circos可以用来绘制圈图,能够对染色体上的数据进行可视化,首先需要一个染色体的文件 染色体的文件如下,每列之间空格分隔 chr - chr1 chr1 chr - chr2 chr2 chr - chr3 chr3 chr - chr4 chr4 chr - chr5 chr5 chr - chr6 chr6 chr - chr7 chr7 chr - chr8 chr8 chr - chr9 chr9 第一列 : 表名这行数据是染色体的数据 第二列: - 第三列: 染色体的名称,会显示在图

Biopython项目是旨在减少计算生物学中代码重复的开源项目之一,由国际开发人员协会创建. 它包含表示生物序列和序列注释的类,并且能够读取和写入各种文件格式(FASTA,FASTQ,GenBank和Clustal等), 支持以程序化方式访问生物信息的在线数据库(例如,NCBI). 独立的模块扩展了Biopython的序列比对,蛋白质结构,群体遗传学,系统发育,序列基序和机器学习等功能. 序列操作 >>> # This script creates a DNA sequence and

  这是博客改版的第一篇博文,选择最近使用的生物信息学软件——circos开始写起.circos是用perl写的生物软件,从发表的文章来看 学习circos主要是熟悉配置文件的编辑方法,搞清楚其中的标签.参数的含义.只有完全清楚了这些东西才能够轻松自如的让circos绘制出主要用于基因组序列的可视化(绘制基因组圈图),至少目前我是用来干这个事情的.现在circos也被其他领域模仿用来做很多图形. 你想要的图片.如果你的英语基础还不错,推荐直接到官方网站看教程,一遍看教程一遍练习上手会很快(官方教

一 :准备工作 1)中文的 LaTeX - CTEX 2)LaTeX 的*.tex 的编辑工具-Texmarker 3)TEXshade宏包 二:安装 1) 直接双击运行下载的CTEX,安装过程中,可以不安装Ghostscript.GSview和WinEdt三个组件 2)双击安装Texmaker,直接下一步安装,点击“Close”完成 3)将解压texshade.zip 4) 在 Windows的 “开始”-运行中输入“cmd”,路径转到 TEXshade所在的目录下,此时输入“Latex te

国外站点DATAVISUALIZATION.CH为大家总结出了当前热用的43款可视化工具,包括Arbor.Chroma.js.D3.js.Google Chart Tools等,绝对让你一饱眼福. 1.Arbor.js Arbor是一个免费的.可视化的图形库,基于矢量创建动态的连接图.它为图形组织和屏幕刷新处理提供了一个高效的.力导向的布局算法. 2.CartoDB CartoDB是一个地图Web Service,并提供非常丰富API,利用它可以轻松创建动态的.可视化的数据驱动地图. 3.Chr

前面几篇博客都是关于排序的,在之前陆陆续续发布的博客中,我们先后介绍了冒泡排序.选择排序.插入排序.希尔排序.堆排序.归并排序以及快速排序.俗话说的好,做事儿要善始善终,本篇博客就算是对之前那几篇博客的总结了.而本篇博客的示例Demo也是在之前那些博客Demo的基础上做的,也算是集成了各种排序的方法,然后给出了可视化的解决方案.今天博客的内容还是比较有趣的. 因为本猿是做iOS开发的,所以就使用iOS相关的组件来表示上述各种排序的过程.使用可视化方式来感受一下上述这些排序方法的异同.本篇博客所使

随着通信行业改革的不断深化,行业的发展形势和生存环境正发生巨大变化,通信和信息的边界越来越模糊,市场竞争也随之愈演愈烈.近年来,某通讯运营商在业务的转型.网络的转型取得了巨大的突破,但人力资源管理的转型的步伐相对缓慢,已在某种程度上成为影响企业转型和精细化管理的短板. 人力资源作为企业核心竞争力,是企业的第一资源.某国内电信巨头,在系统中已经存在部门.岗位.人员等统一的,完整的架构信息:业务系统和业务流程中也富含大量的人员信息,但是对于人力部门来说,公司人员.岗位.薪酬.KPI等资源的调整指导却

转载地址  http://blog.csdn.NET/tianhai110 (下面参考了原博主的内容,也加入自己的内容,为了自己脑补,也方便其他看到的人脑补) 使用StartUML绘制用例图:       StartUML是支持UML的建模平台软件,是一款开发源码的UML工具,是棒子国主导开发出来的,StartUML可以绘制9款UML图,主要包括用例图,类图,序列图,状态图,活动图. 用例图主要用来描述“用户.需求.系统功能单元”之间的关系.它展示了一个外部用户能够观察到的系统功能模型图. [用

UML的模型中可分为两种,动态模型和静态模型.用例图.类图和对象图都是UML中的静态结构模型.而在UML系统动态模型的其中一种就是交互视图,它描述了执行系统功能的各个角色之间相互传递消息的顺序关系.序列图就是交互视图的一种形式. 1.序列图的定义 序列图是对对象之间传送消息的时间顺序的可视化表示.序列图的主要用途是把用例表达的需求,转化为进一步.更加正式层次的精细表达.用例常常被细化为一个或者更多的序列图.同时序列图更有效地描述如何分配各个类的职责以及各类具有相应职责的原因. 2.序列图的结构

http://www.cnblogs.com/batteryhp/p/5025772.html python有许多可视化工具,本书主要讲解matplotlib.matplotlib是用于创建出版质量图表的桌面绘图包(主要是2D方面).matplotlib的目的是为了构建一个MATLAB式的绘图接口.本书中的大部分图都是用它生成的.除了图形界面显示,还可以把图片保存为pdf.svg.jpg.png.gif等形式. 1.matplotlib API入门 Ipython可以用close()关闭界面.

