做了好久的RNA-seq分析,基因表达也在口头溜了几年了,但似乎老是浮在表面. 对一件事的了解程度决定了你的思维深度,只想做技工就不用想太多,想做大师就一定要刨根问底. 老是说基因表达,那么什么是基因表达?我们测序得到的基因表达其实只是一种表型,是样本的一个快照,和普通的身高体重之类的连续型表型类似. 常规的转录组分析本质上都是表型分析,clustering.pseudotime.DEG.marker,在这些分析中,每个基因都是独立的维度,属于静态的分析,此时我们关注的是某个基因的功能分析,比如…

在不了解埋点系统的情况下,花了五六个小时 帮一位PM朋友做的方案.记录下来.以备后续参考 Mf178-用户注册功能-埋点敏捷方案 版本号 时间 撰写人 描述 V1.0 20190515-10:50:00 冰灵 初稿 V2.0 20190515-14:10:00 冰灵 与架构师WB进行沟通讨论了1.5h 最终对讨论结果进行整理                 1. 需求背景 PM希望实现: 目前注册这块,有三个环节,每个环节有好几个输入框,他想知道 用户在向下操作的过程中不断流失的情况.    …

历经几个月的沉寂,以及兄弟们的奋战,极光推送的兄弟产品诞生了:极光IM,英文名 JMessage. 极光IM 是我们团队基于大量客户的需求反馈,在很多客户的殷切期盼下所开发的.团队成员一方面要支撑极光推送越来越大的用户量与推送压力,另一方面都积极参与到这个新产品的开发中.要对兄弟们说声:辛苦了! 随着极光推送最早开放免费的 Push 服务,到现在过去了 2 年多.在 2 年前,有意识要在应用里加上 Push 能力的 App 是有限的.时至今天,Push 能力几乎成为 App 功能的标配. 但 A…

https://developer.chrome.com/apps/offline_storage 搜索“chrome html5 本地缓存”,一大堆文章,比如: http://www.cnblogs.com/chyingp/archive/2012/12/01/explore_html5_cache.html https://segmentfault.com/a/1190000000732617…

  基因表达分析包括3个层次[68], 首先是单基因水平, 即比较对照组与实验组的每个基因是否存在表达差异, 这主要指差异基因表达分析; 其次是多基因水平, 如按照基因的共同功能.相互作用.共同表达等进行的聚类分析; 最后是系统水平, 即以基因网络形式解释和理解生命现象. 在生物体系中, 基因从来不是单独起作用的, 它们相互作用呈网络状, 因此从网络的观点分析基因表达谱数据必然会导致对生物系统的更高层次的理解, 目前研究者们已经开始了这方面的研究. 正如前述的各种聚类方法, 假如几个基因被聚类在…

------------------------------- Long noncoding RNAs are rarely translated in two human cell lines. (蛋白,多肽) Bánfai B, Jia H, Khatun J, Wood E, Risk B, Gundling WE Jr, Kundaje A, Gunawardena HP, Yu Y, Xie L, Krajewski K, Strahl BD, Chen X, Bickel P, Gi…

随着人类基因组计划(Human Genome Project)即全部核苷酸测序的即将完成,人类基因组研究的重心逐渐进入后基因组时代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多样性倾斜.通过对个体在不同生长发育阶段或不同生理状态下大量基因表达的平行分析,研究相应基因在生物体内的功能,阐明不同层次多基因协同作用的机理,进而在人类重大疾病如癌症.心血管疾病的发病机理.诊断治疗.药物开发等方面的研究发挥巨大的作用.它将大大推动人类结构基因组及功能基因组的各项基因组研究计划.生物信息学在基因组…

scRNA-seq做完该做的QC.normalization.imputation.clustering.trajectory和integration,就会开始做转录调控的分析了. 核心就是围绕着TF转录因子做文章 预测TF的靶基因 鉴定regulon 大部分都是高通量的预测,准确性有待论证,需要很好的实验验证设计. 预测的工具不要太多: MARINa — Andrea Califano - paper SCENIC 什么是regulon? 这是一个高通量测序后发明的词,其实就是被同一个调控元件…

​ 景杰生物 | 报道 组蛋白翻译后修饰,被认为构成一类超越基因序列的"组蛋白密码",控制着遗传信息的组织层次及其在染色质层面的解读.组蛋白赖氨酸乙酰化是研究最早的一类组蛋白修饰,与基因活化关系密切.除了组蛋白乙酰化外,近年来,丙酰化.丁酰化 [1]等多种新型酰化修饰被相继报道,绝大多数新型酰化修饰发生在已知的乙酰化的位点上.这一系列研究极大地丰富了对组蛋白密码.表观遗传学和翻译后修饰领域研究的认识.组蛋白乙酰化调控一个重要工作模型就是组蛋白乙酰化可以被特定阅读器结构域所识别,从而招募…

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is…