分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们的OTU获得了物种注释,并学习OTU表的各种操作————添加信息,格式转换,筛选信息.   接下来我们学习对OTU序列的进化分析.同时计算Alpha和Beta多样性值.   16. 进化树构建 进化树是基于多序列比对的结果,可展示丰富的信息,我们将在R绘图中详细解读.此处只是建树,用于Alpha, Beta多样性分析的输入文件. # clustalo多序列比对,如果没有请安装Clustal Omega clustal

本节课程,需要先完成 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类   先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们制作了Usearch要求格式的Fasta文件,对所有序列进行去冗余和低丰度过滤,并聚类生成了OTU.   接下来我们对OTU进一步去除嵌合体,并生成代表性序列和OTU表.   什么是chimeras(嵌合体)? 嵌合体序列

火山图 Volcano plot 在统计学上,火山图是一种类型的散点图,被用于在大数据中快速鉴定变化.由于它的形成像火山喷发的样子,所以被称为火山图.和上文讲的曼哈顿图类似.   火山图基本元素 火山图也有很多种样式,在生物学高通量测序结果中,常见有的X和Y轴分别为aboundance 和 fold-change,或p-value和fold-change两种样式.如上图中为p-value versus fold-change的样式,,先此为例进行图中基本元素解读: - X轴:通常为两组基因表达或

基因组所三代单分子测序PacBio完成技术升级—超长读长助力基因组学研究 2015-09-23 | 作者:所级中心基因组平台 张兵 [关闭] 近日,基因组所所级中心基因组平台三代单分子实时测序PacBio完成技术升级优化,实现了数据产量和读长的双重提升,一个SMRT Cell芯片可产出高达1Gb数据, reads平均长度达到14kb,N50超过19kb,为基因组学相关研究提供了有力支撑. PacBio 测序read和subread长度分布 利用三代单分子实时测序仪PacBio系统,平台提供的技术

转载:http://www.cnblogs.com/xudongliang/p/6497465.html 嵌合体序列:由来自两条或者多条模板链的序列组成,示意图如下: 在PCR反应中,在延伸阶段,由于不完全延伸,就会导致嵌合体序列的出现,以上图为例, 在扩增序列X的过程中,在序列延伸阶段,只产生了部分X序列延伸阶段就结束了,在下一轮的PCR反应中,这部分序列作为其相似序列Y的引物接着延伸,扩增就会形成X和Y的嵌合体序列: 在放一张具体一点的示意图,不完全延伸产生的序列作为下一轮PCR反应的产物,

题目:Associations of the Fecal Microbial Proteome Composition and Proneness to Diet-induced Obesity 期刊:Mol Cell Proteomics IF:5.236 发表日期:2019年9月 单位:乔治亚州立大学生物医学科学研究所,加州大学圣地亚哥分校等 物种:小鼠 技术:16S rRNA,TMT 10-plex宏蛋白质组 一. 研究背景 高脂肪低纤维饮食促进肥胖的发展,尽管遗传因素在决定对这种致肥胖饮

散点图 数据点在直角坐标系平面上的分布图.在宏基因组领域,散点图常用于展示样品组间的Beta多样性,常用的分析方法有主成分分析(PCA),主坐标轴分析(PCoA/MDS)和限制条件的主坐标轴分析(CPCoA/CCA/RDA).   Beta多样性 Beat多样性是生态学概念,专指不同组或生态位间物种组成的差异.   分析方法 在读文章中经常可以看到PCA分析.PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RDA分析.它们在本质上是排序(ordination)分析.排序的过程就是在一个可视化的低维空间(

ALK FISH探针是FDA批准的用于检测肺癌患者中ALK重排的方法,这些患者可能受益于ALK激酶抑制剂.FISH测定在技术上可能具有挑战性并且难以解释.已经有研究者提出以ALK免疫组织化学和下一代测序作为替代方法.在本研究中,我们比较了各种ALK-FISH模式与下一代测序(NGS)针对基因融合的检测效果,以及ALK免疫组织化学(IHC)和肿瘤对克唑替尼的反应.在2116例肺腺癌样本中,72例(4%)是ALK-FISH阳性,其中28个ALK-FISH阳性病例用于研究,包括15个分裂信号(54%)

原网站:https://blog.csdn.net/woodcorpse/article/details/75103929 声明:本文为QIIME2官方帮助文档的中文版,由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效,文档翻译己获QIIME2团队官方授权.由于QIIME2更新频繁,如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助. https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新,新阅读英文原版 http

本节课程,需要先完成<扩增子分析解读>系列之前的操作 1质控 实验设计 双端序列合并 2提取barcode 质控及样品拆分 切除扩增引物 3格式转换 去冗余 聚类 4去嵌合体 非细菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们学习了嵌合体的形成,以及基于参考数据库去嵌合体:也学习了基于数据库比对来筛选细菌或真菌:最后基于最确定的OTU,我们生成代表性序列和OTU表,这是每种高通量测序都有的结果,后续的结果将全部基于这两个文件.

