官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html

1.genome brower的作用

a,展示任何尺度的基因组片段。比如,想看某条染色体的某个区域的序列。

b,展示某些位置的annotation tracks。比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性。

annotation tracks展示在基因组坐标的下方。

ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半来自已出版的文章,另一半来自其合作者。用户也可以自定义annotation tracks,这边会涉及到tracks的文件格式。

2.genome brower的开始

ucsc genome brower的用法和说明(一)的更多相关文章

  1. 使用UCSC Genome Browser下载人类所有mRNA序列

    打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据 ...

  2. UCSC genome browser 个人track 安装

    处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信 ...

  3. 生物信息大数据&数据库(NCBI、EBI、UCSC、TCGA)

    想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没 ...

  4. 利用mysql客户端查询UCSC数据库

    UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信 ...

  5. How to use liftover

    First step, installation: download from UCSC genome browser chmod + x Second, very important: to dow ...

  6. ChIP-seq基本流程及工具

    ChIP-seq数据分析整理 1.Alignment 2.Peak detection 3.Peak annotation 1. GO analysis 2. Pathway analysis 4.D ...

  7. ChIP-seq 核心分析 下游分析

    http://icb.med.cornell.edu/wiki/index.php/Elementolab/ChIPseeqer_Tutorial [怪毛匠子 整理] ChIP-seq[核心分析 下游 ...

  8. GWAS | 全基因组关联分析 | Linkage disequilibrium (LD)连锁不平衡 | 曼哈顿图 Manhattan_plot | QQ_plot | haplotype phasing

    现在GWAS已经属于比较古老的技术了,主要是碰到严重的瓶颈了,单纯的snp与表现的关联已经不够,需要具体的生物学解释,这些snp是如何具体导致疾病的发生的. 而且,大多数病找到的都不是个别显著的snp ...

  9. bed文件格式解读

    1)BED文件 BED 文件(Browser Extensible Data)格式是ucsc 的genome browser的一个格式 ,提供了一种灵活的方式来定义的数据行,以用来描述注释信息.BED ...

随机推荐

  1. phpcms v9 配置sphinx全文索引教程

    英文介绍:http://www.sphinxsearch.com/docs/manual-0.9.9.html 一.首先需要在服务器上安装sphinx 在Windows上安装sphinx     1. ...

  2. Redis 安装成windows服务- 一主二从三哨兵,sentinel安装为Windows服务

    这里只做记录说明 Redis的主从配置网上很多文章,百度一大堆,安装流程应该都可以配置通.我使用的这篇文章 https://blog.csdn.net/u010648555/article/detai ...

  3. node.js的安装与第一个hello world、node.js的初始化

    1.下载node.js文件 2.windows下点击安装  重复下一步即可 3.编辑工具  EditPlus编辑器 4.新建保存目录的文件夹,并新建一个文本文档 5.打开EditPlus编辑器  打开 ...

  4. 《从零开始学Swift》学习笔记(Day 28)——总结使用问号(?)和感叹号(!)

    原创文章,欢迎转载.转载请注明:关东升的博客 在使用可选类型和可选链时,多次使用了问号(?)和感叹号(!),但是它们的含义是不同的,下面我来详细说明一下. 1. 可选类型中的问号(?) 声明这个类型是 ...

  5. 使用IDEA工具整合mybatis时使用@Resource和@Autowired自动注解bean时会显示红色问题的解决办法

    使用IDEA工具整合mybatis时使用@Resource和@Autowired自动注解bean时会显示红色问题的解决办法 idea中springboot整合mybatis时,通过@Autowired ...

  6. FtpUtil 工具类

    package xxxx; import java.io.File; import java.io.FileInputStream; import java.io.FileNotFoundExcept ...

  7. MongoDB实践-自定义ASP.NET Session Store

    Session由来 由于HTTP协议是无状态的,客户端与服务器端进行“请求-响应”操作后,建立的连接就释放了,服务器端根本不知道刚才是哪个客户端访问的.但是有些场景是需要知道客户端的状态的,最典型的就 ...

  8. 检验指定路径的文件是否存在ftp服务器中

    import org.apache.commons.net.ftp.FTP;import org.apache.commons.net.ftp.FTPClient;import org.apache. ...

  9. 小程序html 显示 图片处理

    let arr = [] for (const v of r.data.data ){ // v.content = v.content.replace(/<img/g ,' <image ...

  10. 通过margin负值去除padding

    .pay-type { // 图片布局前通过margin负值去除padding margin: 0 -@page-padding-horizontal; display: inline-flex; } ...