单位: 上海中医药大学 蚌埠医学院 上海交通大学附属第六人民医院 夏威夷大学癌症中心 第二军医大学 技术:非靶向代谢组学,16S rRNA测序技术 一. 概述: 本研究对小鼠进行高脂饮食,根据体重增长率将其分为易胖类小鼠(OP)和不易胖小鼠(OR).通过气相质谱对其血浆代谢物进行分析,同时利用16S rRNA测序的方法对其肠道微生物进行测序分析.在Con,OP,OR共鉴定到60种差异代谢物,其中27种是OP相关的.这些差异代谢物重要集中于糖酵解.脂质和氨基酸代谢.TCA循环等.在肠道研究中,OP…

题目:高脂饮食下易肥胖小鼠的代谢和肠道微生物特性研究 Metabolic and gut microbial characterization of obesity-prone mice under high-fat diet 期刊:Journal of Proteome Research 发表时间:February 22, 2019 DOI:10.1021/acs.jproteome.8b00945 分享人:赵容丽 内容与观点: 肥胖在世界范围内广泛流行,是代谢疾病的关键危险因素,常可引发糖脂…

文献名:Data-independent acquisition mass spectrometry in metaproteomics of gut microbiota - implementation and computational analysis(DIA技术在肠道宏蛋白质组研究中的方法实现和数据分析) doi: 10.1021/acs.jproteome.9b00606 期刊名:Journal of Proteome Research 作者:Juhani Akakko, Sami…

文献名:Fast and accurate bacterial species identification in urine specimens using LC-MS/MS mass spectrometry and machine learning(利用质谱技术和机器学习模型在尿液样本中快速准确地进行菌种鉴定) doi: 10.1074/mcp.TIR119.001559 期刊名:Mol Cell Proteomics 作者:Florence Roux-Dalvai 通讯作者:Arnaud…

发表时间:(2019年4月) IF:3.950 单位: 厦门大学 厦门理工大学 物种:小鼠的肿瘤,血清和骨骼肌 技术:核磁共振代谢组学分析 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本研究通过原位植入BGC823细胞系建立了GCC鼠模型,并对胃组织,血清和腓肠肌进行基于核磁共振的代谢组学分析.在肿瘤中鉴定出20种差异代谢物,在血清中鉴定出13种,在腓肠肌中鉴定出14种.提供与GCC诱导的肌肉萎缩相关的代谢改变信息. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 恶病质是一…

发表时间: (2019年4月) IF:3.950 单位: Fujian Provincial Key Laboratory of Soil Environmental Health and Regulation, College of Resources and Environment, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian 350002, China 物种:Geobacter sulfurreducens 技术:三…

文献名:Current understanding of human metaproteome association and modulation(人类宏蛋白质组研究近期综述) 期刊名:J Proteome Res 发表时间: (2019年10月) IF:3.78 技术:宏蛋白质组综述   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 过去的十年中,宏蛋白为人们更好地了解微生物组的功能特征提供数据.尽管已经有高通量宏蛋白质组的数据,但是对其功能的认识还不清楚,最重要的是,这些蛋白质分子…

关键词:PRM,kinase,colorectal cancer, metastasis, PRPS2 来自加州大学河滨分校的Yinsheng Wang教授应用PRM技术筛选出介导结肠癌细胞转移促进因子-PRPS2激酶.这项研究于2019年3月25日发表于蛋白组学主流期刊Journal of Proteome Research(原文链接:https://pubs.acs.org.ccindex.cn/doi/10.1021/acs.jproteome.9b00119). 背景 结肠癌(CRC)是…

文献名:An automated ‘cells-to-peptides’ sample preparation workflow for high-throughput, quantitative proteomic assays of microbes(一种基于高通量的,自动的由细胞制备多肽的样品自动处理工作体系的微生物蛋白组定量实验) 期刊名:Journal of Proteome Research 影响因子:3.86 单位: 联合生物能源研究所,劳伦斯伯克利国家实验室,埃默里维尔,加利福尼…

通过深度学习技术根据肽段序列预测其LC-MS/MS谱特征 解读人:梅占龙  质谱平台 文献名:Prediction of LC-MS/MS properties of peptides from sequence by deep learning 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:2019年9月 IF:4.828 作者: Shenheng Guan​ 1,2,*​ , Michael F. Moran​ 2,3 ​, and Bin Ma​ 1 单…

exCRT & 骆克强乘法 只是丢两个板子啦. exCRT的做法就是每次拿两个方程合并成一个,合并的过程推下式子就是个 exgcd.具体可以在 zjk 的 ptt 里面找到. 先放个 $ O(1) $ 慢速乘 ll mul( ll a , ll b , ll p ) { a %= p , b %= p; return ( (a * b - (ll)( (ll)( (long double)a / p * b + 0.5 ) * p )) % p + p ) % p; } 然后一个 exgcd v…

