尹师妹:“哈师兄,做验证实验好辛苦,老板让我提高筛选差异基因的条件,尽量降低假阳性,我该怎么筛?” 小哈打开Evernote,给尹师妹看张表: “瞧见那个100%了吗?30 million mapped reads的情况下,10次重复,2倍筛选条件,Statistical power100%,找出来的都是真的应答基因:只做3次重复,2倍筛选条件,可以达到87%: 如果测序深度降到15 million mapped reads,需要10次重复,才能到85%.” 尹师妹:“我的样品有30 M map…

无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biological replicates BMC Bioinformatics 的一篇文章中提出了一种新的差异基因分析方法. 这篇文章提出了CORNAS(COverage-dependent RNA-Seq) 方法,利用贝叶斯方法来推断真实基因表达数的  后验分布. 其创新型之一该方法包括了由RNA样品浓度决定的…

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

冷冻电镜 为什么冷冻电镜 (Cryo-EM) 技术的发明可以获得2017诺贝尔化学奖?知乎看法 Press release: The Nobel Prize in Chemistry 2017 We may soon have detailed images of life’s complex machineries in atomic resolution. 不久的将来,我们所有的生命复合体机器都能得到精确的原子层次的分辨结构. Electron microscopes were long b…

from testcase.test_mokuai.operation_excle import OperationExcleimport shutil class test_daoru(): #一个小脚本,修改excle文件后另存为,用于导单(导单时会读取excle文件内容,判断当前导入的数据是不是已导入) def test_a(self): col_num=7 num=2 file = r'F:\excle_test\test1.xls' new_name = r'F:\excle_test…

根据拿到的表达矩阵设为exprSet 1.用scale 进行标准化 数据中心化:数据集中的各个数字减去数据集的均值 数据标准化:中心化之后的数据在除以数据集的标准差. 在R中利用scale方法来对数据进行中心化和标准化 1 scale(data, center=T, scale=F) 2 3 其中,center为T,表示数据中心化 4 5 scale为T,表示数据标准化 6 7 对一个data frame的每一列进行计算 并不是表达矩阵里面的所有基因都可以进行相关性分析,首先去除reads co…

案 我是一个从建筑行业转行过来的后端工程师,转行来写代码了.最近发现经常有同学和网上的朋友问我一些转行的问题,零零散散地回答莫不如写一篇文章,以后回答此类问题就方便多了. 我的专业是给排水,属于非常传统的专业.大学期间自学了一些编程语言,没有什么项目经验,只能算是有一个感性认识.在真正换行业的时候,还是经历了一些波折的,所以还挺愿意分享出来的,让大家在换行的过程中有个参照. 如果你不是转行做开发的,也可以看看,毕竟套路是相通的,作为参考. 虽然我转行不久,但是我觉得我的分享还是有意义的,毕竟大牛…

Web测试要点 一.功能测试 1.链接测试 (1).测试所有链接是否按指示的那样确实链接到了该链接的页面:  (2).测试所链接的页面是否存在:  (3).保证Web应用系统上没有孤立的页面(所谓孤立页面是指没有链接指向该页面,只有知道正确的URL地址才能访问). 2.表单测试(1).注册.登陆.信息提交等,必须测试提交操作的完整性,以校验提交给服务器的信息的正确性:(2).用户填写的出生日期与职业是否恰当,填写的所属省份与所在城市是否匹配等:  (3).检验默认值的正确性:(4).如表单只能接…

Chardet,字符编码探测器,可以自动检测文本.网页.xml的编码. colorama,主要用来给文本添加各种颜色,并且非常简单易用. Prettytable,主要用于在终端或浏览器端构建格式化的输出. difflib,[Python]标准库,计算文本差异 Levenshtein,快速计算字符串相似度. fuzzywuzzy,字符串模糊匹配. esmre,正则表达式的加速器. shortuuid,一组简洁URL/UUID函数库. ftfy,Unicode文本工具 unidecode,ascii…