ucsc genome brower的用法和说明(一)
官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html
1.genome brower的作用
a,展示任何尺度的基因组片段。比如,想看某条染色体的某个区域的序列。
b,展示某些位置的annotation tracks。比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性。
annotation tracks展示在基因组坐标的下方。
ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半来自已出版的文章,另一半来自其合作者。用户也可以自定义annotation tracks,这边会涉及到tracks的文件格式。
2.genome brower的开始





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