火山图 Volcano plot 在统计学上,火山图是一种类型的散点图,被用于在大数据中快速鉴定变化.由于它的形成像火山喷发的样子,所以被称为火山图.和上文讲的曼哈顿图类似.   火山图基本元素 火山图也有很多种样式,在生物学高通量测序结果中,常见有的X和Y轴分别为aboundance 和 fold-change,或p-value和fold-change两种样式.如上图中为p-value versus fold-change的样式,,先此为例进行图中基本元素解读: - X轴:通常为两组基因表达或…

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果.  热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现.   热图优点   因为人读数字需要思考和比较,而对颜色识别能力非常强,采用颜色的深浅代替数据表是非常高效的呈现方式,也便于从中挖掘规律.  热图在非常小的区域展示了大量的基因表达/细菌丰度数据,即可以快速比较组间的变化,同时还可以显示组内每个样品的的丰度,以及组内各样品间的…

韦恩图 Venn Diagram Venn Diagram,也称韦恩图.维恩图.文氏图,用于显示元素集合重叠区域的图示.   韦图绘制工具 常用R语言的VennDiagram包绘制,输出PDF格式方便修改.此外还有非常多的在线工具,使用方便.详见“轻松绘制各种Venn图”   韦恩图在扩增子中用途 展示各样品和组间共有.各组特有的OTU:由于此类结果缺少统计支持,假阳性率高,近年来使用越来越少. 展示各组间差异OTU共有或特有情况:较常用. 展示差异OTU所属的Taxonomy归类后的共有或特有…

曼哈顿图 Manhattan Plot 曼哈顿图本质上是一个散点图,用于显示大量非零大范围波动数值,最早应用于全基因组关联分析(GWAS)研究展示高度相关位点.它得名源于样式与曼哈顿天际线相似(如下图). 近几年,在宏基因组领域,尤其是差异OTU结合分类学结果,采用Manhattan plot展示有非常好的效果,倍受推崇.   曼哈顿图优点 大数据中,即展示数据全貌,又能快速找到目标基因或OTU,同时可知目标的具体位置和分类.显著程度等信息.绝对高端大气,而且还有内涵.   数据坐标轴介绍 以上…

网络图 Network 网络图虽然给人高大上的感觉,但是由于信息太多,无法给读者提供读有效的可读信息或是读者不知道该理解什么,总是让人望尔却步.那是因为大家太不了解网络,自己读不懂网络想表达的意思及其重要性.   因此我要举一个网络分析重要的例子,大家都知道2012年诺贝尔奖得主Yamanaka提出的诱导干细胞的四因子,其时在之前已经有多篇网络分析文章提出了这四因子,只是Yamanaka是第一实验验证的.值得一提的是这篇获得诺奖的Cell文章只有一个一作和一个通讯,据説是当时这课题没人看好,也没…

箱线图 箱形图(Box-plot)又称为盒须图.盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图.因形状如箱子而得名.在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布 第一种情况,最大或最小值没有超过1.5倍箱体范围 第二种情况,最大或最小值超过1.5倍箱体范围,外位延长线外,即异常值(outliers)   Alpha多样性 知识背景:Alpha多样性计算方法  常见的丰度估计方法有Shannon, Chao1和Observed OTU和PD whole tree等.我…

散点图 数据点在直角坐标系平面上的分布图.在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA).   Beta多样性 Beat多样性是生态学概念,专指不同组或生态位间物种组成的差异.   分析方法 在读文章中经常可以看到PCA分析.PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析.它们在本质上是排序(ordination)分析.排序的过程就是在一个可视化的低维空间(…

分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息.   接下来我们学习对OTU序列的进化分析.同时计算Alpha和Beta多样性值.   16. 进化树构建 进化树是基于多序列比对的结果,可展示丰富的信息,我们将在R绘图中详细解读.此处只是建树,用于Alpha, Beta多样性分析的输入文件. # clustalo多序列比对,如果没有请安装Clustal Omega clustal…

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.…

本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU.   接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表.   什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列…

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控.并对实验设计进行了填写和检查.最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析.   接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象:再根据标签序列与实验设计文件比对,对每条序列属于哪个样品进行分类:最后我们切除掉扩增使用的引物,因为它们是人工合成的…

火山图(Volcano Plot)常用于展示基因表达差异的分布,横坐标常为Fold change(倍数),越偏离中心差异倍数越大;纵坐标为P值(P值),值越大差异越显着.原因得名也许的英文因为查询查询结果图像火山吧 一载入R函数包及数据集 library(ggplot2)data <- read.csv("火山图.csv",header=TRUE,row.names = 1) head(data) #查看数据类型,主要有P值,Fold change和基因ID即可. 二ggplot…

