值最大”的问题.我们显然可以用动态规划解决. 两个序列配对上的dp状态设计相似,以前做过一道编辑距离也是类似配对的问题. 设f[i][j]表示第一个基因当前位置到了第i个碱基,第二个基因当前位置到了第j个碱基所能得到的最大相似度. 转移:lena*lenb 而且和状态也没有什么地方可以优化了. 决策:我们可以在每一次转移的时候有3种决策: A串留空…

使用limma.Glimma和edgeR,RNA-seq数据分析易如反掌 Charity Law1, Monther Alhamdoosh2, Shian Su3, Xueyi Dong3, Luyi Tian1, Gordon K. Smyth4 and Matthew E. Ritchie5 1The Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research, 1G Royal Parade, Parkville, VIC 3052, Melbo…

传送门 https://www.cnblogs.com/violet-acmer/p/9852294.html 参考资料: [1]:https://www.cnblogs.com/real-l/p/9712029.html [2]:https://www.luogu.org/problemnew/solution/P1140 题解: 方法一:枚举所有可能(记忆型DP) 相关变量解释: m,n...................................................分别…

题目:https://www.luogu.org/problemnew/show/P1140 题意: 给定两串基因串(只包含ATCG),在其中插入任意个‘-’使得他们匹配.(所以一共是5种字符) 这5种字符两两之间有一个匹配数值,要求使这两个字符串的匹配值之和最大. 思路: dp[i][j]表示匹配了s1中前i个字符和s2中前j个字符的最大匹配值. 完成s1[i]与s2[j]的匹配只有三种可能. 1.s1[i]之前已经匹配好,s2[j]配‘-’.即dp[i][j] = dp[i][j-1]+sc…

题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了444种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,TA,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAGGTTAG,将它们的碱基互相对应.当然,中间可以加入一些空碱基-,…

题目链接: https://www.luogu.org/problemnew/show/P1140 题目背景 大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列.它包含了44种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,T.生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物. 在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度.因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用. 题目描述 两个基因的相似度的计算方法如下: 对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATG和GTTAGGTT…

Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N. 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序. 为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从…

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 982  Solved: 635[Submit][Status][Discuss] Description 基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成…

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean 中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因 发表期刊杂志:nature biotechnology影响因子:41.514发表时间:2015年2月发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所 一.      研究取材62株野生大豆.130株地方种和110个…

虽然有点久远  还是放一下吧. 传送门:https://www.luogu.org/contest/show?tid=754 第一题  沉迷游戏,伤感情 #include <queue> #include <cstdio> #include <cstring> #include <iostream> #include <algorithm> using namespace std; ],last,now,sum[],s; deque<lon…

题目链接:http://www.luogu.org/problem/show?pid=1268#sub -------- 这道题费了我不少心思= =其实思路和标称毫无差别,但是由于不习惯ACM风格的题目,没有打答案之间的换行,wa了好几次 解决所有"构造"问题都要按照如下的步骤: 寻找特例.特征 建立模型 一般化模型 寻找特例 (1) 我们假设结点数为1,显然答案为0,因为这棵树的边集为空. (2) 当结点数为2时,答案就是d[1][2],即(1,2)的距离. (3) 当结点数为3时呢…

03:基因相关性 总时间限制:  1000ms 内存限制:   65536kB 描述 为了获知基因序列在功能和结构上的相似性,经常需要将几条不同序列的DNA进行比对,以判断该比对的DNA是否具有相关性. 现比对两条长度相同的DNA序列.首先定义两条DNA序列相同位置的碱基为一个碱基对,如果一个碱基对中的两个碱基相同的话,则称为相同碱基对.接着计算相同碱基对占总碱基对数量的比例,如果该比例大于等于给定阈值时则判定该两条DNA序列是相关的,否则不相关. 输入 有三行,第一行是用来判定出两条DNA序列…

1.  首先我们通过一些方法得到了如下的数据,基于篇幅以及为了教学隐去了其他一些信息. 2. 选中表达数据,执行 开始—条件格式—色阶 选择一个合适的色阶: 3. 选择好颜色之后得到了如下结果:…

1140 Jam的计数法 2006年NOIP全国联赛普及组  时间限制: 1 s  空间限制: 128000 KB  题目等级 : 黄金 Gold 题解  查看运行结果     题目描述 Description Jam是个喜欢标新立异的科学怪人.他不使用阿拉伯数字计数,而是使用小写英文字母计数,他觉得这样做,会使世界更加丰富多彩.在他的计数法中,每个数字的位数都是相同的(使用相同个数的字母),英文字母按原先的顺序,排在前面的字母小于排在它后面的字母.我们把这样的“数字”称为Jam数字.在Jam数…

题目描述 Description 小毛终于来到了冥王星,这是一颗已经不属于行星的矮行星,它的表面温度低于-220度.在这里,小毛惊奇的发现,他带来的厌氧菌开始了基因变异,裂变的速度与光照时间(秒)成乘积关系,公式如下:细菌个数=原个数*时间(秒),而如果关闭照明,则细菌停止繁殖裂变.现在已知n个细菌,经过m段光照时间后,一共有多少个细菌呢? 输入描述 Input Description 第一行为两个整数N,M(均小于1000),第2行为m个时间段的时间(均小于10000). 输出描述 Outpu…

SVM软件包 LIBSVM -- A Library for Support Vector Machines(本项目所用到的SVM包)(目前最新版:libsvm-3.21,2016年7月8日) C-SVC(C-support vector classification), nu-SVC(nu-support vector classification), one-class SVM(distribution estimation), epsilon-SVR(epsilon-support vec…

