今天的内容讲讲单细胞文章中经常出现的展示细胞marker的图:tsne/umap图.热图.堆叠小提琴图.气泡图,每个图我都会用两种方法绘制. 使用的数据来自文献:Single-cell transcriptomics reveals regulators underlying immune cell diversity and immune subtypes associated with prognosis in nasopharyngeal carcinoma. 去年7月发表在Cell Re

下午花了两个小时回答读者的疑问,觉得可以记录下来,也许能帮到一部分人. 第一位读者做的是非模式物种的单细胞. 一开始以为是想问我非模式物种的marker基因在哪儿找,读者朋友也提到了blast 研究的主要细胞类型的marker是有的 让读者朋友困惑的是一张表,cluster乘样本的表,每一个值表示表达这个marker基因的细胞数目.这个表其实没有多少信息,且容易给人误导.应该直接从小提琴图看. 解答完了这个问题,另一个问题还是回到"非模式物种如何找marker".找同源基因是一个思路,

来自知乎Live-孟浩巍 1.文章重要技术及图讲解 首先在转录组RNA-seq中,有基因表达差异.基因融合.可变剪切.RNA单点突变. 在基因组中,单点变异.结构变异,CNV变异(拷贝数变异) 三类基本内容,主要是RNA-seq的分析. 从生物水平角度理解肺癌,掌握RNA-seq的建库流程 ,单细胞的建库流程和方法. 这个是通过热力图的方式,找出5种细胞中的特异性的gene marker,什么是基因标记,在某一个stage或者细胞内特异性表达的基因是基因marker. 0-15图标是取过log的

0x00 - 前言 看过example后,就会想自己动动手,这里改改那里修修.我们先试着添加自己喜欢的marker/nft进行识别. 比如我做了一个法拉利的marker: 还有网上找了一个法拉利logo的图片用于NFT(Natural Feature Tracking): 对应显示的模型是这样的(仅供参考^_^!) 0x01 - marker制作流程 1.制作marker图片 首先我们找到doc/patterns/Blank pattern.png,使用这个空白的marker图片制作出自己想要的

等了好久,终于等到了 X230 的 SLIC 2.1 的 Marker !特发帖备份... 基本情况 笔记本:Lenovo X230(i5+8G+500G) 操作系统:Windows 7 Pro x64 BIOS版本:v2.55[打开下载页面]如下图所示 --------------------------------------------------------------------- 更新BIOS(本步骤可根据实际情况看是否需要升级) 1.从联想官网下载最新的BIOS 2.桌面直接双击运

一.从URL读取并返回html树     1.1 Rcurl包         使用Rcurl包可以方便的向服务器发出请求,捕获URI,get 和 post 表单.比R socktet连接要提供更高水平的交互,并且支持 FTP/FTPS/TFTP,SSL/HTTPS,telnet 和cookies等.本文用到的函数是basicTextGatherer和getURL.想详细了解这个包的可以点击参考资料的链接. R命令: h <- basicTextGatherer( )   # 查看服务器返回的头

相信只要是使用百度地图做实时定位服务的朋友都会遇到这个问题,在对坐标位置进行覆盖物展示的时候,会出现由于获取坐标数据时间或者两个坐标点相距过远,导致在视觉上看Marker移动就像"僵尸跳"一样,一蹦一蹦的给客户看分分钟鄙视你到不能自已.另外如果用的是有指向性图标ICON的时候,更会引来吐槽~诶诶诶,你这小车车怎么在这个立交桥转弯的时候车头向着后面呢?怎么搞得嘛你!会不会弄啊你! 所以今天参照百度大大提供的路书开源文件实现下自己的需求,记录一下以便提供参考. 一.覆盖物在获取坐标数据的同

Link: Documentation About the Traditional Template Square Marker Limitations (重要) Traditional Template Square Marker Replacing the marker's pattern of the 4.25 inch square marker (used above) with a pattern of significantly increased complexity reduc

发表时间:(2019年4月) 一. 概述: 本文报道了一种可研究人类大脑组织中特定神经细胞的蛋白质组学的方法.作者通过激光捕获显微切割技术(LCM)从逝者大脑中分离出目的神经元细胞,接着尝试了一系列不同的样品收集方法,裂解液和酶解方法,最终从10 um厚,60,000 um2大小的小脑分子切片中鉴定到了稳定重复的1500蛋白.用此方法,作者从分出的贝兹细胞(Betz)和浦肯野细胞(Purkinje)分别得到了高度特异表达的2800-3600个蛋白. 二. 研究背景: 蛋白质组学研究通常需要毫克级

