通常R语言运行都是在CPU单个核上的单线程程序.有时我们会有需求对一个向量里的元素应用相同的函数,最终再将结果合并,并行计算可以大幅节约时间. 为了支持R的并行运算, parallel包已经被纳入了R的BASE库中,可以被直接调用,来实现在同一个CPU上利用多个核Core同时运算相同的函数. 版本一.Window版本的R程序 对比普通的LAPPLY函数和Parallel包下的多核makeCluster + parLapply函数效率 library(parallel) fun <- functi…

MxNet有了亚马逊站台之后,声势大涨,加之接口多样化,又支持R语言所以一定要学一下.而且作为R语言的fans,为啥咱们R语言就不能上深度学习嘞~ ------------------------------ 一.MxNet对R的API接口 MxNet提供给了R一个API接口,但是这个API接口也不是万能的,不同的操作系统有着不同的使用功能.       1. Windows/Mac用户--只能CPU训练 可以通过下面的代码安装预编译的版本.这个版本会每周进行预编译,不过为了保证兼容性,只能使用…

XGBoost不仅仅可以用来做分类还可以做时间序列方面的预测,而且已经有人做的很好,可以见最后的案例. 应用一:XGBoost用来做预测 -------------------------------------------------- 一.XGBoost来历 xgboost的全称是eXtreme Gradient Boosting.正如其名,它是Gradient Boosting Machine的一个c++实现,作者为正在华盛顿大学研究机器学习的大牛陈天奇.他在研究中深感自己受制于现有库的计…

笔者:受alphago影响,想看看深度学习,但是其在R语言中的应用包可谓少之又少,更多的是在matlab和python中或者是调用.整理一下目前我看到的R语言的材料: ------------------------------------------------------------ 近期,弗莱堡大学的Oksana Kutina 和 Stefan Feuerriegel发表了一篇名为<深入比较四个R中的深度学习包>的博文.其中,四个R包的综述如下: MXNet: MXNet深度学习库的R接…

R语言是单线程的,如果数据量比较大的情况下最好用并行计算来处理数据,这样会获得运行速度倍数的提升.这里介绍一个基于Unix系统的并行程序包:multicore. 我们用三种不同的方式来进行一个简单的数据处理: 我们从 1000 genome project 数据库下载了VCF文件,现在需要手动提取出每个allele的 allele frequency(AF)值(vcftools 可以很好的解决这个问题,但是假设我的vcf文件没有genotype, 或者我要实现一些个性化功能,那么可能要手动解决)…

1.     参考<R语言编程艺术>(Norman Matloff) chapter 14 & chapter 15 2.     方法 (1)向量化 与非向量化-循环做个对比: (2)R中调用C或cpp 通过Rstudio建立R包,R包中可以联合使用cpp.仅拿循环做个例子,cpp中做循环的速度秒杀R. 查看R包的源文件,可以发现许多R包其实是用了.cpp的! (3)多线程 若在Rgui中直接运行程序,1个核跑1个Rgui:若电脑有4个核,就可以开4个Rgui跑4个程序. 使用多线程…

本文对应<R语言编程艺术> 第14章:性能提升:速度和内存: 第15章:R与其他语言的接口: 第16章:R语言并行计算 ========================================================================= 性能提升:速度和内存 要使R代码运行速度更快,有以下建议: 通过向量化的方式优化.使用字节码编译等: 将代码中最消耗CPU的核心部分用编译型语言编写,如C或C++: 将代码用某种并行的方式编写. 消除显示循环: 采用向量化提升速度…

一.引言 近年来,随着分布式数据处理技术的不断革新,Hive.Spark.Kylin.Impala.Presto 等工具不断推陈出新,对大数据集合的计算和存储成为现实,数据仓库/商业分析部门日益成为各类企业和机构的标配.在这种背景下,是否能探索和挖掘数据价值,具备精细化数据运营的能力,就成为判定一个数据团队成功与否的关键. 在数据从后台走向前台的过程中,数据展示是最后一步关键环节.与冰冷的表格展示相比,将数据转化成图表并进行适当的内容组织,往往能更快速.更直观的传递信息,进而更好的提供决策支持.…

