两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)…

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞…

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不…

featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 : http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ 只需要输入reads的比对情况,就是BAM 文件,再输入一个你感兴趣的区间的注释(通常是基因或者转录本的注释gtf 文件,就可以了),所以不论是DNA seq 还是RNA seq, 这个软件都是可以定量的. fea…

单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emerged as a powerful approach to classify cell types and dynamic cell states in any multicellular organ…

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组…

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并…

Problem The 20 commonly occurring amino acids are abbreviated by using 20 letters from the English alphabet (all letters except for B, J, O, U, X, and Z). Protein strings are constructed from these 20 symbols. Henceforth, the term genetic string will…

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的…

1798: [Ahoi2009]Seq 维护序列seq Time Limit: 30 Sec  Memory Limit: 64 MBSubmit: 5504  Solved: 1937[Submit][Status][Discuss] Description 老师交给小可可一个维护数列的任务,现在小可可希望你来帮他完成. 有长为N的数列,不妨设为a1,a2,…,aN .有如下三种操作形式: (1)把数列中的一段数全部乘一个值; (2)把数列中的一段数全部加一个值; (3)询问数列中的一段数的和…

不能再简化 #include<linux/module.h> #include<linux/init.h> #include<linux/seq_file.h> #include<linux/fs.h> #include <linux/proc_fs.h> void * meng_seq_start(struct seq_file*s,loff_t*pos) { ) return NULL; return pos; } void * meng_s…

Problem An RNA string is a string formed from the alphabet containing 'A', 'C', 'G', and 'U'. Given a DNA string tt corresponding to a coding strand, its transcribed RNA string uu is formed by replacing all occurrences of 'T' in tt with 'U' in uu. Gi…

Linux 中seq 命令的用法 用于产生从某个数到另外一个数之间的所有整数 用法: seq [选项]... 尾数 或:seq [选项]... 首数 尾数 或:seq [选项]... 首数 增量 尾数 ‐f 选项 指定格式 % 后面指定数字的位数 默认是"%g", "%3g"那么数字位数不足部分是空格 seq ‐f "%03g" 1 100 这样的话数字位数不足部分是0 -w 指定输出数字同宽,不能和 -f 一起用: seq -w 10 01 0…

seq命令Shell内建命令 seq命令用于产生从某个数到另外一个数之间的所有整数. 语法 : seq [选项]... 尾数 seq [选项]... 首数 尾数 seq [选项]... 首数 增量 尾数 选项 -f, --format=格式 使用printf 样式的浮点格式 -s, --separator=字符串 使用指定字符串分隔数字(默认使用:\n) -w, --equal-width 在列前添加0 使得宽度相同 实例: -f选项:指定格式 [root@cobbler6 ~]# 这样的话数字…

生命的基本过程是从DNA转录成mRNA,再翻译成蛋白质发挥功能.DNA就像一张绝密的密码图,不能随意被移动,只能被锁在细胞核里.要想知道这些密码,只能像复印一样,将密码图复印到mRNA上,由它们把这些密码带到细胞质中进一步加工成蛋白质,让蛋白质发挥生物学功能.由于这些蛋白质是由mRNA所编码的,因此我们称这些mRNA为编码RNA:相反,那些不编码蛋白质的RNA被称为非编码RNA. 长期以来,非编码RNA以及被认为是基因组上的Junk或"暗物质",然而,随着2001年人类基因组测序的完成…

常规转录组测序     样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA 样品需求量(单次): 植物和真菌样品:≥20 μg: 人.大鼠.小鼠样品:≥5 μg: 其他类型动物:≥10 μg: 原核生物样品:≥5μg. 样品浓度: 植物和真菌样品:≥250 ng/μL: 人.大鼠.小鼠样品:≥65 ng/μL: 其它类型动物样品:≥150 ng/μL: 原核生物样品:≥65 ng/μL. 样品纯度: 真核:OD260/280 =1.8-2.2:OD260/230 ≥2.0: 动物样品:RIN…

一.题目 描述 老师交给小可可一个维护数列的任务,现在小可可希望你来帮他完成. 有长为N的数列,不妨设为a1,a2,-,aN .有如下三种操作形式: (1)把数列中的一段数全部乘一个值; (2)把数列中的一段数全部加一个值; (3)询问数列中的一段数的和,由于答案可能很大,你只需输出这个数模P的值. 输入 第一行两个整数N和P(1≤P≤1000000000).第二行含有N个非负整数,从左到右依次为a1,a2,-,aN, (0≤ai≤1000000000,1≤i≤N).第三行有一个整数M,表示操作…

for i in `seq -w 00 20` ; do echo $i ;done 00 01 02 03 04 05 06 07 08 09 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20…

