官网说明书:http://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/hgTracksHelp.html 1.genome brower的作用 a,展示任何尺度的基因组片段.比如,想看某条染色体的某个区域的序列. b,展示某些位置的annotation tracks.比如,你得到一些区域的深度,你想查看下这些区域的深度在染色体上怎么分布的,他们是否有一致性. annotation tracks展示在基因组坐标的下方. ucsc自身带有一些annotaton tracks,一半

ENCODE数据库用于存放基因组原件,所有的测序数据(原始数据以及每一步处理后的数据以及最终的结果)都是开放下载的.假如说去官网下载的话会比较麻烦,这里可以通过UCSC的数据库下载(真的是神器啊)!下面介绍方法: https://www.genome.ucsc.edu/ENCODE/downloads.html 直接在这个网址里面下载就可以了,里面有hg19版本的说有注释信息,非常全哦!

当我们想要从genbank 中下载序列的时候,总需要点击右上角的download 按钮,选择对应的格式,然后通过浏览器进行下载,这样反复的点击很费时间了 其实可以通过bioperl 自动化的完成下载: 代码如下: #!/usr/bin/env perl use Bio::SeqIO; use Bio::DB::GenBank; my ($acc, $out_dir) = @ARGV; ; system qq{mkdir -p $out_dir} if not -d $out_dir; my $s

庐州月光 如何提取一个转录本的3'UTR区域的序列 在做microRNA 和 mRNA 相互作用预测的时候,大家都知道microRNA 作用的靶点是位于mRNA 的3'UTR取,所以只需要提取mRNA 对应的3'UTR 区的序列去做分析即可: 那么如何提取一个mRNA的3'UTR区呢? 在UCSC数据库中,提供了3'UTR区序列的下载,以人类hg19为例, 利用table browser 浏览器选择对应的序列 链接:http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables

巧妇难为无米之炊,身为一个码农怎能碗里没有米呢?想必很多朋友都碰到下载测试序列的困惑,为了减少麻烦,现提供HEVC所有测试序列的下载,上传到百度云网盘上,方便大家下载.主要的测试序列如下: Test sequences Class Sequence name Frame count Frame rate Bit depth Intra Random access Low-delay A Traffic 150 30fps 8 Main/HE10 Main/HE10 A PeopleOnStree

安装you-get pip install you-get 安装好后,我们可以查看一下you-get的参数 you-get -h 视频下载 单个视频下载 CMD下载 you-get -o /data/Download https://www.bilibili.com/video/av93104638?p=1 其中:-o /data/Download表示输出路径,加入这个路径不存在,you-get会帮助你自动新建这个路径,后面接的https://www.bilibili.com/video/av9

目录 找序列 下序列 假设我要从NCBI中下载全部水稻的mRNA序列,如何实施? 找序列 第一步,肯定是找到相关序列. 我从ncbi taxonomy进入,搜索oryza.因为要搜索mRNA核酸序列,从此选择nucleotide,点击Go: 注意,如果你真正想要的是哪些序列.比如,稻属中可能野生稻之类的并非你想要的.这时就要用oryza sativa搜索,或者从oryza中选择合适的. 进一步在左侧栏中选择mRNA,此时出现在Search details中的关键字组合就是我们的过滤筛选条件,注意

一. 运行meerkat 前面已经依序安装了meerkat 的环境和meerkat,运行了预处理一步,在相对应的bam文件目录下生成了大批文件,因此,当要用meerkat处理某个bam文件时,应先将该bam文件移动到专有的一个文件夹,manual中也建议这样用. 预处理生成的文件包括: 黑名单文件.gz isinfo文件:包括插入大小信息 pdf文件:插入大小的分布图,unmapped reads长度的分布图,softclip reads长度分布图 pre.log文件:日志文件,包括输入的参数,

一.准备工作     meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理:参见http://compbio.med.harvard.edu/Meerkat/     1.1 需要准备的软件         1. unix/Linux系统(自带) 2. CMake(自带) 3. PERL 5.8.1及以上(自带) 4. BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) 5. R 2.3.1及以上(自带) 6.

http://homer.salk.edu/homer/ [怪毛匠子-整理] 使用HOMER分析CLIP-SEQ数据 24 5 2月 2013   | 程序员 Tags: 生物信息学 · 软件 HOMER是一个使用perl和C写成的motif分析工具.之前在分析clip-seq分析时,按照文献中材料和方法所写的流程进行分析,却无法得到与文献一致的结果.想来多半是文章发表时,并没有把所有的细节写清楚,导致我在重复时参数选择方面并没有与原作者保持一致.另一个原因是基因组几经修改,原本的hg17的数据

