官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html 1.genome brower的作用 a,展示任何尺度的基因组片段.比如,想看某条染色体的某个区域的序列. b,展示某些位置的annotation tracks.比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性. annotation tracks展示在基因组坐标的下方. ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半

打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据所在位置. 点击Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc)后继续点击Standard genome sequence files and select annotations (2bit, GTF

处理基因组数据,很多时候我们会觉得直接看序列文件不够直观,如果绘图的话,把n多G把数据用画图出来不仅费劲,就算操作也不方便.因此我们可以用UCSC开发出的genome browser,可以直接把数据信息写成track,连上genome browser 上查看,它还支持安装到本地服务器上(genome browser in box ,简称GBIB),genome browser 支持的格式有bedGraph, GTF, PSL, BED, bigBed, WIG, bigGenePred, big

想系统的学习生信数据库可以先看一下北大的公开课,有一章专门讲的数据库与软件: -生物信息学:导论与方法 北大\ 生物信息数据库及软件资源 一个优秀的生信开发者能够解决如下问题: 如何鉴定一个重要的且没有被解决的生物学问题? 如何将该问题转化为一个可计算的问题? 如何提出一个解决此问题的算法? 如何实现该算法? 如何评估算法? 生信工具使用者需要解决如下问题: 每个方法解决的是哪个生物学问题? 该方法有哪些基本的假设? 每个参数是什么意思,都是用来干什么的? 准确度评估,sensitivity a

Option使用和实现内幕源码揭晓 1.Option中的sealed关键字解析:Option中用了sealed,定义的case class与case object必须在同一个文件中.Option在模式匹配中匹配项 2.Option使用内幕实战解析:Some表示匹配项,如果没有就在None中找 //sealed 表示封闭式抽象类 sealed abstract class Option[+A] extends Product with Serializable {} //而some也是继承了Opt

UCSC Genome Browser是由University of California Santa Cruz (UCSC) 创立和维护的,该站点包含有人类.小鼠和大鼠等多个物种的基因组草图和注释信息,并提供一系列的网页分析工具. 1.MySQL安装 本人使用的是Centos6.8系统,推荐使用yum安装. $ yum install -y mysql mysql-devel mysql-server 2.MySQLdb安装 MySQLdb是MySQL的一个线程兼容接口,提供了python数据

[文章摘要] 最近用开源的AdminLTE做框架感觉效果特别好,其针对图表库Morris.js和flot都提供了不错的支持,也都提供了这两者的例子.不过Morris.js是基于Raphael.js来的,也就是其使用SVG和VML来绘制图形,而flot则是使用Canvas进行绘制,在绘制效率和浏览器兼容性等方面会有出入,同时两者需要的数据格式也不相同.本文中对两者的使用和性能进行了比较. [文章索引] Morris.js的使用 flot的使用 性能比较 [一.Morris.js的使用] Morri

First step, installation: download from UCSC genome browser chmod + x Second, very important: to download the "Chain File". What is "chain file"?  --- to transfer the gene data from one build to another . for example, from hg19 to hg18

这是悦乐书的第320次更新,第341篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第189题(顺位题号是811).像"discuss.leetcode.com"这样的网站域名由各种子域组成.在顶级,我们有"com",在下一级,我们有"leetcode.com",在最低级别,"discuss.leetcode.com".当我们访问像"discuss.leetcode.com"这样

这是悦乐书的第319次更新,第340篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第188题(顺位题号是806).我们要将给定字符串S的字母从左到右写成行.每行最大宽度为100个单位,如果写一个字母会导致该行的宽度超过100个单位,则会写入下一行.给出一个数组宽度,一个数组,其中widths[0]是'a'的宽度,widths[1]是'b'的宽度,widths[25]是'z'的宽度. 现在回答两个问题:S中至少有一个字符有多少行,最后一行使用的宽度是多少?将答案作为长

这是悦乐书的第318次更新,第339篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第186题(顺位题号是804).国际莫尔斯电码定义了一种标准编码,其中每个字母映射到一系列点和短划线,如下所示:"a"映射到".-","b"映射到"-...","c"映射到"-.-.", 等等. 为方便起见,下面给出了英文字母26个字母的完整表格: [".-"

这是悦乐书的第317次更新,第338篇原创 在开始今天的算法题前,说几句,今天是世界读书日,推荐两本书给大家,<终身成长>和<禅与摩托车维修艺术>,值得好好阅读和反复阅读. 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第186题(顺位题号是796).给定两个字符串A和B,在A上进行移位操作,规则是将A最左边的字符移动到最右边去.例如,如果A ='abcde',那么在A上移位一次后,它将是'bcdea'.当且仅当A在A上移位一定次数后可以变为B时返回True.

