wget https://github.com/alexdobin/STAR/releases/STAR-2.5.2a.tar.gz tar -xzf STAR-2.5.2a.tar.gz cd STAR-2.5.2amake STAR 由于没有设置环境变量,所以每次运行的时候要加上绝对路径/STAR/STAR-2.5.2a/bin/Linux_x86_64/STAR --·······

两种RNA seq的基因表达量计算方法: 1. RPKM:http://www.plob.org/2011/10/24/294.html 2. RSEM:这个是TCGAdata中使用的.RSEM据说比RPKM更有优势.anyway,原来还以为TCGA 的data需要重新换算成RPKM,现在不需要了~:)

RNA -seq RNA-seq目的.用处::可以帮助我们了解,各种比较条件下,所有基因的表达情况的差异. 比如:正常组织和肿瘤组织的之间的差异:检测药物治疗前后,基因表达的差异:检测发育过程中,不同的发育阶段,不同的组织之间的基因表达差异 等 在所有检测的差异类型中,最常用的一种检测就是:检测所有mRNA的表达量的差异. 还可以检测 RNA 的结构上的差异.例如:mRNA的剪接方式的差异,即“可变剪接”:还可以检测“融合基因”,同时还可以检测基因单点突变导致的SNP. 测序方法.步骤:人的细胞

RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? RNA-Seq和基因表达芯片相比,哪种方法更有优势?关键看适用不适用.那么RNA-Seq适用哪些研究方向?是否您的研究?来跟随本文了解一下RNA测序相对基因表达芯片有什么优势? 无假设的研究设计和更高的发现能力RNA-Seq是一种基于测序的强大方法,让研究人员能够打破传统技术的低效和花费,如实时定量PCR(RT-PCR)和芯片.无论是将RNA-Seq添加到现有的研究方法中,还是从一种方法彻底转换到另一种,RNA-Seq都带来了许多显而易见的优势.这种方法不

上一次我们介绍并演示了如果使用 Consul 做为我们微服务的注册中心,来实现服务的注册与发现.那么本次我们讲会演示如何做日志聚合.日志聚合比较常用的有 ELK 等,但是这次我想要介绍的是一款比较小众的日志聚合工具 - Seq . 日志聚合 日志是我们写程序离不开的一个东西.在我们排查问题的时候日志就是我们的救命稻草.我们的每个服务都在不停的生产日志.但是实施微服务后,如果按照传统的写本地文件的日志方案,显然会面临跟修改配置一样麻烦的境地.不同的日志分散在各个服务器.容器内,这种情况下查日志简直

1.int类型 int类型的数据是没有长度限制的,它的最大长度只与计算机的内存有关. bin(i)      返回二进制表示结果, hex(i)      十六进制, int(i)       整数(如果x是浮点数就会返回其整数部分, oct(i)      八进制, int(s,base)将字符串转换为整数.幂可以用**实现(10**5,2**4).内置的float与str类型都支持到整数的转换. chr()       将数字转换成字符, ord()       将字符转换成ASCII码:

featuresCounts 软件用于定量,不仅可以支持gene的定量,也支持exon, gene bodies, genomic bins, chromsomal locations的定量: 官网 : http://bioinf.wehi.edu.au/featureCounts/ 只需要输入reads的比对情况,就是BAM 文件,再输入一个你感兴趣的区间的注释(通常是基因或者转录本的注释gtf 文件,就可以了),所以不论是DNA seq 还是RNA seq, 这个软件都是可以定量的. fea

shell函数与数组 作者:尹正杰 版权声明:原创作品,谢绝转载!否则将追究法律责任. 一.为什么要使用shell函数 简单的说函数的作用就是把程序里多次调用的相同的代码部分定义成一份,然后起个名字,所有的调用都只用这个名字就可以了.修改代码时,只需要改变函数体内的代码即可 a>.把相同的代码定义成函数,可以减少程序代码量: b>.增加程序的可读,易读性: c>.实现程序的功能模块化: 二.shell语法格式 function 函数名() { 源代码 return } 三.shell函数

单细胞在脑科学方面的应用 Session 1: Deciphering the Cellular Landscape of the Brain Using Single Cell Transcriptomics Single cell/nucleus transcriptomics has emerged as a powerful approach to classify cell types and dynamic cell states in any multicellular organ

 人类全基因组测序06 SNP(single nucleotide polymorphism):有了10倍以上的覆盖深度以后,来确认SNP信息,就相当可靠了. 一个普通黄种人的基因组,与hg19这个参考基因组序列相比,会有350万个左右的SNP.又有大概2万个是落在外显子上的,而非同义的SNP有大概9千个. 所谓非同义的SNP,就是这些SNP是会引起蛋白质的序列变化的. indel:(insertion & deletion)是指小于50个bp以内的微小的插入.和缺失突变.一个普通黄种人的基因组

