今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

实际应用中,异常值的出现会毁掉一张热图.这通常不是我们想要的.为了更好的可视化效果,需要对数据做些预处理,主要有对数转换,Z-score转换,抹去异常值,非线性颜色等方式. 对数转换 为了方便描述,假设下面的数据是基因表达数据,4个基因 (a, b, c, d)和5个样品 (Grp_1, Grp_2, Grp_3, Grp_4),矩阵中的值代表基因表达FPKM值. data <- c(rnorm(5,mean=5), rnorm(5,mean=20), rnorm(5, mean=100), c

前面我们已经学习了单细胞转录组分析的:使用Cell Ranger得到表达矩阵和doublet检测,今天我们开始Seurat标准流程的学习.这一部分的内容,网上有很多帖子,基本上都是把Seurat官网PBMC的例子重复一遍,这回我换一个数据集,细胞类型更多,同时也会加入一些实际分析中很有用的技巧. 1. 导入数据,创建Seurat对象 library(Seurat) library(tidyverse) testdf=read.table("test_20210105.txt",head

1 TMessage项目的输入面板界面 1.1 问题 IOS中经常会使用到九切片技术对图片进行处理.本案例使用九切片技术完成Tmessage项目的输入板界面,如图-1所示: 图-1 1.2 方案 首先创建一个SingleViewApplication项目,在Storyboard中根据界面需求拖放控件到场景中,首先拖放一个适当大小的View控件作为输入面板界面,输入面板的各个控件为View的子视图. 其次在View上拖放一个一样大小的ImageView控件作为输入面板的背景图,在View上面拖放三

单细胞RNA测序技术之入门指南 [字体: 大 中 小 ] 时间:2018年09月12日 来源:生物通   编辑推荐: 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 在这个飞速发展的测序时代,DNA和RNA测序已经逐渐成为“实验室中的家常菜”.若要评选出目前最受欢迎的一道菜,那恐怕非单细胞RNA测序莫属. 以往,研究人员通常利用RNA测序(RNA-seq)来检测样本中的所有RNA转录本,以发现新型RNA

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果.  热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现.   热图优点   因为人读数字需要思考和比较,而对颜色识别能力非常强,采用颜色的深浅代替数据表是非常高效的呈现方式,也便于从中挖掘规律.  热图在非常小的区域展示了大量的基因表达/细菌丰度数据,即可以快速比较组间的变化,同时还可以显示组内每个样品的的丰度,以及组内各样品间的

在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

1.插入图表   1 1.选中数据区域(3列,如图所示)--点击插入--推荐的图表--堆积条形图 END 2.甘特图制作   1 2.点击图表工具--设计--选择数据. 轴标签区域改为--确定项目...... 2 3.图例项(系列)编辑--添加 系列名称--开始时间 系列值--9月10日....... 3 4.点击如图的箭头--把开始时间调整到耗费天数的上面. 4 5.双击(确定项目所在的坐标轴)--设置坐标轴格式--逆序类别. 把图表整个上下调整. 5 6.确定开始时间9月10日和完成时间10

视图.绘图.贴图.手势.变形.布局.动画.动力.特效 UIBezierPath.UIGestureRecognizer.CGAffineTransform.frame.bounds.center.transform.UITouch.UIEvent.Layout.Autoresizing.Auto Layout.Animation.UIImage.NSTimer.UIView.Core Animation.CALayer.CAAnimation.CABasicAnimation.CAKeyfram

小优有话说: App Crash就像地雷. 你怕它,想当它不存在.无异于让你的用户去探雷,一旦引爆,用户就没了. 你鼓起勇气去扫雷,它却神龙见首不见尾. 你告诫自己一定开发过程中减少crash,少埋点地雷,但总是不得其法. 降低Crash率,需要的是技巧.工具.耐心与时间. 本文由腾讯天天P图测试团队现身说法,为你讲述他们将Crash率直降90%背后的故事,希望能为你“排雷”提供一些思路. PS:以后每周四记得关注这里哦!小优将为你精选“干货”,让腾讯的开发&测试大牛们陪你一起为提升产品质量!

项目评审的定在1月5日上午9:00在新主楼D225进行. 在Beta阶段项目评审会上, 每个团队有12分钟展示时间,10分钟问答和机动时间,我们的展示也不需要PPT,大家把要展现的东西写成博客(可以有图片.视频等多媒体的内容).这些东西都是软件开发过程中自然产生的结果,也不必无中生有.基本要求如下: 现场演示你们发布的软件.如果是部署在服务器上的软件,必须连接到服务器上进行演示.可以有多个人上台展示,有团队PM牵头. 具体的汇报内容包括:介绍你们的项目愿景.你们Beta版本实现了什么功能.你们在