文章中文名:在葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导下的结肠炎模型伴随着细菌蛋白质丰度和功能的改变 单位: 1 Helmholtz-Centre for Environmental Research - UFZ, Department of Molecular Systems Biology,Leipzig, Germany 2 Fraunhofer Institute for Cell Therapy and Immunology, Department of Therapy Validation, Le…

[科创人·独家]MegaEase左耳朵耗子陈皓复盘创业:第一年盈利被当骗子,线下广阔天地大有可为 原创: babayage CTO科创圈  与上百位科技创业者共同关注科创人的成长心路. 文末有彩蛋:<陈皓谈Rework式团队实践体感> 文| babayage 编 辑 | 笑 笑 1 钱解决不了中年危机 趁年轻多去拥抱世界的美好 科创人(以下简称科):2015年之后您似乎沉寂了一阵,那段时间发生了什么? 陈皓(以下简称陈):2015年发生了很多事,先是父亲病危,之后因为北京工作居住证问题导致孩子…

之前我有过一篇16s基本概念和数据分析的文章.16S 基础知识.分析工具和分析流程详解 可以分成两部分,生物层面和技术层面. 生物层面: 1. 肠道微生物里面包含了哪些微生物?显然包含了所有层面的微生物:细菌.古细菌和真菌. 2. 肠道微生物是如何从母体遗传向下一代的?成熟的肠道微生物群体是如何逐步形成的?环境因素占比多少? 3. 肠道微生物是通过什么来影响疾病的? 4. 目前常见的肠道微生物层面的治疗方案有哪些?疗效如何?哪些病是纯粹由肠道微生物引起的? 技术层面: 1. 什么是16s测序.宏…

文献名:Quantitative Proteomics of Enriched Esophageal and Gut Tissues from the Human Blood Fluke Schistosoma mansoni Pinpoints Secreted Proteins for Vaccine Development(从人类血吸虫曼氏血吸虫中富集的食道和肠道组织的定量蛋白质组学确定了用于疫苗开发的分泌蛋白) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:…

期刊名:J. Proteome Res 发表时间:(2019年8月) IF:3.78 单位: 上海第九人民医院药学系,上海交通大学药学院 上海交通大学药物与生物化学系   物种:人源A549细胞系 技术:代谢组学及转录组学 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 持续的顺铂(cisplatin,DDP)给药会诱发耐药性而影响药效,然后机制仍未明了.通过整合代谢组和转录组数据,以药敏A549细胞株和耐药A549/DDP细胞株作为材料去挖掘潜在的代谢机制及耐药相关的关键靶标.广泛分析的…

发表时间:2019年4月 IF:3.950 单位: 威斯康星医学院生物化学系 威斯康星医学院生物医学质谱研究中心 物种:人(人体肾脏细胞和蛋白) 技术:肽段清理 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 肽段清理对于去除在自下而上(也称为鸟枪法)蛋白质组工作流程中样品制备阶段可能引入的污染物很重要.近些年的研究表明在去除洗涤剂和聚合物污染时,相较于传统的反相洗涤方法,使用羧酸盐修饰的顺磁颗粒有多种益处.但是,也面临实验结果可重复与否的挑战,实验的可重复性限制了这种方法在实验室的广泛实…

文献名:Systematic comparison of strategies for the enrichment of lysosomes by data independent acquisition(通过DIA技术系统比较各溶酶体富集策略) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间:(2020年1月) IF:4.268 单位: 德国波恩大学 瑞士Biognosys公司 物种:HEK293细胞 技术:数据非依赖性采集(DIA)   一. 概述: 本研究基于…

文献名:Global Proteomic Analysis of Lysine Succinylation in Zebrafish (Danio rerio)(斑马鱼赖氨酸琥珀酰化的全球蛋白质组学分析(斑马鱼)) 期刊名:Journal of Proteome Research 发表时间: (2019年10月) IF:3.86 单位: 庆北国立大学 国立首尔科学技术大学 中国科学院上海药物研究所 物种:斑马鱼 技术:全蛋白质组学   一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本研究…

文献名:Bisecting GlcNAc is a general suppressor of terminal modification of N-glycan(平分GlcNAc是N-聚糖末端修饰的一般抑制剂) 期刊名:MCP 发表时间:(2019年10月) 单位: 广岛大学物质科学研究科 爱尔兰国立大学糖业科学小组 RIKEN-Max Planck联合研究中心结构糖生物学小组 物种:小鼠大脑组织.肾组织 技术:转染.蛋白印迹.凝集素印迹.免疫荧光.定量PCR.糖基转移酶化验.LC-MS\MS…

文献名:A Systems-Level Characterization of the Differentiation of Human Embryonic Stem Cells into Mesenchymal Stem Cells(人类胚胎干细胞到间充质干细胞的分化的系统性表征) 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年10月) 单位: Camargo Cancer Center University of Southern Denmar…