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并

STAR CCM+是CD-Adapco公司的主打软件,其安装方式较为简单,这里以图文方式详细描述STAR CCM+11.02安装过程. 1 安装准备工作2 正式安装3 软件破解4 软件测试 1 安装准备工作 准备工作主要是软件包的下载.这个可以在网上找得到.有条件的童鞋还是建议购买正版. 安装文件包括: 文件夹中包括: solidSQUAD文件夹:包含了破解所需的文件 linux64:包含了64位liunx系统安装文件 win64:文件夹中包含了64位windows系统安装文件 2 正式安装 1

一. 简述 在上一篇<VMware workstation批量创建虚拟机和自动化安装操作系统(一)>中,主要介绍了VMware workstation自定义创建虚拟机的过程,和一些其他的有利于管理虚拟机的配置等操作. 本篇博客主要是基于上一篇博客的基础 ,进行88台虚拟机的批量化部署和操作系统自动化安装. 二. 涉及知识点 网络引导服务器部署(无人值守安装) centos网络配置 vmtools的安装和使用 共享文件的和虚拟机安装目录设置 shell脚本语言编辑和sed用法 DHCP绑定MAC

来源:STARmanual.pdf 来源:Calling variants in RNAseq PART0 准备工作 #STAR 安装前的依赖的工具 #Red Hat, CentOS, Fedora. sudo yum update sudo yum install make sudo yum install gcc-c++ sudo yum install glibc-static PART1 Quick start #STAR Basic workflow ###1. Generating

对象存储不是什么新技术了,但是从来都没有被替代掉.为什么?在这个大数据发展迅速地时代,数据已经不单单是简单的文本数据了,每天有大量的图片,视频数据产生,在短视频火爆的今天,这个数量还在增加.有数据表明,当今世界产生的数据,有80%是非关系型的.那么,对于图片,视频等数据的分析可以说是大数据与人工智能的未来发展方向之一. ​ ​ 但是如何存储这些数据呢?商用云方案往往价格昂贵,而传统的大数据解决方案并不能充分支撑图片,视频数据的存储与分析.本文将详细的介绍开源的对象存储解决方案Minio的部署与实

关注「WeiyiGeek」公众号 设为「特别关注」每天带你玩转网络安全运维.应用开发.物联网IOT学习! 希望各位看友[关注.点赞.评论.收藏.投币],助力每一个梦想. 文章目录: 0x00 前言简述 0x01 环境准备 主机规划 软件版本 网络规划 0x02 安装部署 1.准备基础主机环境配置 2.负载均衡管理ipvsadm工具安装与内核加载 3.高可用HAProxy与Keepalived软件安装配置 4.容器运行时containerd.io安装配置 5.安装源配置与初始化集群配置准备 6.使

FAST, RELIABLE, AND SECURE DEPENDENCY MANAGEMENT. 就在昨天, Facebook 发布了新的 node.js 包管理器 Yarn 用以替代 npm .咱虽然是个半桶水的咸鱼前端,不过也得跟上 Javascript 这股潮 (hong) 流 (huang) 的脚步,所以便有了下面这篇文章.大概的浅尝了一下这个自称是又快又可信赖又安全的包管理,所以写的内容不会很详细,更多的可能只是针对这个全新的包管理与 npm 的不同之处来对比.也可能有些地方写得不对

一.安装Erlang 1.rabbitMQ是基于erlang的,所以首先必须配置erlang环境. 从erlang官网下载 otp 18.3.下载链接:http://erlang.org/download/otp_src_18.3.tar.gz linux 可以使用wget http://erlang.org/download/otp_src_18.3.tar.gz 下载 2.解压并配置,编译,安装过程 # tar zvxf otp_src_18..tar.gz # mv otp_src_18.

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很开心的宣布 Log Guru 正式开源! Log Guru,是 fir.im 开发团队创造的小轮子,用在 Mac 电脑上的日志获取,Github 地址:FIRHQ/LogGuru. Log Guru 使用方法 当有测试者反馈应用装不上的时候,将其测试设备连接到 Mac 电脑上,即可通过 Log Guru 查看常见的错误日志,快速定位 iOS 应用无法安装的原因. 使用方法只需要几步: 第一步,点击下载 Log Guru: 第二步,解压打开 Log Guru : 第三步,将不能安装应用的设备用数