上周收到一条求助信息:“如何用TCGA数据库分析LINC00152在卵巢癌与正常组织的的表达差异?” 所以以这个题目为记录分析过程如下: 一.下载数据 a)进入网站https://cancergenome.nih.gov/   网页截图如下: b)进入数据下载 Launch Data Portal   ,截图如下: 进入数据下载接口后,有Projects Exploration Analysis Repository 四个栏目,我们数据下载可进入Repository菜单栏,截图如下: 网页分成左

背景:c-MET是肝细胞生长因子的酪氨酸激酶受体.MET 14号外显子编码部分c-MET的胞内跨膜结构域,包括重要的调节原件,比如酪氨酸1003,一个降解c-MET的相关酶的结合位点. 拥有MET 14号外显子跳跃突变的个体,可能出现c-MET活性增强,表达量增强. 目的:拥有MET 14号外显子及其内含子侧翼突变的非小细胞肺癌患者可能对c-Met抑制剂有应答.本文中探索了拥有MET 14号外显子突变的患者的临床特征,病理特征,基因特征. 从NGS数据,蛋白表达,转录本表达层面说明拥有met 1

文献名:ComplexBrowser: a tool for identification and quantification of protein complexes in large-scale proteomics datasets(大规模蛋白组学数据集中鉴定和定量蛋白复合物) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年11月) IF:4.828 单位:南丹麦大学生物化学与分子生物学系和VILLUM生物分析科学中心 物种:人和小鼠 技术:ComplexBrow

大家好,本周分享的是发表在Molecular & Cellular Proteomics. 上的一篇关于阿尔兹海默病临床前期生物标志物鉴定的文章,题目是Changes in synaptic proteins precede neurodegeneration markers in preclinical Alzheimer’s disease cerebrospinal fluid,通讯作者是巴塞罗那Hospital de la Santa Creu i Sant Pau的Olivia Bel

MongDB    数据库知识1 程序 =  数据结构 + 算法 数据存储阶段 1,文件管理阶段 (.txt .doc .xls) 优点: 数据可以长期保存:可以存储大量的数据:使用简单     缺点: 数据的一致性差:数据的查找修改不方便:数据的冗余性大 2,数据库存储阶段 优点 : 数据组织结构化,降低了冗余:方便扩展:方便程序调用,做自动化的处理     缺点 : 数据库使用往往需要特定的语句或者命令进行操 作,相对比较复杂 几个概念 数据 :能够输入到计算机中并被识别处理的信息的集合:

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库 nrAll non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 refseqRefSeq protein sequences from NCBI’s Referenc

GO是一个同源蛋白的数据库,按照三大类别BP(生物学过程), MF(分子功能), CC(细胞组分) 对基因的产物-蛋白质进行了分类: 在GO数据库中,本质上是一个有向无环图的数据结构,在三大类别之下,又有小的分类层级,一层一层的分类下去: 对于某个具体的GO号来说,代表了一组同源蛋白,拥有相似的结构和功能,在数据库中,有上层分类的GO,也可能在这个GO下面,还有其他的GO 为了直观的展示某个GO号的分类,利用数据库提供的go-basic.obo 文件得到不同GO之间的层级关系,然后用Graphv

https://www.yiibai.com/dbms/dbms-language.html DBMS具有适当的语言和接口来表达数据库查询和更新.数据库语言可用于读取,存储和更新数据库中的数据. 数据库语言的类型 1. 数据定义语言 DDL代表数据定义语言.它用于定义数据库结构或模式. 用于在数据库中创建模式,表,索引,约束等. 使用DDL语句,可以创建数据库的框架. 数据定义语言用于存储元数据的信息,如表和模式的数量,它们的名称,索引,每个表中的列,约束等. 以下是DDL下的一些任务: Cre

文献名:Elevated Hexokinase II Expression Confers Acquired Resistance to 4-Hydroxytamoxifen in Breast Cancer Cells(升高的己糖激酶II表达使得乳腺癌细胞获得对他莫昔芬的抗性) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年9月) IF:4.828 单位: 加州大学河滨分校 研究对象:乳腺癌细胞 技术:靶向蛋白组学   一. 概述: 本文应用了基于并行反应监测(PRM)

内容回顾 什么是进程? 就是为了形容执行中的程序的一种称呼 它是操作系统中资源分配的最小单位 进程之间是数据隔离的,占用操作系统资源相对多 独立存在的 谈谈你对并发的理解 同时有多个任务需要执行,但是资源有限 所以我们会利用一些手段:多进程\多线程\协程来完成任务 来提高用户的体验,达到多个任务能在一个时间段内同时执行的效果 什么是线程 轻量级进程,直接被CPU调度,不能独立存在的轻量级进程 同一进程中的多个线程之间数据共享 谈谈对GIL的了解? 全局解释器锁,是用来锁线程的,Cpython解释

关键词:PRM,kinase,colorectal cancer, metastasis, PRPS2 来自加州大学河滨分校的Yinsheng Wang教授应用PRM技术筛选出介导结肠癌细胞转移促进因子-PRPS2激酶.这项研究于2019年3月25日发表于蛋白组学主流期刊Journal of Proteome Research(原文链接:https://pubs.acs.org.ccindex.cn/doi/10.1021/acs.jproteome.9b00119). 背景 结肠癌(CRC)是