ASE又走到了关键的一步  要生成能决定是否有差异表达的table. 准备借鉴一下cuffdiff和edgeR 的结果 cuffdiff对差异表达基因的描述: 一共十四列: 第一列, test_id a unique identifer describing the transcript, gene, primary transcript, or CDS being tested. eg XLOC_000003 第二列,gene_id eg XLOC_000003 第三列, gene 第四列,…

题目传送门:https://www.luogu.org/problem/show?pid=2170 题目描述 老师想从N名学生中选M人当学霸,但有K对人实力相当,如果实力相当的人中,一部分被选上,另一部分没有,同学们就会抗议.所以老师想请你帮他求出他该选多少学霸,才能既不让同学们抗议,又与原来的M尽可能接近 输入输出格式 输入格式: 第一行,三个正整数N,M,K. 第2...K行,每行2个数,表示一对实力相当的人的编号(编号为1-N) 输出格式: 一行,表示既不让同学们抗议,又与原来的M尽可能接…

题目传送门:https://www.luogu.org/problem/show?pid=2647 题目描述 现在你面前有n个物品,编号分别为1,2,3,--,n.你可以在这当中任意选择任意多个物品.其中第i个物品有两个属性Wi和Ri,当你选择了第i个物品后,你就可以获得Wi的收益:但是,你选择该物品以后选择的所有物品的收益都会减少Ri.现在请你求出,该选择哪些物品,并且该以什么样的顺序选取这些物品,才能使得自己获得的收益最大. 注意,收益的减少是会叠加的.比如,你选择了第i个物品,那么你就会获…

1140 Jam的计数法 2006年NOIP全国联赛普及组 传送门 时间限制: 1 s 空间限制: 128000 KB 题目等级 : 黄金 Gold 题目描述 Description Jam是个喜欢标新立异的科学怪人.他不使用阿拉伯数字计数,而是使用小写英文字母计数,他觉得这样做,会使世界更加丰富多彩.在他的计数法中,每个数字的位数都是相同的(使用相同个数的字母),英文字母按原先的顺序,排在前面的字母小于排在它后面的字母.我们把这样的"数字"称为Jam数字.在Jam数字中,每个字母互不…

A.情书 题目:http://www.luogu.org/problem/show?pid=2264 赛中:sb题,直接暴力匹配就行了,注意一下读入和最后一句话的分句 赛后:卧槽 怎么只有40 B.小朋友的球 题目:http://www.luogu.org/problem/show?pid=1655 赛中:sb题,第二类斯特林数,加个高精度就行了,我还写了个暴力对拍 赛后:卧槽 怎么只有80 未知错误怎么回事儿啊 C.命运的彼方 题目:http://www.luogu.org/problem/s…

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 793  Solved: 503[Submit][Status][Discuss] Description 基 因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基…

1264: [AHOI2006]基因匹配Match Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 162 MBSubmit: 541  Solved: 347[Submit][Status] Description 基 因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的 每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度…

序列最大长度2w * 5 = 10w, O(n²)的LCS会T.. LCS 只有当a[i] == b[j]时, 才能更新答案, 我们可以记录n个数在第一个序列中出现的5个位置, 然后从左往右扫第二个序列时将第一个序列对应位置的值更新, 用树状数组维护. 时间复杂度O(nlogn) ------------------------------------------------------------------------------------------------- #include<bi…

luogu  P2580 于是他错误的点名开始了 https://www.luogu.org/problem/show?pid=2580 题目背景 XS中学化学竞赛组教练是一个酷爱炉石的人. 他会一边搓炉石一边点名以至于有一天他连续点到了某个同学两次,然后正好被路过的校长发现了然后就是一顿欧拉欧拉欧拉(详情请见已结束比赛CON900). 题目描述 这之后校长任命你为特派探员,每天记录他的点名.校长会提供化学竞赛学生的人数和名单,而你需要告诉校长他有没有点错名.(为什么不直接不让他玩炉石.) 输入…

2764: [JLOI2011]基因补全 Time Limit: 10 Sec  Memory Limit: 128 MBSubmit: 570  Solved: 187[Submit][Status][Discuss] Description 在生物课中我们学过,碱基组成了DNA(脱氧核糖核酸),他们分别可以用大写字母A,C,T,G表示,其中A总与T配对,C总与G配对.两个碱基序列能相互匹配,当且仅当它们等长,并且任意相同位置的碱基都是能相互配对的.例如ACGTC能且仅能与TGCAG配对.一个…

1. 文化进化理论 威尔逊认为,从性质上来讲,文化进化总是以拉马克主义为特征的,即文化进化依赖于获得性状的传递,相对来说速度比较快:而基因进化是达尔文主义式的,依赖于经过几个世代的基因频率的改变,因而是缓慢的.威尔逊将可供选择的行为划分为分离的单位,称以文化基因.文化基因的传递可以是纯粹遗传的,也可以是纯文化的,此外,还可以通过基因──文化的方式传递,它同时兼有两者的某些特点:一方面,文化的发展在某种程度上要受到基因的制约和指导:另一方面,文化发明的压力又影响着基因的生存,且最终改变着遗传纽带的…

CJOJ 1331 [HNOI2011]数学作业 / Luogu 3216 [HNOI2011]数学作业 / HYSBZ 2326 数学作业(递推,矩阵) Description 小 C 数学成绩优异,于是老师给小 C 留了一道非常难的数学作业题: 给定正整数 N 和 M,要求计算 Concatenate (1 .. N) Mod M 的值,其中 Concatenate (1 ..N)是将所有正整数 1, 2, -, N 顺序连接起来得到的数.例如,N = 13, Concatenate (1…