RNA_seq pipline RNA_seq pipline PeRl 2018年3月7日 首先说明一下我做RNA-seq处理流程的文件树格式: RNA-seq/ data/ GRCh38.gtf chroms/ hg38/ samples/ SraAccList.txt sra/ fasta/ fastqc/ cufflinks_result/ tophat_result/ HTSeq_result/ tools/ Trimmomatic-0.36/ 1. 下载参考基因组序列信息及注释文件G

一.准备工作 meerkat 0.189版本和以前的版本相比,支持bwa mem 输出的bam文件,还支持全外显子数据count SV. meerkat原理 1.1 需要准备的软件 unix/Linux系统(自带) CMake(自带) PERL 5.8.1及以上(自带) BioPERL 1.5.0及以上(自行安装) R 2.3.1及以上(自带) samtools 0.1.5到0.1.19(不支持新版本samtools) BWA 0.6.2.(已经可以支持新版本的BWA,但是 split read

tophat-fusion 是一款利用RNA_seq 数据鉴定融合基因的工具,官网链接如下: http://ccb.jhu.edu/software/tophat/fusion_index.shtml 安装: tophat-fusion 是集成在tophat软件中的,具体的安装参考tophat的安装就好了 使用方法: 对于tophat-fusion 而言,要求固定的目录结构,比如我在result 文件夹下进行tophat-fusion的分析 那么我需要在该目录下准备几个文件: 1)物种对应的re

背景:16SrRNA 基因通常作为分子标记进行微生物群落结构的研究,但是它有一些明显的限制,比如16S rRNA基因在物种中会有多个拷贝,而且,由于16S rRNA基因的进化速率较慢,在物种间保守,会存在多个物种的基因完全相同的情况,而且由于基因水平转移的发生,即使亲缘关系较远的物种,也可能出现基因序列完全相同的情况,更进一步讲,我们分析时通常只采用16S rRNA基因的某些区域,这导致物种间扩增出来的片段完全相同的概率大大增加:而一些蛋白编码基因,特别是一些参与重要的信号通路的基因,比如参与氮

官网有源代码和配置教程,地址是 https://github.com/raulmur/ORB_SLAM2 1 安装必要工具 首先,有两个工具是需要提前安装的.即cmake和Git. sudo apt-get install cmake sudo apt-get install git 2 安装Pangolin,用于可视化和用户接口 安装依赖项: sudo apt-get install libglew-dev sudo apt-get install libpython2.7-dev 先转到一个

转载:http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 标签: NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计.   ncbi blast比对结果报告分析:BLAST是NCBI开发的一款序列相似搜索程,常用在线的BLAST比对工具进行序列比对分析和引物设计. 写在解读报告之前的,首先就使用Blast最终的目的

打开UCSC Genome Browser官网.网址:http://genome.ucsc.edu/ 点击导航栏的Genome Data 在新的页面中,点击human,可快速定位至页面中人类基因组数据所在位置. 点击Genome sequence files and select annotations (2bit, GTF, GC-content, etc)后继续点击Standard genome sequence files and select annotations (2bit, GTF

最新3DV通用测试条件Common TestConditions of 3DV Core Experiments(JCT3V-E1100)中给出了所有标准测试序列的下载地址,有需要的朋友可以看看! 标准测试序列 Seq. ID Test Sequence Frames to be encoded 2-view input 3-view input S01 Poznan_Hall2 200 7-6 7-6-5 S02 Poznan_Street 250 5-4 5-4-3 S03 Undo_Dan

EST:表达序列标签,expressed sequence tags . 顾名思义,很好理解,就是表达出来的序列,即从基因组DNA上表达出来的RNA,但是我们没法测序RNA,所以我们最终测的是表达序列的cDNA片段. “标签”:就是指这些序列可能比较短,但是可以用来标定一个物种. 常见下载方式有两种: 1. NCBI Web下载 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 打开,搜索你要的物种,比如 Camellia ,可以看到结果EST (50287). Web下载

http://blog.csdn.net/scotfield_msn/article/details/60339415 在TensorFlow (RNN)深度学习下 双向LSTM(BiLSTM)+CRF 实现 sequence labeling  双向LSTM+CRF跑序列标注问题 源码下载 去年底样子一直在做NLP相关task,是个关于序列标注问题.这 sequence labeling属于NLP的经典问题了,开始尝试用HMM,哦不,用CRF做baseline,by the way, 用的CR

缺点:需要联网,经常出错,不是操作问题而是因为网络问题 安装 if("seqinr" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("seqinr")} suppressMessages(library(seqinr)) ls('package:seqinr') ###Retrieving a