在上一篇中,我已经讲解了展示marker基因的前两种图形,分别是tsne/umap图.热图,感兴趣的读者可以回顾一下.这一节我们继续学习堆叠小提琴图和气泡图. 3. 堆叠小提琴图展示marker基因 相比于其他可视化形式,小提琴图可以更直观地展示某一类亚群的某一个基因的表达分布情况.我的marker基因一共选了12个,下面来画图: Seurat内置的VlnPlot函数可以直接画, library(xlsx) markerdf2=read.xlsx("ref_marker2.xlsx",

title: xpath提取多个标签下的text author: 青南 date: 2015-01-17 16:01:07 categories: [Python] tags: [xpath,Python,xml,scrapy] --- 本文首发在http://kingname.info 在写爬虫的时候,经常会使用xpath进行数据的提取,对于如下的代码: <div id="test1">大家好!</div> 使用xpath提取是非常方便的.假设网页的源代码在s

开博好久了,今天第一次发表技术文档,之前总是将一些好的事例保存在电脑,时间久了找起来也很麻烦,所以还是放在博客里进行归类比较方便,这样也能将自己在学习过程中的一些心得体会分享给大家,也能给需要的人一点帮助. 一个朋友需要我帮忙给写一个能够提取网页中Email地址的小程序,所以就用Java语言帮他做了一个,有不完善的地方还请大家谅解,并提出来,一起学习. 源代码详见附件!加压后将将readme.htm放在F:\\share\\readme.htm,也可自定义目录,自定义目录需要修改对应的代码文件路

gulp是前端开发过程中对代码进行构建的工具,是自动化项目的构建利器. browseriyf是模块化打包工具. 一般情况下,Browserify 会把所有的模块打包成单个文件.单个文件在大多数情况下是适用的,可以减少 HTTP 请求数量,提高性能.不过在其他一些情况下,打包的单个文件可能过大,使得页面的初始加载时间过长.这主要是因为单个文件中包含了全部的模块,其中的某些模块使用得很少,或是在页面初始加载的时候不需要,可以在需要的时候再加载.这个时候可以用 Browserify 的插件来创建不同的

之所以写这篇文章,源自于组内的一些技术讨论.实际上,Effective Java的Item 37已经详细地讨论了Marker Interface.但是从整个Item的角度来看,其对于Marker Interface所提供的一系列优点及特殊特性实际上是持肯定态度的.因此很多人,包括我的同事,都将该条目中的一些结论当作是准则来去执行,却忽略了得到这些结论时的前提,进而导致了一定程度的误用. 当然,我并不是在反对Effective Java的Item 37.说实话,我也没有这个资本.只是我个人在技术上

模式识别课程的一次作业.其目标是对UCI的手写数字数据集进行识别,样本数量大约是1600个.图片大小为16x16.要求必须使用SVM作为二分类的分类器. 本文重点是如何使用卷积神经网络(CNN)来提取手写数字图片特征,主要想看如何提取特征的请直接看源代码部分的94行左右,只要对tensorflow有一点了解就可以看懂.在最后会有完整的源代码.处理后数据的分享链接.转载请保留原文链接,谢谢. UCI手写数字的数据集 源数据下载:http://oddmqitza.bkt.clouddn.com/ar

在vs里右击SharePoint项目,选择"部署",结果报错: Error occurred in deployment step 'Add Solution':Fail to extract the cab file in solution. 改用命令行部署,依然报错: Add-SPSolution:未能提取此解决方案中的cab文件. 原因: 出现此问题,多半是因为打包的项目中的文件的文件名中,有特殊的字符,比如:@,多个. 微软解释: 参考: https://msdn.micros

在python语言中,用丰富的函数库来从文件中提取数据,这篇博客讲解怎么从csv, xls文件中得到想要的数据. 点击下载数据文件http://seanlahman.com/files/database/lahman-csv_2015-01-24.zip 这个一个美国棒球比赛的统计数据解压文件夹,我们选取AwardsManagers.csv来练习 #-*- coding:utf-8 -*- import csv DIR = 'data/' fname = 'AwardsManagers.csv'

本文实例讲述了ASP.NET利用第三方类库Newtonsoft.Json提取多层嵌套json数据的方法,具体例子如下. 假设需要提取的json字符串如下: {"name":"lily","age":23,"addr":{"city":guangzhou,"province":guangdong}} 先引用命名空间: using Newtonsoft.Json; using Newtons

将非maven项目转换为maven项目,首要第一步就是提取原工程依赖jar里的pom.xml,拼成<dependency>节点 import java.io.File; import java.io.FileFilter; import java.io.IOException; import java.util.Enumeration; import java.util.Scanner; import java.util.zip.ZipEntry; import java.util.zip.Z

所有cs端工具集成了一个工具面板 -打开(IE) Map工具系列-01-Map代码生成工具说明 Map工具系列-02-数据迁移工具使用说明 Map工具系列-03-代码生成BySQl工具使用说明 Map工具系列-04-SQL合并执行工具 Map工具系列-05-添加业务参数工具 Map工具系列-06-销售营改增历史数据处理工具 Map工具系列-07-TFS变更集提取工具 Map工具系列-08-map控件查看器 Map工具系列-09-文件自动对比合并工具 more... 微信小程序之明源商城系列 1.