技术背景 在分子动力学模拟过程中会遇到一些拓扑结构非常复杂的分子模型,所谓的复杂不仅仅是包含众多的原子,还有各种原子之间的成键关系与成键类型等.这时候就非常能够体现一个好的可视化软件的重要性了,这里我们介绍的VMD是一个业界非常常用.功能也非常强大的一款软件. VMD的安装 首先访问VMD官方网站,找到适合自己本地OS和硬件系统的版本进行下载.这里我们本地是Ubuntu20.04的系统,所以下载了一个Linux通用的版本: 下载到本地之后,找到一个合适的文件夹进行解压: dechin@ubunt…

Gromacs分子动力学模拟主要可以分为以下几个步骤,不同的体系步骤可能略有不同. 在开始之前,先简单了解一下预平衡: 分子动力学模拟的最终目的是对体系进行抽样,然后计算体系的能量,各种化学键,成分分析等等.打个比方说,我们有一个蛋白质,我们想将它放入一种溶液中(可能是水,也可能不是),然后看看这个体系的能量如何变化,蛋白质的化学键,与水分子形成的氢键等等信息,那么我们需要将蛋白质放入溶液中,映射到现实中就是讲溶剂放入溶剂中,然后等体系稳定后,观察其性质. 在MD中,这一过程不向现实中一样是自然…

技术背景 在分子动力学模拟的过程中,考虑到运动过程实际上是遵守牛顿第二定律的.而牛顿第二定律告诉我们,粒子的动力学过程仅跟受到的力场有关系,但是在模拟的过程中,有一些参量我们是不希望他们被更新或者改变的,比如稳定的OH键的键长就是一个不需要高频更新的参量.这时就需要在一次不加约束的更新迭代之后(如Velocity-Verlet算法等),再施加一次约束算法,重新调整更新的坐标,使得规定的键长不会产生较大幅度的变更. 初始化坐标参数 为了实现LINCS这一算法,我们先初始化一组随机的坐标用于测试,比…

技术背景 在上一篇文章中,我们讨论了在分子动力学里面使用LINCS约束算法及其在具备自动微分能力的Jax框架下的代码实现.约束算法,在分子动力学模拟的过程中时常会使用到,用于固定一些既定的成键关系.例如LINCS算法一般用于固定分子体系中的键长关系,而本文将要提到的SETTLE算法,常用于固定一个构成三角形的体系,最常见的就是水分子体系.对于一个水分子而言,O-H键的键长在模拟的过程中可以固定,H-H的长度,或者我们更常见的作为一个H-O-H的夹角出现的参量,也需要固定.纯粹从计算量来考虑的话,…

在更新安装包之前,我们可能会想做一个测试运行,换句话说,模拟而不是实际安装更新的包,以确定在安装之前是否有任何需要处理的问题. 以测试更新openssh2为例: yum update openssh2 --setopt tsflags=test rpm -Uvh --test openssh2 现在的 yum 带有历史记录功能,可以查看过往的事务,重做或回滚这些事务. 显示事务的命令是 “yum history”, 在历史中搜索某个软件包是“yum history list XXXX”, 显示某…

在虚拟机上模拟redis5.0的集群,由于redis的投票机制,一个集群至少需要3个redis节点,如果每个节点设置一主一备,一共需要六台虚拟机来搭建集群,此处,在一台虚拟机上使用6个redis实例来模拟搭建一个伪分布式的redis集群. 1.安装ruby 搭建redis集群需要ruby脚本,需要安装ruby的环境 (1)yum install ruby (2) yum install rubygems 2. 创建一个集群的目录 3. 复制编译安装好的redis节点 进入redis01目录,删除…

安装完openstack的必要组件keystone,nova,glance,neutron以后就可以使用openstack命令创建一台云虚拟机了 ------------------- 完美的分割线  -------------------- 8.0.neutron的两种虚拟网络 对于实际的网络环境,购买好路由器交换机等网络设备后,还需要连接网线,配置局域网络才可以让服务器正常连接上网. 同样,对于openstack,安装好neutron只相当于购买好了网络设备,仍然需要创建一个虚拟的网络才可以…

最近玩 Hyper -V ,都是在网上找的资料进行操作的.后面发觉园友提供的一些操作 按部就班的做下来,别人 可以 ,我的就是不行. 最近就遇到一个很烦闷的事情.(如题) 安装好系统之后 发现 没有网卡驱动,同一个iso系统安装文件,以前玩 Oracle VM 重来没有遇到过.所以果断排除:iso文件错误等问题. 于是开始找资料,各种百度.最后 找到一个网友的文章,说删除了 “旧版本网络适配器,添加 网络适配器 ”,这样子处理就可以了! 郁闷的是,我的虚拟机设置里面. 没有 “旧版本网络适配器”…

1. 安装依赖包和软件 在所有服务器上输入命令进行安装操作 yum install epel-release -y yum install ganglia-web ganglia-gmetad ganglia-gmond –y 2. 在master服务器上配置监控端 vi /etc/ganglia/gmetad.conf 修改下面内容 data_source master: master-backup: node1: node2: node3: case_sensitive_hostnames…

这是目录(app 是模拟的角色) [root@test ansible]# tree.├── app_role.retry├── app_role.yml├── httpd_role.yml├── nginx_role.retry├── nginx_role.yml└── roles ├── app │   ├── files │   │   └── moniwenjiancopy.conf │   ├── handlers │   │   └── main.yml │   ├── tasks…