目录 需求 示例文件 代码实现 补充说明 需求 客户的一个简单需求: 我有一批功能基因位点,想从重测序的群体材料中找到这些位点,如何批量快速获得? 示例文件 gene.txt test.vcf 代码实现 run.sh cat $1 |while read gene chr from to do #echo $chr $from $to if echo $2 |grep -q '.*.vcf.gz$';then vcftools --gzvcf $2 --chr $chr --from-bp $f

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

http://msdn.microsoft.com/en-us/library/cc313106(v=office.12).aspx  微软文档 PartI ****************************************************************************** 简单讲一下如何找到VbaProjectStgCompressedAtom的偏移值 1.在.PPT文件中,搜索 5F C0 91 C3, 这个值后面的4字节long,就是 offsetT

C#如何提取.txt文件中的每个字符串,并将其存放到一个类中. 将其中的编号 菜名 价格 分别存入不同的数组中. 注:在用ReadLine读取一行信息时为什么读取的中文字符变成了乱码. 20 满意答案 FileStream fs=new FileStream(路径,FileMode.Open);StreamReader sr = new StreamReader(fs, System.Text.Encoding.Default);创建StreamReader的时候,编码设为 System.Tex

今天做PDF文件解析,遇到一个需求:提取文件中的图片并保存.使用的是流行的apache开源jar包pdfbox, 但还是遇到坑了,比如pdfbox版本太高或太低都不能用!!这个包竟然没有很好地做好兼容问题,有些方法在高版本说舍弃就舍弃了.暂时没有时间去研究版本间的区别.以下给我这个问题的解决方案. pdfbox版本:1.8.13 maven传送门: <!-- 处理pdf文件 --> <!-- https://mvnrepository.com/artifact/org.apache.pd

最近遇到一个项目就是要从一份word中提取出所有的图片信息,功能看起来不是很难,只要使用office自带的Microsoft.Office.Interop.Word就可以解决问题.网上也有不少的文章来说明如何去实现.不过总体来说网上的内容分为两派一个是使用剪贴板来实现,一个是通过将图片转为byte数组来完成.个人倾向于后者,但是在实践过程中遇到了问题. 问题一:通过byte的方式来实现图片的提取会导致提取出来的图片的质量严重下降,这样的图片质量下降是无法通过修改图片质量的代码来优化和提高的.目前

使用 CAJViewer 7.2 软件,把pdf格式的文件提取出文字. 操作步骤参考:http://jingyan.baidu.com/article/d45ad148cd06e469552b800f.html

见命令: bcftools merge A.vcf.gz B.vcf.gz C.vcf.gz -Oz -o ABC.vcf.gz 参考链接:http://vcftools.sourceforge.net/htslib.html#merge

说明:思路用的很新奇,也对COUNTIF有了更深一步的了解,但是,对于百行数据运算速度特别低,不适合数据多的使用 当面对一堆数据,我们要提取一列的唯一值的时候,如果单纯用人为一个个判断,显然是不科学的,那么如何用index函数提取唯一值呢   工具/原料   EXCEL2007以及以上版本 方法/步骤     新建一个空白的EXCEL工作表,而后打开   在A列输入人名,人名有重复,要求将唯一值提取到B列   首先我们在B2单元格输入公式=INDEX(A$1:A$99,MATCH(0,COUNT

在python语言中,用丰富的函数库来从文件中提取数据,这篇博客讲解怎么从csv, xls文件中得到想要的数据. 点击下载数据文件http://seanlahman.com/files/database/lahman-csv_2015-01-24.zip 这个一个美国棒球比赛的统计数据解压文件夹,我们选取AwardsManagers.csv来练习 #-*- coding:utf-8 -*- import csv DIR = 'data/' fname = 'AwardsManagers.csv'

python操作txt文件中数据教程[2]-python提取txt文件中的行列元素 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 原始txt文件 程序实现后结果-将txt中元素提取并保存在csv中 程序实现 import csv filename = "./test/test.txt" Sum_log_file = "./test/sumlog_test.csv" Individual_log_file = "./test/Individual_

bag文件是ROS常用的数据存储格式,因此要从bag文件中提取数据就需要了解一点ROS的背景知识. 1. 什么是ROS及其优势 ROS全称Robot Operating System,是BSD-licensed系统用于从PC上控制机器人组件.ROS系统由一系列的独立node组成,彼此间通过publish/subscribe消息传递模式相互沟通.比如某个传感器驱动由某个node执行,将该传感器数据用message stream的形式publish,而这些message则可以在数据处理或者日志节点被

