Cole Trapnell said: there are three strategies: 1) merge bams and assemble in a single run of Cufflinks2) assemble each bam and cuffcompare them to get a combined.gtf3) assemble each bam and cuffmerge them to get a merged.gtf All three options work a…

使用Tophat+cufflinks分析差异表达  2017-06-15 19:09:43     522     0     0 使用TopHat+Cufflinks的流程图 序列的比对是RNA分析流程中核心的一步.序列的比对,或者说是字符串的比对本身就是计算机科学中的一个经典问题,在生物信息学中更加频繁的出现.序列比对中的错配,插入.缺失可以识别出样本和基因组之间的多态性,甚至可以找出肿瘤样本中的gene fusion.而map到没有注释的基因可能是新的编码基因,或者是非编码RNA.同时RN…

生物信息学-基因表达分析 为了丰富中心法则,研究人员使用不断更新的技术研究lncRNA的方方面面,其中技术主要是生物学上的微阵列芯片技术和表达数据分析方法,方方面面是指lncRNA的位置特征. Background:根据中心法则,发现DNA与RNA与protein之间的关系,此时认为找到的RNA全部用于编码protein,但是实验结果中:非编码RNA含量高,而coding区只占很少的一部分.研究非编码RNA,发现noncoding与protein expression有关,所以总思路变成了研究n…

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…

转录组的组装Stingtie和Cufflinks Posted: 十月 18, 2017  Under: Transcriptomics  By Kai  no Comments 首先这两款软件都是用于基于参考基因组的转录组组装,当然也可用于转录本的定量.前者于2016年的 protocol上发表的转录组流程HISAT, StringTie and Ballgown后被广泛使用,后者则是老牌的RNA分析软件了.在算法上来说Stringtie使用的是流神经网络算法,Cufflinks则是吝啬算法:…

HISAT,sTRINGTIE,ballgown三款RNA-seq信息分析软件 2015年04月02日 11:35:47 夜丘 阅读数:8940 标签: 生物 更多 个人分类: 论文笔记   Bowtie 里的FM-index 简介 原文链接:http://m.blog.csdn.net/blog/stormlovetao/7048481 最近看新发表的几篇RNA-seq比对,组装的软件,发现HISAT里面也用到了FM-index这个算法,所以就找了一下,原博文链接如上所示,说的很是透彻 另外S…

后记: ************************************************************************ 在使用cufflinks和cuffmerge中 我使用的都是gff3, 海宝说最好用gtf, 无论怎么样gtf一定是可以用的. 由gff3转化为gtf用gffread: 命令: gffread Osativa_204_gene.gff3 -T -o Osativa_204_gene.gtf 转化后gff3文件中的信息都会被保留. 虽然featu…

https://blog.csdn.net/l_yivs?t=1 RNA-seq数据综合分析教程 2 4,055 A+ 所属分类:Transcriptomics   收  藏 2     RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术,一般的用法就是看看基因表达谱,寻找差异表达的基因.我和高通量测序数据分析结缘,也是因为RNA-seq. 一开始我对mRNA-seq数据分析一无所知,跑了"tophat+cufflinks"的流程也不知道每一步的原因,把“RNA-se…

Directional RNA-seq data -which parameters to choose? REF: https://chipster.csc.fi/manual/library-type-summary.html Directional RNA-seq methods are gaining popularity. Several protocols and products are available for the library preparation step, and…

二代测序原理: 1.DNA待测文库构建. 超声波把DNA打断成小片段,一般200--500bp,两端加上不同的接头2.Flowcell.一个flowcell,8个channel,很多接头3.桥式PCR扩增.每个DNA片段将在各自位置集中成束,每一束含有单个DNA模板的很多拷贝,目的:将碱基的信号强度放大,达到测序所需的信号要求.4.测序.边合成边测序.反应所需材料,dNTP的3’端特殊处理,不能继续反应,因此每次只能添加一个碱基,另外每个碱基有一种颜色.dNTP添加到链上后,所有未使用游离dNT…

Bowtie2的安装与使用  2017-06-15 18:58:52     342     0     0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组,与常规的比对软件不同的是(如blast),Bowtie在比对比较短的reads(less than 1024 base) 与 较大的参考(基因组) 时效果更好,也更快. 许多其他的软件经常会调用Bowtie ,如常见的 TopHat , Cufflinks 等 Read:      GACTGGGCGATCTCGAC…

转自:http://blog.sciencenet.cn/home.php?mod=space&uid=635619&do=blog&id=884213 //今天看到一篇非常好的讲解RNA-seq的文章,mark一下. 1.基本步骤 RNAseq分析大致分下面几个步骤: ①首先要把测到的序列map到基因组上, ②然后根据map到的区段对细胞构建转录本, ③然后比较几种细胞的转录本并且合并, ④最后衡量差异和可变剪切和其他的分析. 2.mapping 可以使用哈希的方法比对,但是由于…

后记: cufflinks安装: 下载安装包, 不要下载source code ,直接下载binary.    Source code    Linux x86_64 binary http://cufflinks.cbcb.umd.edu/downloads/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64.tar.gz 下载好后解压,解压后将cuff* 复制到/usr/local/bin中即可. 步骤: 第一步: 产生各自的gtf文件 cufflinks -p 30 -o ROOT…

1     依赖软件:bowtie,bowtie2,samtools,boost c++ library 2     建立索引文件:      bowtie包括bowtie,bowtie-build,bowtie-inspect      bowtie2包括bowtie2,bowtie2-build,bowtie2-inspect,默认会找bowtie2      bowtie-build运行结果会得到一些.ebwt的文件      bowtie2-build建index,运行结果得到一些.bt…