R的优点:免费,开源,体积小.缺点:对大文本处理差,另外一个也在于开源,package如果出错,烦死你.当你跑比较大的simulation,对效率有要求的时候,有时还是不得不用C,这可能是10小时和10分钟的差别,毫不夸张.SAS流行于公司,R流行于研究机构和大学数据分析不是单纯的靠软件来做的,需要很好的数学基础. 统计学工具各有千秋.https://englianhu.wordpress.com/statistics/学了R,可以免去学spss,matalab,ucinet等等众多的软件,可以…

http://www.chinaaet.com/article/3000087559 0 引言 CPU是电子产品的核心,代表着信息产业的发展水平.CPU发展至今已经有四十多年的历史了,实际就是Intel公司的发展历史[1].Intel的CPU和其兼容产品占领了PC的大半江山.我国CPU战略已经发展十余年,部分领域完全具有核心技术,产业化取得积极进展,但是与国际主流厂商Intel等仍存在较大差距.国产CPU由于受多方因素制约,单核性能并不高,在2000年左右所有的微处理器厂商都转向了多核微处理器的…

R语言在进行数据库查询时,每执行一条语句,都会阻塞.直到查询语句返回结果之后,才会进行下一条语句. 为了能够实现同时对多个数据库进行查询,以节省顺序执行下来的时间,首先考虑通过多线程来进行数据库查询. 不过多数据库同时查询,多个结果合并起来过大的话,本地机器的内存可能是一个风险点,心里要对可能需要的内存有所把握. R下进行多线程依赖与doParallel包和foreach包. > install.packages('doParallel') > install.packages('foreac…

这段时间学习了<R高性能编程>这本书,基于这段时间做的项目实践,总结了一些自己的体会,和大家分享 一.为什么R程序有时候会很慢?1.计算性能的三个限制条件 cpu ram io R代码本身2.R是运行时解释的 在运行时解释并执行R代码3.R是单线程的 CPU的强大核心并没卵用,R只会只用一个4.R需要将全部数据加载到内存 处理的最大数据了取决于内存的限制 这里 linux相比于windows有一个优势,当我们试图装载一个可用内存大小的数据集数据可能会成功装载,不过一旦可用内存耗尽,操作系统会将…

接着上一篇 一.减少内存使用的简单方法1.重用对象而不多占用内存 y <- x 是指新变量y指向包含X的那个内存块,只有当y被修改时才会复制到新的内存块,一般来说只要向量没有被其他对象引用,就可以正常修改,以避免复制向量带来的CPU和RAM开销.按照程序属于来说,R是按值传递,应该避免使用sort 类似的函数,会返回一个副本,资源开销至少和原对象一样大,甚至更大2.删除不在需要的中间数据注意 在调用rm()的时候,内存不会被立即释放并交还到操作系统,而是在必要的时候,或者当已删除对象的内存量超过…

R语言由于效率问题,实现自然语言处理的分析会受到一定的影响,如何提高效率以及提升词向量的精度是在当前软件环境下,比较需要解决的问题. 笔者认为还存在的问题有: 1.如何在R语言环境下,大规模语料提高运行效率? 2.如何提高词向量的精度,或者说如何衡量词向量优劣程度? 3.词向量的功能性作用还有哪些值得开发? 4.关于语义中的歧义问题如何消除? 5.词向量从"词"往"短语"的跨越? 转载请注明出处以及作者(Matt),欢迎喜欢自然语言处理一起讨论~ ---------…

在实操时出现以下的问题: Error: cannot allocate vector of size 2.9GB 大神指导(http://bbs.pinggu.org/thread-3682816-1-1.html) cannot allocate vector就是典型的数据太大读不了 方法有三 一.升级硬件 二.改进算法 三.修改操作系统分配给R的内存上限, memory.size(T)查看已分配内存 memory.size(F)查看已使用内存 memory.limit()查看内存上限 obj…