现在做生物和医学的,很多都可能会和各种组学数据打交道.其中表达谱数据总是最常用的,也是比较好测的.即使在工作中不去测序,也可以利用已有的数据库去做一些数据挖掘,找一找不同表型(比如癌症)对应的marker或者调控的通路.这里跟大家推荐一款分析表达谱数据的神器GENE-E,亲测比较好用,满足常用需求,可以做各种热图,聚类,箱图,相似分析和标记筛选等等,而且非常小巧. 进入软件之后,界面如下,这里显示的就是基因表达的热图(heatmap),其中蓝色表示被低调控,红色表示被高调.横向是不同的细胞系,纵

EGFR: “Epidermal growth factor receptor”,表皮生长因子受体.别名:ErbB1,或 HER1 EGFR是ErbB基因家族的成员之一.ErbB基因家族包括了:EGFR(ErbB1).HER2(ErbB2).ErbB3.ErbB4.其中,HER2又称为ErbB2. EGFR是肿瘤靶向治疗当中最重要的靶子.其突变,会在很大程度上影响到多种靶向治疗有效性. 位于chr7  短臂 ,蛋白分子量170KDa,跨膜蛋白 定位于细胞膜上,细胞膜外的部分,负责与各种配体相结合

http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的简称,是生物学家为了衡量基因的功能而而发起的一个项目,从分子功能(molecular function).生物学过程(biological process)和细胞定位(cellular component)三个面对基因功能进行全面定义. 基因本体论,用于蛋白的功能分类! Gene Ontology可分为分子功能(Molecular Function),生物过

文献名:Quantitative mass spectrometry to interrogate proteomic heterogeneity in metastatic lung adenocarcinoma and validate a novel somatic mutation CDK12-G879V(利用定量质谱技术探究转移性肺腺瘤的蛋白质组异质性及验证新体细胞突变CDK12-G879V) 期刊名:Mol Cell Proteomics 发表时间:(2019年4月) IF:5.23

文献名:Label-Free Proteomic Analysis of Exosomes Secreted from THP-1- Derived Macrophages Treated with IFN‑α Identifies Antiviral Proteins Enriched in Exosomes 期刊名:Journalof Proteome Research 发表时间:December 14, 2018 DOI: 10.1021/acs.jproteome.8b00514 单位:

网络图(Network)看似复杂,其实构成非常简单,网络图是一种图解模型,形状如同网络,故称网络图,由节点(node)和连线(edge)两个因素组成的.其中 node 又分为 source node(源节点)和 target node(目标节点)两个因素组成的.这里的 node 就是我们的基因,edge 就是基因间的相互作用关系.任何网络图都不外乎这些构成成分.知道了网络图的构成之后,再做图分析就很简单了. 节点(node) 所谓的节点,就是我们要分析的基因.在一个网络图当中往往有数十个乃至上百

生物医学大数据 重点:蛋白质定量 新蛋白可以是全新的蛋白质,也可以是知结构但未知功能的蛋白质,也可以是知道结构有新功能的蛋白质. 新蛋白鉴定可以使用以下方法. 基于基因组,可以基因组中的coding区数据库变成理论上的蛋白质数据库,利用密码子翻译出氨基酸,为准确可以有三种版本,可以敲除1个碱基,2个碱基,3个碱基等,同时考虑正反链因素,就有3*2=6种可能性.基于转录组翻译情况,采用搜索已知蛋白质信息数据库,准确率高.denovo方法,即从头测序的综合比较方法,可信度基于打分值或p-value等

这个需求是在生信分析中几乎天天用到,各种语言都能实现,也都各有特点.这次以perl为例. 已知 文件CT-VS-CON.All.xls为全部蛋白表达矩阵及其差异分析结果. 文件Homo_sapiens.ko为蛋白KEGG注释结果. 文件Homo_sapiens.fa为蛋白鉴定数据库(有的序列以多行展示). 需求 将以上三表整合为一个表,输出需要的信息. 实现 #! /usr/bin/perl -w use strict; =pod Description: combine table Autho

概念 利用蛋白质组学数据,结合基因组数据(DNA).转录组数据(RNA)来研究基因组注释问题,被称为蛋白质基因组学."蛋白质基因组学"一词由Jaffe 等于2004 年首次提出,作者采用串联质谱数据匹配DNA翻译得到氨基酸序列的方法,在仅有810 kb 大小的细菌基因组上直接鉴定开放阅读框(open reading frame,ORF),验证并补充.修订了约10%的ORF.后来这种质谱数据结合DNA 和RNA 数据的分析方法被应用到注释病毒基因组.原核生物基因组以及真核生物基因组. 本

1. 常见命令 连接本地数据库与远程数据库(172.16.xx.xx:3306): mysql -h localhost -u root -p123 mysql -h 172.16.xx.xx -P 3306 -u root -p 2. DDL 数据定义语言(Data Definition Lanuage, DDL)定义了数据库模式,包括CREATE.ALTER.DROP.TRUNCATE.COMMENT与RENAME语句. 创建(CREATE) create语句创建了一张表: CREATE T