RNA-seq差异表达基因分析之TopHat篇 发表于2012 年 10 月 23 日 TopHat是基于Bowtie的将RNA-Seq数据mapping到参考基因组上,从而鉴定可变剪切(exon-exon splice junctions). 安装 最简单的安装方法,注意版本 下载Bowtie.TopHat.Cufflinks的二进制发布包,解压到相同的目录 下载samtools,make,将生成的可执行samtools程序也cp到同一个目录 增加该目录到PATH 参数与使用 Usage: t…

------------------------------------------ 安装fastqc--------------------------------------------------- 1)下载:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/download.html 2) ------------------------------------------ 安装tophat------------------------…

Transcriptome assembly and differential expression analysis for RNA-Seq. Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assemb…

What is TopHat? TopHat is a program that aligns RNA-Seq reads to a genome in order to identify exon-exon splice junctions. It is built on the ultrafast short read mapping program Bowtie. TopHat runs on Linux and OS X. How does TopHat find junctions?…

tophat输出结果junction.bed BED format       BED format provides a flexible way to define the data lines that are displayed in an annotation track. BED lines have three required fields and nine additional optional fields. The number of fields per line mus…

1.op = cv2.TOPHAT  礼帽:原始图片-开运算后的图片 2. op=cv2.BLACKHAT 黑帽: 闭运算后的图片-原始图片 礼帽:表示的是原始图像-开运算(先腐蚀再膨胀)以后的图像 黑帽:表示的是闭运算(先膨胀再腐蚀)后的图像 - 原始图像 代码: 第一步:读取图片 第二步:使用cv2.MOPRH_TOPHAT获得礼帽图片 第三步:使用cv2.MOPRH_BLACKHAT获得黑帽图片 import cv2 import numpy as np # 第一步读入当前图片 img =…

转自:https://wenku.baidu.com/view/8d6a95d20d22590102020740be1e650e52eacf2a.html 输出包含3个文件:转录组的组装.gtf      转录本表达水平.fpkm_tracking      基因表达水平.fpkm_tracking 1.转录组的组装.gtf   ——transcripts.gtf 转自:http://yangl.net/2016/06/03/cufflinks/ 1.chrX来源染色体名称 2.来源,产生此文件…

概述:tophat是以bowtie2为核心的一款比对软件. tophat工作分两步: 1.将reads用bowtie比对到参考基因组上. 2.将unmapped-reads打断成更小的fragments,比对到参考基因组上,如果比对成功,建立剪切点. 用法:tophat [options]* <index_base> <reads1_1[,…,readsN_1]> [reads1_2,…readsN_2] <index_base>:参考基因组的index文件的具体目录,…

前言 学过Python数据分析的朋友都知道,在可视化的工具中,有很多优秀的三方库,比如matplotlib,seaborn,plotly,Boken,pyecharts等等.这些可视化库都有自己的特点,在实际应用中也广为大家使用. plotly.Boken等都是交互式的可视化工具,结合Jupyter notebook可以非常灵活方便地展现分析后的结果.虽然做出的效果非常的炫酷,比如plotly,但是每一次都需要写很长的代码,一是麻烦,二是不便于维护. 我觉得在数据的分析阶段,更多的时间应该放在分…

liuhui@pine:~/bin/cufflinks-master$ ./configure --with-bam=/usr/local/include/bam checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes checking for a thread-safe mkdir -p... /bin/mkdir -p chec…

samtools flagstat /SRA111111/SRR111222/accepted_hits.bam 78406056 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads) (1)0 + 0 duplicates78406056 + 0 mapped (100.00%:-nan%)  (2)78406056 + 0 paired in sequencing (3)39915264 + 0 read1 (4)38490792 + 0 read…

###https://www.biostars.org/p/195758/ Left reads: Input : 49801387 Mapped : 46258301 (92.9% of input) of these: 1703360 ( 3.7%) have multiple alignments (103886 have >20) Right reads: Input : 49801387 Mapped : 45542088 (91.4% of input) of these: 1680…

链接:https://pan.baidu.com/s/1yaCsQ8TCVPSIZ4TVBZgfnw 密码:otzr…

http://www.fungenomics.com/article/30 [专题]基因组学技术专题(二)-- 为什么说FPKM/RPKM是错的 下载数据 wget是linux下一个从网络上自动下载文件的常用自由工具.它支持HTTP,HTTPS和FTP协议,可以使用HTTP代理.一般的使用方法是: wget + 空格 + 参数 + 要下载文件的url路径,例如: 1wget http://www.linuxsense.org/xxxx/xxx.tar.gz Wget常用参数 -b:后台下载,W…

Ballgown是分析转录组差异表达的R包. 软件安装: 运行R, source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”) biocLite(“ballgown”) R会自动安装Ballgown,及相应的依赖包. Ballgown的输入文件 StringTie使用-B参数直接生成Ballgown的输入文件,Cufflinks的输出结果需要使用Tablemaker生成Ballgown的输入文件. 一个有5个输入文件,分别是: e_data.ctab,外显子水平表达…

使用tophat和cufflinks计算RNA-seq数据的表达水平时,当一个基因在一个样本中有多个表达水平时需要合并它们的表达水平. This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene. CollapseFPKM This code is a solution to collapsing duplicate FPKMs for a gene Problem/Issue: In the cufflinks output…