长链非编码RNA(lncRNA) 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html     长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组…

转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_8088f3700101pab7.html 权威发布:长链非编码RNA命名规则 对于人类基因命名标准的制定而言,雨果基因命名委员会(HGNC)是唯一官方授权的机构.HGNC的数据库中有38000个基因名称,其中大部分是编码蛋 白基因:但HGNC也命名了8500多个人类非编码基因及假非编码基因,通过与各层次专家们的合作,他们命名了大多数的小非编码RNA. 小非编码RNA一般可根据它们的同源性及相同功能来分类.相比而言,长链非编码R…

标题:seq命令的使用 作用:seq命令用于以指定增量从首数开始打印数字到尾数,即产生从某个数到另外一个数之间的所有整数,并且可以对整数的格式.宽度.分割符号进行控制 语法: [1] seq [选项]    尾数 [2] seq [选项]    首数  尾数 [3] seq [选项]    首数  增量 尾数 选项: -f, --format=格式 -s, --separator=字符串,使用指定的字符串分割数字(默认使用个"\n"分割) -w, --sequal-width  在列前…

核糖体没有DNA,但是有RNA(rRNA 核糖体RNA) 有DNA的细胞器是线粒体和叶绿体.…

数列(seq) Time Limit: 1 Sec Memory Limit: 256 MB 题目连接 http://acm.uestc.edu.cn/#/problem/show/1157 Description 给出一个长度为n的数列A.现有如下两种操作: 修改操作:把数列中第i个数改为x 询问操作:给定一个位置i,问数列中有多少个位置j ( j>i ),满足位置i与位置j间所有的数都不超过Ai与Aj的较大值. 现共有m个操作,请对每个询问操作做出回答. Input 第一行两个正整数n.m.…

本函数是返回序列seq的反向訪问的迭代子. 样例: #reversed() for i in reversed([2, 3, 4, 5]): print(i, end = ',') 结果输出例如以下: 5,4,3,2, 蔡军生  QQ:9073204  深圳…

seq 5 seq 5 >1.txt 其中的>是覆盖 seq 1 5 用来产生从数1到数5之间的所有整数 或, seq 5…

seq命令简述 seq命令比较常用,在需要做循环的时候用于产生一个序列是再合适不过的工具了,常用方法也比较简单: Usage:      seq [OPTION]... LAST      seq [OPTION]... FIRST LAST      seq [OPTION]... FIRST INCREMENT LAST Print numbers from FIRST to LAST, in steps of INCREMENT. # 以INCREMENT为步长打印从FIRST到LAST的…

# Deal with .seq format for video sequence # Author: Kaij # The .seq file is combined with images, # so I split the file into several images with the image prefix # "\xFF\xD8\xFF\xE0\x00\x10\x4A\x46\x49\x46". import os.path import fnmatch import…

Seq 维护序列seq Time Limit: 30 Sec  Memory Limit: 64 MBSubmit: 4184  Solved: 1518[Submit][Status][Discuss] Description 老师交给小可可一个维护数列的任务,现在小可可希望你来帮他完成. 有长为N的数列,不妨设为a1,a2,…,aN .有如下三种操作形式: (1)把数列中的一段数全部乘一个值; (2)把数列中的一段数全部加一个值; (3)询问数列中的一段数的和,由于答案可能很大,你只需输出这…

7划分数列(seq.pas/c/cpp) [题目描述] 给你一个有n个元素的数列,要求把它划分成k段,使每段元素和的最大值最小 [输入格式] 第一行两个正整数n,k 第二行为此数列ai [输出格式] 一行一个数,为题目所求答案 [样例输入] 5 2 2 1 3 4 5 [样例输出] 9 [数据规模] 30%数据 n <= 30, k <= 10 100%数据 n <= 100000, k <= n, ai <= 10^9 150%数据 n <= 100000, k &l…

线段树.. 打个 mul , add 的标记就好了.. 这个速度好像还挺快的...( 相比我其他代码 = = ) 好像是#35.. --------------------------------------------------------------- #include<cstdio> #include<algorithm> #include<cstring> #include<iostream> #include<vector>   #d…