官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html 1.genome brower的作用 a,展示任何尺度的基因组片段.比如,想看某条染色体的某个区域的序列. b,展示某些位置的annotation tracks.比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性. annotation tracks展示在基因组坐标的下方. ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a

wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/jksrc.zip 解压后所有工具在kent目录里 发现个更方便的.... http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/ 工具大集合,直接编译好的,可以直接用.... 下载你想要的 然后放到环境变量的目录里 如果没有x权限加x权限就OK啦!!!!!!!!! freemao FAFU

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

链接附带的是ucsc各种格式文件的说明,以后遇到新类型的文件可以先来这里看看! https://www.genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html

ENCODE数据库用于存放基因组原件,所有的测序数据(原始数据以及每一步处理后的数据以及最终的结果)都是开放下载的.假如说去官网下载的话会比较麻烦,这里可以通过UCSC的数据库下载(真的是神器啊)!下面介绍方法: https://www.genome.ucsc.edu/ENCODE/downloads.html 直接在这个网址里面下载就可以了,里面有hg19版本的说有注释信息,非常全哦!

http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/

https://github.com/Wy2160640/cruzdb UCSC基因组数据库是注释,调节和变异以及越来越多的分类群的各种数据的重要资源. 该库旨在简化数据的利用,以便我们可以进行复杂的分析,而无需采用易于操作,容易出错的操作. 作为动机,以下是一些功能的示例: >>> from cruzdb import Genome >>> g = Genome(db="hg18") >>> muc5b = g.refGene.f

UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息,并提供一系列的网页分析工具. 1.MySQL安装 本人使用的是Centos6.8系统,推荐使用yum安装. $ yum install -y mysql mysql-devel mysql-server 2.MySQLdb安装 MySQLdb是MySQL的一个线程兼容接口,提供了python数据

打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据所在位置. 点击Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc)后继续点击Standard genome sequence files and select annotations (2bit, GTF

生物医学大数据: SRA:Sequence Read Archive (SRA) makes biological sequence data available to the research community to enhance reproducibility and allow for new discoveries by comparing data sets. 其中的reads是短reads,下机后得到的初级数据,是一次数据库,起到store的作用,该数据库最重要的是反应深度测序的

当测序得到的fastq文件map到基因组之后,我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件.SAM的全称是sequence alignment/map format.而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary). 那么SAM文件的格式是什么样子的呢?如果你想真实地了解SAM文件,可以查看它的说明文档.SAM由头文件和map结果组成.头文件由一行行以@起始的注释构成.而map结果是类似下面的东西: HWI-ST1001:137:C12FPACXX:7:1115:14131:66670

SMRT portal安装教程: http://www.pacb.com/wp-content/uploads/2015/09/SMRT-Analysis-Software-Installation-v2.3.0.pdf ISO-seq数据地址: /share/backups/pacbio/20160222_68 的 A01 和 B01. <1kb的得到1.28G数据,>1kb的得到了2.8G的数据. SMRT portal 地址: http://59.79.232.10:8080/smrtp

SNP数据(txt)文件可以在此下载:http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/ 下载.解压data之后,启动MySQL server,登录进入MySQL # create database create database snp146all use snp146all # create table:这一步的MySQL script文件可以在上面提到的网站下载 DROP TABLE IF EXISTS `snp146`; /*

UIUC的Jia-Bin Huang同学收集了很多计算机视觉方面的代码,链接如下: https://netfiles.uiuc.edu/jbhuang1/www/resources/vision/index.html   这些代码很实用,可以让我们站在巨人的肩膀上~~   Topic Resources References Feature Extraction SIFT [1] [Demo program][SIFT Library] [VLFeat] PCA-SIFT [2] [Projec

Tables and fonts /** * Example written by Bruno Lowagie in answer to the following question: * http://stackoverflow.com/questions/27577633/itext-library-exception-throwing-on-adding-blank-cell-with-space */ package sandbox.tables;   import com.itextp

多重比对序列的格式及其应用   这里对多重序列比对格式(Multiple sequence alignment – MSA)进行总结.在做系统演化分析.序列功能分析.基因预测等,都需要涉及到多重序列比对.特别是当需要用不同软件对多重比对序列进行批量操作时,会遇到各种的格式,而这些格式是如何产生的,有什么区别,格式之间如何转换,从哪里可以下载到相关的格式序列,不同的格式又有什么特殊的用途等,本篇文章将就这些问题进行总结与讨论.因为涉及内容较多,不足之处,欢迎大家补充或者批判. 生物信息学的基础是基

参考文章:http://weibo.com/p/23041883f77c940102vbkd?sudaref=passport.weibo.com 软件连接:https://github.com/alexdobin/STAR/ 因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题.当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长度限制和比对偏差.结果:为了比对我们的大量(> 800亿片段)ENCOD

思想 django为使用一种新的方式,即:关系对象映射(Object Relational Mapping,简称ORM). PHP:activerecord Java:Hibernate C#:Entity Framework django中遵循 Code Frist 的原则,即:根据代码中定义的类来自动生成数据库表. 创建数据库,设计表结构和字段 使用 MySQLdb 来连接数据库,并编写数据访问层代码 业务逻辑层去调用数据访问层执行数据库操作 三层架构

Computational Geometry The Geometry Center (UIUC) Computational Geometry Pages (UIUC) Geometry in Action (UIC) Geometric Resource (UFL) CAGD Applets (UKA) Voronoi/Delaunay Applet (CornellUniversity) Directory of Computational Geometry Software (Dr. N