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python学习——读取染色体长度（一、简化问题）

# 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr1_len = 10 chr2_len = 20 chr3_len = 30 chr4_len = 40 chr5_len = 50 # 求和 total_len = chr1_len + chr2_len + chr3_len + chr4_len + chr5_len # 输出结果 print(total_len)…

python学习——读取染色体长度（七：读取fasta文件）

读取fasta文件genome_test.fa,并计算染色体总长,同时输出最长染色体编号.序列以及长度 fasta文件genom_test.fa的内容如下: >chr1ATATATATAT>chr2ATATATATATCGCGCGCGCG>chr3ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT>chr4ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG>chr5ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCG…

python学习——读取染色体长度（六：读取含有染色体长度的文件）

含有染色体长的文件chr_len.txt chr1 10chr2 20chr3 30chr4 40chr5 50 python脚本 #传递命令行参数 import sys # 导入模块 # 从命令行获取文件名称 f_chr_len = sys.argv[1] # 定义命令行参数,1表示变量1 # 打开文件 open('文件路径') f = open(f_chr_len) # 逐行读取 total_len = 0 lines = f.readlines() # 是一个列表 for line in…

python学习——读取染色体长度（五：从命令行输入染色体长度）

# 传递命令行参数 # 导入sys模块 import sys print(sys.argv)   命令行操作 python argv.py 10 20 30 40 50 回车输出 ['argv.py', '10', '20', '30', '40', '50']   # 方法一,删掉第0个元素 del(sys.argv[0]) print(sys.argv)   命令行操作 python argv.py 10 20 30 40 50 回车输出 ['10', '20', '30', '40', '…

python学习——读取染色体长度（四：获取最长染色体的编号）

# 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr_len = {'chr1':10,'chr2':20,'chr3':30,'chr4':40,'chr5':15} # 求和 total_len = sum(chr_len.values()) # 获取键用keys for chr in chr_len.keys(): print(chr) # 获取值用values for len in chr_len.values(): print(len) # 获取键值对用items for [chr,le…

python学习——读取染色体长度（三、用循环或者函数求总长并获取最长染色体长度）

# 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr_len = [10,20,30,40,50] # 求和 # 方法一:通过循环 total_len = 0 #定义total_len的初始长度 for len in chr_len: # 从列表chr_len中每次取一个值交给len total_len += len # 或者total_len = total_len + len # 方法二:通过函数sum() total_len = sum(chr_len) # 求最长染色体编号 max_len…

python学习——读取染色体长度（二、向前一步：通过染色体序列获得长度信息）

# 读取fasta # 解析每条序列的长度 chr1_seq = 'ATATATATAT' chr2_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCG' chr3_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT' chr4_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCG' chr5_seq = 'ATATATATATCGCGCGCGCGATATATATATCGCGCGCGCGATATATATAT' # 求和 tot…

python学习读取配置文件

配置文件作为一种可读性很好的格式,非常适用于存储程序中的配置数据. 在每个配置文件中,配置数据会被分组(比如“config”和 “cmd”). 每个分组在其中指定对应的各个变量值.如下: # 定义config分组 [config] platformName=Android appPackage=com.romwe appActivity=com.romwe.SplashActivity # 定义cmd分组 [cmd] viewPhone=adb devices startServer=adb s…

Python学习笔记五(读取提取写入文件)

#Python打开读取一个文件内容,然后写入一个新的文件中,并对某些字段进行提取,写入新的字段的脚本,与大家共同学习. import os import re def get_filelist(dir): os.getcwd() #get current work direction. os.chdir(path) #change direction Filelist = [] for home, dirs, files in os.walk(path): for filename in fil…

Python学习笔记之从文件中读取数据

10-1 Python 学习笔记:在文本编辑器中新建一个文件,写几句话来总结一下你至此学到的Python 知识,其中每一行都以“In Python you can”打头.将这个文件命名为learning_python.txt,并将其存储到为完成本章练习而编写的程序所在的目录中.编写一个程序,它读取这个文件,并将你所写的内容打印三次:第一次打印时读取整个文件:第二次打印时遍历文件对象:第三次打印时将各行存储在一个列表中,再在with 代码块外打印它们. 新建文件learning_python.tx…