文献名:利用靶向质谱策略进行上皮性卵巢癌病例的蛋白质组生物标志物研究 期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年7月) IF:5.41 单位: 苏黎世联邦理工学院 美国东北大学 隆德大学 苏黎世大学附属医院 普渡大学 巴塞尔大学附属医院 巴赛尔大学生物医学系 法兰克福大学附属医院 哈佛医学院 斯科讷大学附属医院 苏黎世大学 物种:小鼠卵巢组织,小鼠卵巢肿瘤组织,人类血浆,人类卵巢组织,人类良性卵巢肿瘤组织,人类上皮卵巢癌组织 技术:非靶糖蛋白质…

文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 加州大学河滨分校 研究对象:乳腺癌细胞 技术:靶向蛋白组学   一. 概述: 本文应用了基于并行反应监测(PRM)…

发表时间:(2019年4月) IF:3.950 单位:韦恩州立大学化学系 物种:小鼠心肌细胞 技术:谷胱甘肽修饰蛋白组学 一. 概述: 本研究采用化学选择性蛋白组学方法,鉴定出过氧化物诱导HL-1小鼠心肌细胞后的含有半胱氨酸特异位点谷胱甘肽修饰多肽1763个,经过生信分析发现125个与心肌疾病相关的谷胱甘肽修饰蛋白,这些被修饰蛋白包括肌节结构和收缩蛋白.分子伴侣.信号及调节蛋白.并进一步通过对修饰位点的结构分析,预测蛋白质谷胱甘肽修饰对功能的作用.本研究建立了一个选择性直接鉴定谷胱甘肽修饰蛋白质…

发表时间:(2019年4月) IF:3.95 单位: 维也纳医科大学: 欧洲生物信息研究所(EMBL-EBI): 分子病理学研究所: 奥地利科学院分子生物技术研究所: Gregor Mendel分子植物生物学研究所. 对象:质谱无标记定量结果 技术:聚类分析 一. 概述:(用精炼的语言描述文章的整体思路及结果) 本文选择四个不同的数据集,分为基于谱图数计数和基于峰值强度计数的无标记定量两种情况,对谱图进行聚类算法分析,提高了低丰度蛋白的可检测性,并开发了可直接使用的聚类方法的PD节点. 二. 研…

文章中文名:阿尔茨海默病三联转基因小鼠模型的海马蛋白质组学改变及Donepezil治疗中PINK 1调节的意义 发表时间:(2019年4月) IF:3.95 单位:澳门大学,威斯康星大学,暨南大学,广东工业大学,深圳市疾控,北京大学深圳研究生院 物种:小鼠 技术:6-plex TMT蛋白质组学 一.概述 近年来全世界患阿尔茨海默病(AD)的人日趋增多.Donepezil 是临床认证的用于改善认知,治疗AD的药物, 但其药效和潜在分子机制还是未知的.本研究采用蛋白质检测技术和蛋白质组学定量技术方法…

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:瑞典卡罗林斯卡学院 物种:人 技术:标记定量蛋白质组学,氧化还原蛋白质组学,热稳定蛋白质组学 一. 概述: 该研究使用TMT标记蛋白质组学方法研究了低氘水对于人肺癌细胞系A549的杀伤作用和效果.从定量蛋白质组学,氧化还原蛋白质组学和热蛋白质组学结果中推断低氘水作用于癌细胞时会扰乱线粒体的氧还平衡,产生活性氧促使细胞凋亡. 二. 研究背景: 低氘水的抗癌作用已在涉及人类…

期刊名:Molecular & Cellular Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:1德国海德堡大学附属医院2德国汉诺威医科大学3德国亥姆霍茲感染研究中心4德国马克斯·普朗克生化研究所5瑞典于默奥大学6葡萄牙波尔图大学7德国&柏林健康研究所 8法国里昂大学 物种:人 技术:非标定量蛋白质组学,免疫共沉淀,病毒化验 一. 概述: 该研究使用免疫共沉淀-非标定量蛋白质组学的方法发现了高尔基转运相关蛋白GBF1与乌库涅米病毒(UUKV)的感染有关.通过…

期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年12月) IF:4.828 单位:德国Robert Koch 研究所 物种:多种 技术:新蛋白提取和酶解方法 一. 概述: 本文设计了一种仅需要三步——酸化,中和及酶解——就能完成蛋白提取和酶解的实验方法,命名为简单的蛋白提取和酶解法(SPEED).SPEED使用三氟乙酸(TFA)做裂解液,适用于不同类型的样本,包括难以裂解的样本类型.文章评估了SPEED方法对大肠杆菌,小鼠肝脏和金黄色葡萄球菌的效果,又将该方法与5种不同原理…

文献名:Proteomic and N-Terminomic TAILS Analyses of Human Alveolar Bone Proteins: Improved Protein Extraction Methodology and LysargiNase Digestion Strategies Increase Proteome Coverage and Missing Protein Identification(人类牙槽骨蛋白的蛋白质组学和n端分析:改进的蛋白质提取方法和Ly…