最近从公共数据库下载了一堆bam文件和reference 基因组文件,重新分析外显子流程时,跑出了“Exception in thread "main" picard.PicardException: New reference sequence does not contain a matching contig for NC_007605”这个错误. 源代码是这样的: java -jar picard.jar ReorderSam \ I=original.bam \ O=reor…

出现这种问题说明bam/cram文件没有进行index. Samtool能解决这个问题,以bam文件为例,输入以下命令行即可解决问题: /path/to/your/samtools index file.bam…

各种报错信息如下: java.lang.NoClassDefFoundError: scala/Function0 at java.lang.Class.getDeclaredMethods0(Native Method) at java.lang.Class.privateGetDeclaredMethods(Class.java:2701) at java.lang.Class.privateGetMethodRecursive(Class.java:3048) at java.lang.C…

环境: openSUSE42.2 hadoop2.6.0-cdh5.10.0 spark1.6.0-cdh5.10.0 按照网上的spark安装教程安装完之后,启动spark-shell,出现如下报错: 报错信息: Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/hadoop/fs/FSDataInputStream at org.apache.spark.deploy.SparkSubmitA…

报错现象: Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: Lorg/apache/hadoop/fs/FileSystem; at java.lang.Class.getDeclaredFields0(Native Method) at java.lang.Class.privateGetDeclaredFields(Class.java:2583) at java.lang.Class.getDeclaredFi…

报错 Exception in thread "main" org.apache.ibatis.binding.BindingException: Invalid bound statement (not found): com.ij34.model.UserMapper.selectarticle at org.apache.ibatis.binding.MapperMethod$SqlCommand.<init>(MapperMethod.java:230) at or…

问题描述: storm版本:1.2.2,kafka版本:2.11.   在使用storm去消费kafka中的数据时,发生了如下错误. [root@node01 jars]# /opt/storm-1.2.2/bin/storm jar MyProject-1.0-SNAPSHOT-jar-with-dependencies.jar com.suhaha.storm.storm122_kafka211_demo02.KafkaTopoDemo stormkafka SLF4J: Class pat…

前言 1255: 打怪升级(Java),写这个题目程序的时候,控制台提示如下错误: Exception in thread "main" java.lang.NullPointerException at oj1255.Main.input(Main.java:41) at oj1255.Main.<init>(Main.java:24) at oj1255.Main.main(Main.java:52) 然后我调试才发现,这个对象数组居然是null的,这我就不理解了,我明…

问题描述: Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/storm/topology/IRichSpout at java.lang.Class.forName0(Native Method) at java.lang.Class.forName(Class.java:264) at com.intellij.rt.execution.application.AppMain.main(App…

- 错误: Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/eclipse/jetty/server/Connector Caused by: java.lang.ClassNotFoundException: org.eclipse.jetty.server.Connector - 解决: pom.xml中修改jetty-server的配置,将scope的provided修改为compile: <de…

Exception in thread "main" java.lang.NoSuchFieldError: INSTANCE at org.apache.http.conn.ssl.SSLConnectionSocketFactory.<clinit>(SSLConnectionSocketFactory.java:144) at us.codecraft.webmagic.downloader.HttpClientGenerator.<init>(HttpC…

以下链接给出了解决方案:https://gatkforums.broadinstitute.org/gatk/discussion/4290/sam-bin-field-error-for-the-gatk-run 下面详细说明怎么解决这个问题. 首先需要下载htsjdk软件,下载地址: http://central.maven.org/maven2/com/github/samtools/htsjdk/1.133/htsjdk-1.133.jar 在Linux上,可以输入以下命令下载该包: w…

报错现象: 报错原因: pom文件中的jar包太高,可以降低jar包的版本号. 报错解决: 我将2.11换成了2.10,即可解决. <dependency> <groupId>org.apache.flink</groupId> <artifactId>flink-streaming-java_2.10</artifactId> <version>1.3.1</version> </dependency> &l…

一.情况描述 使用idea +scala+spark,运行程序代码如下: package cn.idcast.hello import org.apache.spark.rdd.RDD import org.apache.spark import org.apache.spark.SparkConf import org.apache.spark.SparkContext /** * Author itcast * Desc 演示Spark入门案例-WordCount */ object Wor…

最近做项目需要用java调用python,配置了jython后,运行了例子代码: 获得一个元组里面的元素: import org.python.util.PythonInterpreter; public class FirstJavaScript { public static void main(String args[]) { PythonInterpreter interpreter = new PythonInterpreter(); interpreter.exec("days=('…