目录 前言 几种高级可视化图表 总结 一.前言        之前已经简单介绍过一次如何使用Bokeh-scala进行数据可视化(见使用bokeh-scala进行数据可视化),以及如何在Geotrellis中进行分布式下的空间数据可视化(见geotrellis使用(十五)使用Bokeh进行栅格数据可视化统计),但是之前介绍的只是简单的线.圆圈等可视化方式,本文位大家介绍几种高级的可视化图表. 二.几种高级可视化图表        整体上与第一篇Bokeh-scala文章中介绍的方式相同,主要是完

第三章 使用Python进行数字计算 尽管IPython强大的shell和扩展后的控制台能被任何Python程序员使用,但是这个工具最初是科学奖为科学家设计的.它的主要设计目标就是为使用Python进行交互式科学计算提供一个方便易用的环境. IPython只是为NumPy.Scipy.Pandas.Matplotlib等包提供了一个交互式接口,其本身并不提供科学计算的功能.这些工具组合在一起就形成了可以匹敌如Matlab.Mathmatic这样被广泛使用的商业产品的科学计算框架. NumPy提供

第二章 在本章中,我们将详细学习IPython相对以Python控制台带来的多种改进.特别的,我们将会进行下面的几个任务: 从IPython中使用系统shell以在shell和Python之间进行强大的交互式操作: 在甚至不看一个新的Python包的文档的情况下,使用动态自省功能探索Python对象: 在IPython中轻松调试.测度你的代码: 学习如何使用Notebook来提升你交互使用Python的能力. 扩展的shell IPython不仅是一个扩展的Python控制台,它还提供了多种方式

第一章:开始使用IPython 在本章中,我们首先进行一遍IPython的安装过程,在大概浏览一下IPython提供的功能.IPython提供了一个高度优化的Python控制台和Notebook.除此之外,当与第三方包,如NumPy.Matplotlib,结合使用进行交互式计算时它是不可或缺的工具.这些包给Python提供了高性能计算和交互式可视化的特性.在本章的结尾,你将安装好IPython及其相关的依赖包在电脑上.你也将了解了IPython主要功能,这些功能将会在后续的章节详细介绍. 这些细

TensorBoard简介 Tensorflow发布包中提供了TensorBoard,用于展示Tensorflow任务在计算过程中的Graph.定量指标图以及附加数据.大致的效果如下所示, TensorBoard工作机制 TensorBoard 通过读取 TensorFlow 的事件文件来运行.TensorFlow 的事件文件包括了你会在 TensorFlow 运行中涉及到的主要数据.关于TensorBoard的详细介绍请参考TensorBoard:可视化学习.下面做个简单介绍. Tensorf

类图Class diagram 类图描述系统中的对象类型,以及它们之间的各种静态关系.类图也展示类的性质和操作,以及应用于对象连接方式的约束.UML中的特性feature,涵盖了性质property和操作operation. 性质property 性质可以以两种方式出现:属性attribute和关联association.属性是类方框内的一行文本(语法“visibility name: type multiplicity = default {property-string}”),关联是一根两个

在最新发布的ActiveReports 9报表控件中添加了多项新功能,以帮助你在更短的时间里创建外观绚丽.功能强大的报表系统,本文将重点介绍可视化数据查询设计器,无需手动编写任何SQL语句,主要内容如下: (一)访问可视化查询设计器 (二)可视化查询设计器包含的元素 可视化查询设计器提供的图形界面使用交互的创建查询和预览结果的方法帮助用户更简单的绑定数据.使用可视化查询设计交互界面,帮助不熟悉SQL的用户更容易的设计,修改和预览查询结果. 可视化查询设计器支持下面的SQL功能: 选取字段 自定义

[编者按] 刘斌,OneAPM后端研发工程师,拥有10多年编程经验,参与过大型金融.通信以及Android手机操作系的开发,熟悉Linux及后台开发技术.曾参与翻译过<第一本Docker书>.<GitHub入门与实践>.<Web应用安全权威指南>.<WEB+DB PRESS>.<Software Design>等书籍,也是Docker入门与实践课程主讲人.本文所阐述的「时间序列数据库」,系笔者所负责产品 Cloud Insight 对性能指标进行

[编者按] 刘斌,OneAPM后端研发工程师,拥有10多年编程经验,参与过大型金融.通信以及Android手机操作系的开发,熟悉Linux及后台开发技术.曾参与翻译过<第一本Docker书>.<GitHub入门与实践>.<Web应用安全权威指南>.<WEB+DB PRESS>.<Software Design>等书籍,也是Docker入门与实践课程主讲人.本文所阐述的「时间序列数据库」,系笔者所负责产品 Cloud Insight 对性能指标进行

from:http://blog.itpub.net/14780914/viewspace-588975/ 本文面向于那些软件架构师,设计师和开发人员,他们想使用 IBM® Rational® Software Architect 从 Java™ 源代码来逆向工程生成 UML 类和序列图. 逆向工程经常被用来从已有的源代码中以一种抽象模型 UML 格式来获得丢失的设计文档,其可以用来研究一个系统的静态结构和动态行为,并用于扩展新的特性到产品. 作者详细说明了使用 IBM Rational Sof

[编者按] 刘斌,OneAPM后端研发工程师,拥有10多年编程经验,参与过大型金融.通信以及Android手机操作系的开发,熟悉Linux及后台开发技术.曾参与翻译过<第一本Docker书>.<GitHub入门与实践>.<Web应用安全权威指南>.<WEB+DB PRESS>.<Software Design>等书籍,也是Docker入门与实践课程主讲人.本文所阐述的「时间序列数据库」,系笔者所负责产品 Cloud Insight 对性能指标进行