Alpha版本展示的时间暂定为11月17日课上.如有变动,另行通知. 在Alpha阶段项目评审会上, 每个团队有12分钟展示时间,10分钟问答和机动时间,我们的展示也不需要PPT,大家把要展现的东西写成博客(可以由图片.视频等多媒体的内容).这些东西都是软件开发过程中自然产生的结果,也不必无中生有.内容可以按照下面的模板来展现: 1)  团队成员的简介和个人博客地址 2)  我们要做软件工程,那就要有一点工程的样子: 团队项目的目标,预期的典型用户,预期的功能描述,预期的用户数量在哪里? 团队的

3D数学基础 向量 向量可以看做具有方向和大小的一条线段. 比如:我们如果用点A减去点B,则可以得到一个向量,该向量的方向为点B面向点A的方向,而大小为两点的距离.这个方法在游戏开发中经常用到,比如我们要让物体B面向物体A,一般都是使用物体B的位置减去物体A的位置,得到的向量取模. 点积 向量的点积表示一个向量在另一个向量上的投影,如下: 而相互垂直的两个向量点积为0: 我们可以使用这个特性来判断两个向量是否垂直. Unity提供的计算点积的方法如下: public static float D

目录: 1. Storyboard 2. Views 3. View的基本概念介绍 4. 绘制图形 5. UIBezierPath 回到顶部 1. Storyboard 1.1 静态表视图 1)Section可以增加.删除.修改头脚文字 2)Cell可以增加.删除.调整类型.修改文字.修改辅助视图类型 3)  自定义accessoryView: 将需要做辅助视图的控件拖拽到VC下的小黑条 选择Cell,第6个检查器,连线accessoryView到小黑条上的控件 4)自定义Cell 拖拽一个Ce

Deadline: 2017-6-5 22:00PM,以博客发表日期为准 评分基准: 按时交 - 有分,检查的项目包括后文的两个方面 测试报告 发布说明 展示博客(单独一篇博客) 晚交 - 0分 迟交一周以上 - 倒扣本次作业分数 抄袭 - 倒扣本次作业分数 Beta版本测试报告 请根据团队项目中软件的需求文档.功能说明.系统设计和Beta阶段的计划安排,写出软件的测试过程和测试结果,并回答下述问题. 在测试过程中总共发现了多少bug?每个类别的bug分别为多少个? bug的分类: a. 修复的

Deadline: 2017-5-7 22:00PM,以博客发表日期为准 评分基准: 按时交 - 有分,检查的项目包括后文的四个方面 团队成员介绍 Alpha阶段进展 团队合作,各成员分工 Beta阶段展望 晚交 - 0分 迟交一周以上 - 倒扣本次作业分数 抄袭 - 倒扣本次作业分数 展示博客 团队成员的简介和个人博客地址,团队的源码仓库地址. 我们要做软件工程,那就要有一点工程的样子: a. 团队项目的目标,预期的典型用户,预期的功能描述,预期的用户数量在哪里? b. 团队的产品如何满足了用

写在前面的话 已经看到了大家的发布成果,很欣喜,虽然有的团队的产品还是有一点问题,但大家也都发布成功了,这就是软件的魅力.但还是要说一些问题,大家录的视频不是没人讲解就是讲得太快,在我看来这都没有在卖力的推销你们的产品.大家都给测试与发布分开写了两个博客,我们也按照两个博客来制定的评分标准.总分会在稍后出的团队作业10中给出明细和排名. 题目 团队作业9--测试与发布(Beta版本) 回顾 个人作业1--四则运算题目生成程序(基于控制台) 结对编程1 个人作业2--英语学习APP案例分析 结对编

题目 团队作业9--测试与发布(Beta版本)(http://www.cnblogs.com/happyzm/p/6917253.html) 团队作业9-1 测试与发布成绩 分值 1 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 1 1 0.5 1 1 0.5 0.5 10 BUG YH XQ GN XN YL MATRIX EXIT XGN QX YQ AZ WT DZ SP sns 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 1 1 0.

题目 团队作业9--测试与发布(Beta版本) 往期成绩 个人作业1:四则运算控制台 结对项目1:GUI 个人作业2:案例分析 结对项目2:单元测试 团队作业1:团队展示 团队作业2:需求分析&原型设计 团队作业3:需求改进&系统设计 团队作业4:Alpha版本项目冲刺 团队作业5:测试与发布 团队作业6:展示博客 个人作业3:Alpha总结 团队作业7:Alpha事后诸葛亮 团队作业8:Beta版本项目冲刺 总得分映射到百分制的排名 得分情况 个人作业 结对编程 团队Alpha Alph

展示博客 1.团队成员的简介和个人博客地址,团队的源码仓库地址. 何琴琴(http://www.cnblogs.com/vviane/): 领导项目进行,协调各队员之间的矛盾合作,负责测试与需求分析. 翁彬妹(http://www.cnblogs.com/wengbm/): 虽然编程能力有限,但是热于学习,负责代码开发. 黄良静(http://www.cnblogs.com/lenmo/): 本组代码大神,对编程有一定信心,负责代码开发. 吴世荣(http://www.cnblogs.com/m