这是悦乐书的第316次更新,第337篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第185题(顺位题号是788).如果一个数字经过180度旋转后,变成了一个与原数字不同的数,这样的数被称为好数字.数字中的每一位都必须经过旋转.旋转的规则是:0,1,8这三个数旋转后还是自身,2旋转后变为5,5旋转后变为2,6旋转后变为9,9旋转后变为6,剩下的3,4,7旋转后并不能转成其他数字,是无效的.现在给出正数N,从1到N的好数字一共有多少个?例如: 输入:10 输出:4 说明

这是悦乐书的第315次更新,第336篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第184题(顺位题号是784).给定一个字符串S,将每个字母单独转换为小写或大写以创建另一个字符串.返回可以创建的所有可能字符串的数组.例如: 输入:S ="a1b2" 输出:["a1b2","A1b2","a1B2","A1B2"] 输入:S ="3z4" 输出:["

这是悦乐书的第314次更新,第335篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第183题(顺位题号是783).给定具有根节点值的二叉搜索树(BST),返回树中任何两个不同节点的值之间的最小差值.示例: 给定的树[4,2,6,1,3,null,null]由下图表示: 4 / \ 2 6 / \ 1 3 输出:1 说明:请注意,root是TreeNode对象,而不是数组.该树中的任意节点最小差值为1,它发生在节点1和节点2之间,也发生在节点3和节点2之间. 注意:

这是悦乐书的第313次更新,第334篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第182题(顺位题号是771).字符串J代表珠宝,S代表你拥有的石头.S中的每个字符都是你拥有的一种石头.计算S中有多少石头也是珠宝.J中的字符不会重复出现,J和S中的所有字符都是英文字母.字母区分大小写,因此"a"被认为是与"A"不同类型的石头.例如: 输入:J ="aA",S ="aAAbbbb" 输出:3 输入

这是悦乐书的第312次更新,第333篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第181题(顺位题号是766).如果从左上角到右下角的每个对角线具有相同的元素,则矩阵是Toeplitz.现在给定一个M×N矩阵,当且仅当矩阵是Toeplitz时返回True.例如: 输入:矩阵= [[1,2,3,4],[5,1,2,3],[9,5,1,2]] 输出:true 说明:在上面的网格中,对角线是:"[9]","[5,5]","[1,1

这是悦乐书的第311次更新,第332篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第180题(顺位题号是762).给定两个正整数L和R,在[L,R]范围内,计算每个整数的二进制数中1的个数,判断1的个数是否是一个素数.例如,21的二进制数是10101,其中1的个数有3个,3是一个素数.例如: 输入:L = 6,R = 10 输出:4 说明: 6 --> 110(2个1,2是素数) 7 --> 111(3个1,3是素数) 9 --> 1001(2个1,2是素数

这是悦乐书的第281次更新,第298篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第149题(顺位题号是657).在2D平面上有一个从位置(0,0)开始的机器人.给定其移动序列,判断该机器人在完成移动后是否在(0,0)处结束.移动序列由字符串表示,字符move [i]表示其第i个移动.有效移动是R(右),L(左),U(上)和D(下).如果机器人在完成所有移动后返回原点,则返回true.否则,返回false. 注意:机器人的"朝向"无关紧要. "R

这是悦乐书的第310次更新,第331篇原创 01 看题和准备 今天介绍的是LeetCode算法题中Easy级别的第179题(顺位题号是754).你站在无限数字线的0号位置.在目的地有个target.在每次移动中,您可以向左或向右移动.在第n次移动(从1开始)期间,你可以走n步.返回到达目的地所需的最少步骤数.例如: 输入:target = 3 输出:2 说明:在第一步中,我们从0步进到1.在第二步,我们从1步骤到3. 输入:target = 2 输出:3 说明:在第一步中,我们从0步进到1.在第