Twitter开源的时序数据突变检测(BreakoutDetection),基于无参的E-Divisive with Medians (EDM)算法,比传统的E-Divisive算法快3.5倍以上,并且具有鲁棒统计性,就是你加入一些离群点或异常点,并不影响该算法的检测效果,不过最关键的还是无参特性,有时候调参真是件摸着石头过河的事. 它认为突变有两种方式: 1.Mean Shift:突然跳变,比如CPU从40%一跃跳变为60%,像佛教里讲的“顿宗” 2.Ramp Up:缓慢从一个平稳状态渐变到另…

Julia是一款高级高效为技术计算(technical computing)而设计的编程语言,其语法与其他计算环境类似.其为分布式计算和并行所设计,最知名的地方在于其接近C语言的高效率. 按开发者的话说,“我们希望这门开源语言像C一样快…像Python一样通用,像R做统计那么简单,像Perl做文本处理那么方便,像Matlab的线性代数一样强大,还和Shell一样可以把各种程序连接起来”. 打开Julia的首页http://julialang.org/,在一长串特性介绍后面,便是和各种语言的对比测…

前言 人类总是在生活中摸索规律,把规律总结为经验,再把经验传给后人,让后人发现更多的规规律,每一次知识的传递都是一次进化的过程,最终会形成了人类的智慧.自然界规律,让人类适者生存地活了下来,聪明的科学家又把生物进化的规律,总结成遗传算法,扩展到了更广的领域中. 本文将带你走进遗传算法的世界. 目录 遗传算法介绍 遗传算法原理 遗传算法R语言实现 1. 遗传算法介绍 遗传算法是一种解决最优化的搜索算法,是进化算法的一种.进化算法最初借鉴了达尔文的进化论和孟德尔的遗传学说,从生物进化的一些现象发展起…

初学者很多对自己开发的软件使用硬件资源的时候并不注意,造成写出的东西不是很满意. 一般有两种情况: 1.写的都是同步单线程任务,不管你电脑有多少个核都不关我事 我就用你1个核所以不管怎么样都不会把CPU吃满. 这样的例子还是比较多的,在CPU出多核之后很多软件陆续已经将这些问题进行了修复,不过也还有这样的情况. 拿我常用的金山快盘同步盘这个软件来说吧,他在要进行一次同步任务前要先下载一份服务器端文件版本信息的比对数据,所以当我点立即同步的时候或者刚打开软件的时候他会马上使用网络进行下载(任务管理…

一. 实训内容 利用R语言对Java项目程序进行调用,本实验包括利用R语言对java的.java文件进行编译和执行输出. 在Java中调用R语言程序.本实验通过eclipse编写Java程序的方式,调用R语言的脚本文件进行传值运算,并将执行后的结果返回给Java程序. 二. 实验课题目标 要求能在R x64 3.6.1程序中进行简单的工作空间切换功能,以及掌握基本的shell.exec()和system()函数的应用. 掌握在R语言中进行包的下载和加载的方法,以及启动Rserve服务的方法. 掌…

R语言作为BI中ETL的工具,增删改 R语言提供了强大的R_package与各种数据库进行数据交互. 外加其强大数据变换清洗函数,为ETL提供一条方便快捷的道路. RODBC ROracal RMysql Rmongodb http://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/web/packages/rmongodb/vignettes/rmongodb_cheat_sheet.pdf step1 新建连接con,并查看其信息 library(RODBC) con<-odbcConn…

R语言安装包可以从这个地址选择合适的URL去下载:https://cran.r-project.org/mirrors.html,这里使用这个https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/,如下: 下载对应平台的安装包即可,这里我下载Mac OS X的,目前版本是3.3.2. 注意: 在下载文件描述可以看到,需要X11环境的支持,不过安装包已经包含这些必须的包在里面了! 安装完后,可以在应用程序看到图标"R": 点击打开后界面如下: 当然,也有图形…