将Office文件转换为PDF文件,提取Office文件中的所有图片 1.Office系列---将Office文件(Word.PPT.Excel)转换为PDF文件 1.1 基于Office实现的解决方案 1.2 基于WPS实现的解决方案 2.提取Office文件(Word.PPT)中的所有图片 2.1 基于OpenXml的解决方案 2.2 基于第三方插件的解决方案 1.Office系列-将Office文件(Word.PPT.Excel)转换为PDF文件 将Office文件作为文章并在网页上预览,

引用:http://www.easyx.cn/skills/View.aspx?id=6 本文讲解怎样将 mp3 等音乐资源以资源形式嵌入 exe 文件中,并通过 mciSendString 调用.嵌入 mp3 和嵌入图片略有不同,将图片嵌入到 exe 中,以及访问嵌入 exe 中的图片,请参考:http://www.easyx.cn/skills/View.aspx?id=6 [一.以资源文件形式嵌入 exe] 关于“资源文件”的介绍和“将 mp3 以资源形式嵌入 exe 文件中”的步骤,请仿

引用:http://www.easyx.cn/skills/View.aspx?id=6 本文讲解怎样将 mp3 等音乐资源以资源形式嵌入 exe 文件中,并通过 mciSendString 调用.嵌入 mp3 和嵌入图片略有不同,将图片嵌入到 exe 中,以及访问嵌入 exe 中的图片,请参考:http://www.easyx.cn/skills/View.aspx?id=6 [一.以资源文件形式嵌入 exe] 关于“资源文件”的介绍和“将 mp3 以资源形式嵌入 exe 文件中”的步骤,请仿

经常会遇到将手机通讯录导出到电脑并转化为在电脑中可编辑的情况,在网上搜索了很久当前不外乎两种处理方式.1.使用电脑的outlook的通讯簿功能,将手机导出的vcf文件导入到outlook的通讯录中,然后再导出为可编辑文件:2.是使用专用软件直接打开vcf文件.很不幸两种都不适合我,第一种导出到outlook后人名部分全是乱码,第二种方式下载软件后就没打开成功(有可能下载的软件与我的电脑不兼容). 在网上也找了一些python的代码自己转化,一直没有找到合适的代码,我的vcf文件中的名称部分是QP

python操作txt文件中数据教程[4]-python去掉txt文件行尾换行 觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 参考文章 python操作txt文件中数据教程[1]-使用python读写txt文件 python操作txt文件中数据教程[2]-python提取txt文件中的行列元素 python操作txt文件中数据教程[3]-python读取文件夹中所有txt文件并将数据转为csv文件 误区 使用python对txt文件进行读取使用的语句是open(filename, 'r

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

目录 需求 解决 方法一 方法二 需求 客户随手丢来一个基因型文件,类似于hapmap格式,只是少了中间多余的那几列,像这种类hapmap格式文件,往往是芯片数据. 这样的数据因为缺乏等位基因:参考碱基和变异碱基信息,对应在vcf文件中就是REF和ALT,导致后续一些分析没法进行. 那么,问题来了:怎么根据这个基因型文件来推断参考和变异等位基因? 样本量大的时候是否能通过计算等位基因频率来判断?推断出来的结果不一定准确,鬼知道你的变异多不多? 解决 在网上查了下,不能只通过基因型文件来推断,还需

因为最近有一项工作是比较填充准确性的,中间有用到vcftools比较两个vcf文件. 使用命令也很简单: 1 vcftools --vcf file1.snp.vcf --diff file2.snp.vcf --diff-site --out Diff.site 运行结束会生成一个名为Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位点信息,IN_FILE列代表含有当前snp位置信息的文件,1代表file1.s