ucsc genome brower的用法和说明(一)
官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html
1.genome brower的作用
a,展示任何尺度的基因组片段。比如,想看某条染色体的某个区域的序列。
b,展示某些位置的annotation tracks。比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性。
annotation tracks展示在基因组坐标的下方。
ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半来自已出版的文章,另一半来自其合作者。用户也可以自定义annotation tracks,这边会涉及到tracks的文件格式。
2.genome brower的开始





ucsc genome brower的用法和说明(一)的更多相关文章
- 使用UCSC Genome Browser下载人类所有mRNA序列
打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据 ...
- UCSC genome browser 个人track 安装
处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...
- 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)
想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...
- 利用mysql客户端查询UCSC数据库
UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信 ...
- How to use liftover
First step, installation: download from UCSC genome browser chmod + x Second, very important: to dow ...
- ChIP-seq基本流程及工具
ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.D ...
- ChIP-seq 核心分析 下游分析
http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial [怪毛匠子 整理] ChIP-seq[核心分析 下游 ...
- GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing
现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...
- bed文件格式解读
1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED ...
随机推荐
- 在CPU上运行Tensorflow
如果你是用的GPU版本的Tensorflow,你可以这样来使用CPU版本的Tensorlfow: config = tf.ConfigProto( device_count = {'GPU': 0} ...
- (phpQuery)对网站产品信息采集代码的优化
a.要采集的源链接: http://www.prospecbio.com/Recombinant_Proteins/ b.具体要求:
- 用Flex实现常见的几种布局
用Flex实现常见的几种布局 1.水平,垂直居中. <style type="text/css"> .container{ display: flex; width: ...
- vim杂记
"clang-completelet g:clang_complete_copen=1let g:clang_periodic_quickfix=1let g:clang_snippets= ...
- 用js判断页面是否加载完成
这可以通过用document.onreadystatechange的方法来监听状态改变, 然后用document.readyState == “complete”判断是否加载完成. 可以采用2个div ...
- 使用jQuery lazyload 实现图片延迟加载
下载地址 使用说明 0. 准备工作 下载jQuery和lazyload 插件(地址如上) 1. HTML 引入jQuery库和lazyload插件 <div id="imagesCon ...
- Windows Azure 免费初体验 - 创建部署网站
前几天在看到有个学Windows Azure课程,送Windows Azure的活动,课程地址:http://www.microsoftvirtualacademy.com/ 在活得体验资格后,就迫不 ...
- CodeIgniter框架——源码分析之入口文件index.php
CodeIgniter框架的入口文件主要是配置开发环境,定义目录常量,加载CI的核心类core/CodeIgniter.php. 在index.php中,CI首先做的事情就是设置PHP的错误报告, ...
- PowerDesigner之设置(3)——根据Name首字母生成Code
SQL版本:2000 PowerDesigner版本:16 网上有不少介绍 PowerDesigner Name/Code自动调整 的文章,但基本如出一辙. 这里,我就介绍下如何根据输入的Name根据 ...
- 【BZOJ3930】[CQOI2015]选数 莫比乌斯反演
[BZOJ3930][CQOI2015]选数 Description 我们知道,从区间[L,H](L和H为整数)中选取N个整数,总共有(H-L+1)^N种方案.小z很好奇这样选出的数的最大公约数的规律 ...