1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 bioDBnet 1 输入文件ID类型 2 输出ID类型,这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID 3 输入ID列表,点击

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

[ASP.NET MVC] ASP.NET Identity学习笔记 - 原始码下载.ID型别差异 原始码下载 ASP.NET Identity是微软所贡献的开源项目,用来提供ASP.NET的验证.授权等等机制.原始码的位置如下: ASP.NET Identity 2.x https://aspnetidentity.codeplex.com/SourceControl/latest#Readme.markdown ASP.NET Identity 3.x [https://aspnetiden

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1.paper里没有提供SRA数据号.也没有提供路径: 2.不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去 进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然后选择所有SRR文件: 下载Accession list之后得到文件列表: SRR354208 SRR357358 SRR357397 SRR3

每个物种都有一个对应的Taxonomy ID: 9606 :人类 10090 :小鼠

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.

首先介绍下两种方法: 一.本地分析 1.在STRING数据库下载人的互作文件,如下图,第一个文件 https://string-db.org/cgi/download.pl?sessionId=HGrreq5g8nLI&species_text=Homo+sapiens 2.在本地电脑上(linux),用grep 检索该蛋白的互作关系:ENSP00000359708 ,发现结果是空 二.直接到STRING数据库进行互作关系分析 1.检索网址 (1)这个支持多个基因ID或者蛋白ID https:/

使用NCBI进行目的基因的引物设计 全文概述 利用生信工具进行目的基因的引物设计,使用了NCBI进行筛选与设计引物,使用 idtdna对筛选出的DNA进行检查.本文分享了如何筛选出高质量的基因引物,帮助想通过生信进行引物设计的学生.从业者找出合适的基因,毕竟购买引物也比较烧钱,避免设计出的基因质量偏低. NCBI查找基因 1.查询目的基因:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/?term=zbed3 备注:这里需要注意的是,要找到合适的目的基因!如果找智人,一

SRA - NCBI example - NCBI 要发文章了,审稿时编辑肯定会要求你上传NGS测序数据. 一般数据都是放在集群,不可能放在个人电脑上,因为有的数据大的吓人(几个T). 所以我们就建一个文件夹,然后把所有需要的fastq文件链接到这个文件夹就行了(copy太慢,也太占空间). 接下来,如何NCBI账号申请好了,那就可以直接上传了,用aspera来上传. 命令如下: ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/download/aspera.openssh -Q

记录一下导出操作 源码: /************ * 导出word 并下载 * @param id 房号记录编号 * ***********************/ @RequestMapping("/exportAgent") @ResponseBody public void execute(String id, HttpServletRequest request,HttpServletResponse resp) throws Exception { log.info(&

项目中有一个连接是下载视频插件,放到服务器上,不能io输出,所以指定地址直接下载 <div id="objInfo"> <jsp:include page="common/navigation.jsp" /> <div id="tabBattery"> <p>如果不能播放,请<a href="javascript:void(0);" onClick="getPlu

项目中,常常需要用到文件的上传和下载,上传和下载功能实际上是对Document对象进行insert和查询操作.本篇演示简单的文件上传和下载,理论上文件上传后应该将ID作为操作表的字段存储,这里只演示文件上传到Document对象中. 一.文件上传功能 apex代码 public with sharing class FileUploadUsedTransientController { public transient Blob fileUploadBody{get;set;} public S

从Android 2.3(API level 9)开始Android用系统服务(Service)的方式提供了Download Manager来优化处理长时间的下载操作.Download Manager处理HTTP连接并监控连接中的状态变化以及系统重启来确保每一个下载任务顺利完成. 在大多数涉及到下载的情况中使用Download Manager都是不错的选择,特别是当用户切换不同的应用以后下载需要在后台继续进行,以及当下载任务顺利完成非常重要的情况(DownloadManager对于断点续传功能支

当我们用系统的服务DownLoadManager下载完成后,系统会发送一个广播,我们只需要注册一个广播,然后在广播里面写如一些相应的操作. 1.注册广播 completeReceiver = new CompleteReceiver(); registerReceiver(completeReceiver,new IntentFilter(DownloadManager.ACTION_DOWNLOAD_COMPLETE));//注册广播 2.接收广播 //接收到这个广播 class Comple

1.FTP模式 代码如下: (1)浏览 /// <summary> /// 浏览文件 /// </summary> /// <param name="tbControl">控件名称</param> private void ViewFile(TextBox tbControl) { OpenFileDialog openFileDialogTemp = new OpenFileDialog();//提示用户打开文件弹窗 //设置文件类型

后台:        @RequestMapping(value = "/uploadFile.do", method = RequestMethod.POST)  public String uploadFile(    @RequestParam("questionFile") MultipartFile uploadFile,    HttpServletRequest request, HttpServletResponse response)    thr

19af543b068bdb7f27787c2bc69aba7f Additional Download (32-, 64-bit) Package r10 STL debug info android-ndk-r10-cxx-stl-libs-with-debug-info.zip r9 STL debug info android-ndk-r9-cxx-stl-libs-with-debug-info.zip Android L Preview System Image 这个是Android

一.建立数据库: CREATE TABLE IF NOT EXISTS `netdisk` ( `id` ) NOT NULL AUTO_INCREMENT, `uuidname` ) NOT NULL, `realname` ) NOT NULL, `savepath` ) NOT NULL, `uploadtime` timestamp NOT NULL DEFAULT CURRENT_TIMESTAMP ON UPDATE CURRENT_TIMESTAMP, `description`