先上图 R语言的REmap包拥有非常强大的空间热力图以及空间迁移图功能,里面内置了国内外诸多城市坐标数据,使用起来方便快捷. 开始 首先安装相关包 install_packages("devtools") install_packages("REmap") library(devtools) library(REmap) 我们来试试其强大的城市坐标获取功能 city<- c("beijing","上海") get_geo…

最近在网上看R的代码,常常看到 x %>% y 的写法. 样子看着像是pipe的用法,搜了一下, 没找到语法的相关说明. 今天突然开窍,想着 %>% 可能不是语言本身支持的语法,可能是某个包自己定义的. 于是查了下dplyr的文档,发现确实有关于%>%的解释,这个符号确实是个pipe符号. 用法为将左边的x作为参数赋予到右边的y函数中. 最初的版本来自magrittr包,顺着dplyr的文档可以找到解释. 将%>%作为R语言的pipe应该已经是业内共识的规范了,能看到很多地方在这样…

///加载自己写的R语言算法库 public List<double> GetZTFB(double[] data) { List<double> par = new List<double>(); try { //调用R语言算法 REngine.SetEnvironmentVariables(); REngine engine = REngine.GetInstance(null, true, null, null); NumericVector x = engine…

什么是分位数回归 分位数回归(Quantile Regression)是计量经济学的研究前沿方向之一,它利用解释变量的多个分位数(例如四分位.十分位.百分位等)来得到被解释变量的条件分布的相应的分位数方程. 与传统的OLS只得到均值方程相比,分位数回归可以更详细地描述变量的统计分布.它是给定回归变量X,估计响应变量Y条件分位数的一个基本方法:它不仅可以度量回归变量在分布中心的影响,而且还可以度量在分布上尾和下尾的影响,因此较之经典的最小二乘回归具有独特的优势.众所周知,经典的最小二乘回归是针对因…

博客总目录:http://www.cnblogs.com/weibaar/p/4507801.html ---- 前言: 应用背景兼吐槽 继续延续之前每个月至少一次更新博客,归纳总结学习心得好习惯. 这次的主题是论R与excel的结合,又称 论如何正确把EXCEL文件喂给R处理 分为: 1. xlsx包安装及注意事项 2.用vba实现xlsx批量转化csv 以及,这个的对象,针对跟我一样那些从R开始接触编程的,一直以来都是用excel做数据分析的人……编程大牛请轻拍 之所以要研究这个,是因为最近…

博客总目录:http://www.cnblogs.com/weibaar/p/4507801.html Tuesday, March 31, 2015 之前用rvest帮人写了一个定期抓取amazon价格库存,并与之前价格比较的小程序,算是近期写过的第一个完整的程序了.里面涉及了一些报错的处理. 这里主要参考了stackoverflow上的以下问答: How to skip an error in a loop skip to next value of loop upon error in R…

注意:这文章是2月份写的,拉勾网早改版了,代码已经失效了,大家意思意思就好,主要看代码的使用方法吧.. 最近一直在用且有维护的另一个爬虫是KINDLE 特价书爬虫,blog地址见此: http://www.cnblogs.com/weibaar/p/4824578.html 博客总目录:http://www.cnblogs.com/weibaar/p/4507801.html R语言爬虫初尝试-基于RVEST包学习 Thursday, February 26, 2015 在学完coursera的…

博客总目录:http://www.cnblogs.com/weibaar/p/4507801.html ---- 自从买了kindle以后,总是想要定期刷有没有便宜的书,amazon经常有些1元/2元的书打特价,但是每次都去刷那些榜单太麻烦了,而且榜单又不能按照价格排名,捞书有点累 所以自己用R语言的rvest包简单写了一个小程序,让它自动按照不同价格区间把特价书给分出来. 主要看的是kindle新品排行榜和最快畅销榜. 销售爬升最快榜: http://www.amazon.cn/gp/move…