Wijmo金融图表有很多类型,我们来一一介绍.之前介绍了平均K线图(Heikin-Ashi)和砖形图,现在我们来一起看看等量图和成交量柱状图. 图表 #3: 等量图(EquiVolume) 等量图和K线图相似,但是以宽度可变的框(无蜡烛芯)代替了k线.取缔了开盘/收盘组件的是等量图线框包含了高价和低价组件,并且线框宽度成为第三个标识:成交量.下面的示例表示为一天的总交易额.颜色表示收盘价是否高于或低于前面的收盘价. 下面示例中,您可以看到股价哪里呈上升趋势,哪里下跌,在10月29至30日,在股价…

一 Google Chart Tools 官网:https://developers.google.com/chart/ 谷歌图表工具提供了一个完美的方式形象化您的网站上的数据.从简单到复杂的层次结构树图线图,图表厨房提供了大量精心设计的图表类型.填入您的数据很容易被使用所提供的客户端和服务器端工具. 在线示例:https://developers.google.com/chart/interactive/docs/examples 在线文档:http://code.google.com/api…

Android开源图表图形库K线图 web端k线图一般使用TradingView,android原生的一般是在MPAndroidChart 基础上做开发的,目前看到一个比较好的K线开源组件是KChartView(看起来跟火币的app K线图很像):https://github.com/tifezh/KChartView ,ios应该也有类似的开源组件. AndroidJiang/StockChart: 本demo支持pull requests,大家可以一起来完善.https://github.c…

Python的可视化包 – Matplotlib Matplotlib是Python中最常用的可视化工具之一,可以非常方便地创建海量类型地2D图表和一些基本的3D图表.Matplotlib最早是为了可视化癫痫病人的脑皮层电图相关的信号而研发,因为在函数的设计上参考了MATLAB,所以叫做Matplotlib. 1. 2D图表Matplotlib中最基础的模块是pyplot.先从最简单的点图和线图开始,比如我们有一组数据,还有一个拟合模型,通过下面的代码图来可视化. a.点图和线图 x=[0,1,…

第一次写博,没什么经验,主要是把最近自己对Dev的一些研究贴出来大家共同探讨,有不足之处望大家帮忙斧正. WebChartControl是DevExpress控件群下的一个Web图表控件,它使用非常的方便,生成的图表也相当的漂亮. 先贴出几张WebChartControl生成的图表: Web页面代码WebChartControl.aspx: <%@ Page Language="C#" AutoEventWireup="true" CodeBehind=&qu…

“通过使用 ComponentOne .NET控件产品,实现了兼具 BS 架构灵活性与 CS 架构的客户体验.丰富的控件满足了项目中的各种特殊需求,使得开发的精力可以专注于业务逻辑,为团队节省了时间.” ——农业银行报表资源视窗 日前,.NET控件集 ComponentOne Enterprise 发布了 2018 年度最终版本,其最大亮点是新增了各平台图表动画展示.迷你图以及更多现代化主题风格,最新版 ComponentOne 将带给您更好的使用体验. 针对各平台,ComponentOne 主…

一. chart图表demo网址 网址:http://antv.alipay.com/zh-cn/f2/3.x/demo/index.html 二. 本文主要对面积对比图,扇形图,柱状图三大常见图进行介绍 效果图如下: html代码: <!DOCTYPE html> <html lang="en" dir="ltr"> <head> <meta charset="utf-8"> <title&…

1.先来个效果图 这里我用的是插件@antv/f2-canvas(安装的方法如下) npm init 此处如果直接使用官方npm install 可能会出现没有node_modules错误 npm install --production 建议使用–production选项,可以减少安装一些业务无关的 npm 包,从而减少整个小程序包的大小 npm i @antv/f2-canvas 安装微信小程序 F2 图表组件 安装好依赖包之后,运行 (点击开发者工具顶部详情,勾选 使用npm模块,再点击菜…

最近由于工作需要,所以就在github上搜了下关于chart的三方框架 官方地址https://github.com/PhilJay/MPAndroidChart 由于工作需要我这里整理了一份Eclipse版本的类库.(有需要要的留下邮箱) 这就是Code中的效果(树状图) public class BarChartActivity extends Activity implements OnChartValueSelectedListener{ private BarChart mChart;…