本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控.并对实验设计进行了填写和检查.最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析.   接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象:再根据标签序列与实验设计文件比对,对每条序列属于哪个样品进行分类:最后我们切除掉扩增使用的引物,因为它们是人工合成的

箱线图 箱形图(Box-plot)又称为盒须图.盒式图或箱线图,是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图.因形状如箱子而得名.在宏基因组领域,常用于展示样品组中各样品Alpha多样性的分布 第一种情况,最大或最小值没有超过1.5倍箱体范围 第二种情况,最大或最小值超过1.5倍箱体范围,外位延长线外,即异常值(outliers)   Alpha多样性 知识背景:Alpha多样性计算方法  常见的丰度估计方法有Shannon, Chao1和Observed OTU和PD whole tree等.我

热图是使用颜色来展示数值矩阵的图形.通常还会结合行.列的聚类分析,以表达实验数据多方面的结果.  热图在生物学领域应用广泛,尤其在高通量测序的结果展示中很流行,如样品-基因表达,样品-OTU相对丰度矩阵非常适合采用热图呈现.   热图优点   因为人读数字需要思考和比较,而对颜色识别能力非常强,采用颜色的深浅代替数据表是非常高效的呈现方式,也便于从中挖掘规律.  热图在非常小的区域展示了大量的基因表达/细菌丰度数据,即可以快速比较组间的变化,同时还可以显示组内每个样品的的丰度,以及组内各样品间的

本示例的的数据来自文章<Moving pictures of the human microbiome>,Genome Biology 2011,取样来自两个人身体四个部位五个时间点   进入环境 source activate qiime2-2017.8 退出环境 source deactivate   准备数据 # 创建并进入工作目录 mkdir -p qiime2-moving-pictures-tutorialcd qiime2-moving-pictures-tutorial # 下

ASP.NET 5 的路线图(详见 ASP.NET 5 Schedule and Roadmap : https://github.com/aspnet/home/wiki/roadmap ):Beta8版本在10月15日发布了,在微软的.NET Web开发工具博客上发布了详细的说明文章:http://blogs.msdn.com/b/webdev/archive/2015/10/15/announcing-availability-of-asp-net-5-beta8.aspx . ASP.N

国庆节前Ionic2发布了RC0版本,已经接近正式版了,前不久Angular2和TypeScript2也已经发布了正式版.详情请参考官方博客: http://blog.ionic.io/announcing-the-ionic-2-release-candidate/ 这次升级提高了一定的性能,引进了Angular2的一些新特性,如@NgModule.支持AoT编译(Ahead of Time)等,项目结构也发生了变化.所以需要花一点时间把beta版本的项目升级到RC0,相对于提升的性能来讲,还

JuCheap V1.* 查看地址: http://blog.csdn.net/allenwdj/article/details/49155339 经过半年的努力,JuCheap后台通用响应式管理后台模板框架,终于有V1.*正式升级到了JuCheap V2.0 beta版本. 首先介绍下JuCheap V2.0的基础技术: 1.相对于V1.*版本的框架,更加的简洁 2.T4模板,一键生成多种类型的文件 3.DI容器,由MEF改成了AutoFac,可选属性注入和构造函数注入两种方式. 4.真正的响

经过紧张的Alpha阶段,很多组已经从完全不熟悉语言和环境,到现在能够实现初步的功能.下一阶段即将加快编码进度,完成系统功能.强化软件工程的体会.Beta阶段的冲刺时间为期七天,安排在2016.12.3--2016.12.16之间.同时在2016.12.20前,针对相应版本展开用户试用,完成一份用户试用的调查报告.在冲刺阶段七天的每一天,依然需要发布一篇博客,描述:1.昨天的困难,今天解决的进度,以及明天要做的事情 2.每个人每天的做的事情, 3.源代码都有哪些 check-in.   同时,要

1.团队简介 韩青长 前端工程师 我是韩青长,技术小白,抱着对软工的好奇和对未来工作的憧憬选了这门课.暂时选择了测试的工作,也对开发和UI有一定兴趣.从前上帝创造了我们,现在轮到我们来创造自己的软件了~ 陈彦吉 前端工程师 PM 呃,自我介绍..怎么说呢,我叫陈彦吉..作为一个没什么基础的渣渣,感觉一路被碾压了两年,成绩不如大多数人,能力可能也不如大多数人,其他人都可以说自己曾经拿过什么奖,做过什么项目,我感觉我可能什么也说不出来,不管怎么说,这都是因为自己怠惰了,但是我还没有放弃治疗,这个学期

先上图 设想和目标 我们的软件要解决什么问题?是否定义得很清楚?是否对典型用户和典型场景有清晰的描述? 我们的软件主要是用来解决玩狼人杀这款桌游时无牌.无法官.游戏流程不熟悉等情况的.我觉得我们对典型用户和典型场景描述的较为清楚,我们项目之前做了问卷调查,提出了一些功能,Alpha版本挑了用户较需要的几个功能重点实现,在Beta阶段我们也继续完善其余功能,增加了重置密码,查找好友等功能,并修复了前期的bug,同时优化了UI. 我们达到目标了么(原计划的功能做到了几个? 按照原计划交付时间交付了么