1. 现象:在任意位置输入 hive,准备启动 hive 时,报错: Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/hadoop/mapred/MRVersion 2. 原因:全局变量中未 添加 hive 的路径 3. 解决: vi /etc/profile 添加: export HIVE_HOME=/export/servers/apache-hive-2.1.1-bin   (/expor…

报错:Exception in thread "main" org.hibernate.exception.SQLGrammarException: Could not execute JDBC batch update 解决方法,把数据库方言MySQLInnoDBDialect改成MySQLDialect就可以了.…

在执行spark on hive 的时候在  sql.show()处报错 : Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/hadoop/fs/CanUnbuffer 报错详情: Exception in thread "main" java.lang.NoClassDefFoundError: org/apache/hadoop/fs/CanUnbuffer at jav…

一.linux中配置redis,使用java连接测试时报错: Exception in thread "main" redis.clients.jedis.exceptions.JedisConnectionException: java.net.ConnectException: Connection refused (Connection refused) 原因: linux中的防火墙没有关闭,在终端中输入以下命令关闭防火墙即可: 1) Linux操作系统中永久性生效,重启后不会复…

一般通过java -jar filename.jar运行jar包,但是当运行的java程序需要较大的内存时,可能会造成堆空间溢出. 例如,加载了几个G大小的json文件,运行报错: Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at java.util.HashMap.resize(HashMap.java:) at java.util.HashMap.putVal(HashMap.java…

当我尝试在java中通过ProcessBuilder运行window的cmd命令时出现错误: public static void main(String [] args) throws IOException { ProcessBuilder builder = new ProcessBuilder(); Process process = builder.command("dir d:\\").start(); InputStream inputStream = process.g…

在做外显子分析Indel Realigner时,弹出以下错误: Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/broadinstitute/gatk/engine/CommandLineGATK : Unsupported major.minor version 52.0 at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method) at java…

源代码如下: Point[] points=new Point[n];//Point是一个类 for(int i=0;i<n;i++) { System.out.print("请输入x:"); points[i].setX(in.nextInt());//报错的第29行 System.out.print("请输入y:"); points[i].setY(in.nextInt()); } 报错信息如下: Exception in thread "mai…

 重装系统后无法使用 sqlite 数据库报错 报错 : com.intellij.execution.ExecutionException: Exception in thread "main" java.lang.ClassNotFoundException: org.sqlite.JDBC  报错原因: 没驱动!  解决方案: 下驱动!…

我想判断一个集合里面有没有"world"这个元素,如果有,我就添加一个"javaee"元素, 当时的做法是: public class ListIteratorDemo1 { public static void main(String[] args) { // 创建List集合对象 List list = new ArrayList(); // 添加元素 list.add("hello"); list.add("world"…

eclipse运行项目,tomcat报错:Exception in thread :http-bio-8080-exec-4 转自 https://www.cnblogs.com/yby-blogs/p/6283105.html 今天用eclipse开发项目后,新建一个tomcat的server,然后添加项目后启动,利用火狐浏览器进行访问一直报内存溢出: Exception in thread ""http-bio-8080"-exec-1" java.lang.O…

学习bytebuffer时,写了简单的demo报错: 错误的提示:Exception in thread "main" java.nio.BufferOverflowException 意思是缓冲区溢出异常,超出了传输量 解决方法:在put方法之前,调用一下bytebuffer的clear方法,清空缓冲区…

在运行如下程序时出现“Exception in thread "main" java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space”报错: java -jar picard.jar SortVcf \ I=hg19.sites.vcf \ O=hg19.sites.sorted.vcf \ SEQUENCE_DICTIONARY=hg19.dict 出现这种报错说明内存不足.因此我们可以加上“-Xmx”参数 java -Xmx60g -jar picar…

使用命令 java -jar springBoot.jar  启动项目,结果报错如下: Exception at java.lang.String.substring(String.java:) at org.springframework.boot.loader.jar.JarFile.createJarFileFromDirectoryEntry(JarFile.java:) at org.springframework.boot.loader.jar.JarFile.createJarFi…

Exception in thread "main" java.net.UnknownHostException: file at java.net.AbstractPlainSocketImpl.connect(AbstractPlainSocketImpl.java:178) at java.net.PlainSocketImpl.connect(PlainSocketImpl.java:172) at java.net.Socket.connect(Socket.java:579…