雷达图分析三国超一流谋士.统帅数据,献给广大的三国爱好者们,希望喜欢三国的朋友一起讨论,加深对传奇三国时代的了解 建立数据环境: -- 抽取三国超一流谋士TOP 10数据 DECLARE @t1 TABLE ( ) , [统率] FLOAT , [武力] FLOAT , [智力] FLOAT , [政治] FLOAT , [魅力] FLOAT ) INSERT INTO @t1 [姓名] , [统率] , [武力] , [智力] , [政治] , [魅力] FROM FactSanguo11 )…

2014-12-25 Created By BaoXinjian…

前言 本文的文字及图片来源于网络,仅供学习.交流使用,不具有任何商业用途,版权归原作者所有,如有问题请及时联系我们以作处理. 作者:斑点鱼 极坐标轴 调用subplot()创建子图时通过设置projection='polar',便可创建一个极坐标子图,然后调用plot()在极坐标子图中绘图 #极坐标图 s = pd.Series(np.arange(20)) fig = plt.figure(figsize=(8,4)) ax = plt.subplot(111, projection = 'p…

一.璇玑图简介 璇玑图的读法有很多,这里我使用七七棋盘格的读法,在璇玑图中分离出一个七七棋盘格,如下表 吏 官 同 流 污 合 玩 痞 悍 蒙 骗 造 假 蛋 鸡 宴 请 客 友 朋 远 戚 偏 正 反 拨 乱 冤 隶 奸 贪 险 冠 眷 阉 佃 味 道 人 味 爱 公 荒 投 背 渣 辣 宠 猪 田 臭 终 灭 麻 姬 汗 地 相 诚 明 香 美 血 天 烂 俭 贤 馋 甜 粘 寒 妓 贱 贫 苦 断 礼 谦 妻 仙 女 桃 花 妹 嫣 姐 懒 惰 猪 狗 低 贱 妾 酸 流 泪 目 满 惨…

题意 : 给出一个 n 行.m 列的方格图,现从图左上角(0, 0) 到右下角的 (n, m)走出一个字符串(规定只能往下或者往右走),向右走代表' R ' 向下走则是代表 ' D ' 最后从左上角到右下角,不同的路线会走出不同的字符串,问你这些不同的字符串有多少个是包含了接下来给定的两个子串. 分析 : 简单想想不难发现最后肯定是走了 (n+1) 个 ' D ' 和 (m+1)个 ' R ' ,那么也就是说用 (n+1) 个 ' D ' 和 (m+1)个 ' R ' 构造出长度为 (n+m+2…

题意 : 给出 n 个模式串,最后给出一个主串,问你主串打乱重组的情况下,最多能够包含多少个模式串. 分析 : 如果你做过类似 Trie图 || AC自动机 + DP 类似的题目的话,那么这道题相对之前的对于主串的“构造”过程加上了一个限制,那就是字符的元素的有限制的,那么DP的状态就不能用长度来表示状态( 类比 POJ 2778 ),所以写出了一个错误的根据长度DP的代码 ; i<len; i++){ ; j<ac.Size; j++){ ){ ; k<; k++){ ){///表示…

箱线图 箱线图是能同时反映数据统计量和整体分布,又很漂亮的展示图.在2014年的Nature Method上有2篇Correspondence论述了使用箱线图的好处和一个在线绘制箱线图的工具.就这样都可以发两篇Nature method,没天理,但也说明了箱线图的重要意义.   下面这张图展示了Bar plot.Box plot.Volin plot和Bean plot对数据分布的反应.从Bar plot上只能看到数据标准差或标准误不同:Box plot可以看到数据分布的集中性不同:Violin…

在做基因表达分析时必然会要做差异分析(DE) DE的方法主要有两种: Fold change t-test fold change的意思是样本质检表达量的差异倍数,log2 fold change的意思是取log2,这样可以可以让差异特别大的和差异比较小的数值缩小之间的差距. Let's say there are 50 read counts in control and 100 read counts in treatment for gene A. This means gene A is…

生物医学大数据-蛋白质定量 现今肽段定量效率存在巨大差异.比如相同质量蛋白质,但是肽段和蛋白信号不均一,在物理条件一致时,仅有70%的重复率,并且当重复次数变多时,overlapping在变少. 无标定量法 方法一是针对二级色谱的谱图计数,即统计二级色谱的数量,数量越多则蛋白丰度越高,但相同丰度蛋白也有不同的二级色谱数,所以算法目的是减少噪音. 方法二是针对一级色谱的离子流色谱峰XIC,即每个肽段的离子流色谱峰,可以取同一个肽段不同时间点上的信号强度,连接成峰,通过求该曲线的曲线下面积获取曲线信…