对于双端比对的数据,生成的BAM文件中,R1端序列和R2端序列的标识符是一样的,之前一直不知道如何根据bam文件区分哪条序列是R1端,哪条序列是R2端,昨天仔细研究了一下,原来代表R1端和R2端的信息都存储在flag中,即bam文件的第二列: 在bam文件格式中定义了各种flag代表的意思 /*! @abstract the read is paired in sequencing, no matter whether it is mapped in a pair */ #define BAM_

博客搬到了fresky.github.io - Dawei XU,请各位看官挪步.最新的一篇是:在C#中用Linq从属性文件中读取键值对Key-Value Pair.

本文为博主原创,转载请注明出处. 此前曾总结过使用工具类读取properties文件中的属性值,有兴趣的可以看一下. 如何快速获取properties中的配置属性值:https://www.cnblogs.com/zjdxr-up/p/7763485.html java中Properties类及读取properties中属性值:https://www.cnblogs.com/zjdxr-up/p/7763485.html 这两种方式都是在项目启动时,将properties文件加载,第一种是将属性

C# XML 文件中的空格值问题 运行环境:Window7 64bit,.NetFramework4.61,C# 6.0: 编者:乌龙哈里 2017-02-15 近期正在写我的简易标记文件格式的程序,用 xml 文件来当配置文件,结果发现一个事,能把空格写进 xml 文件,但读取的时候发现是空值,并不是空格值. 以下做实验: string path = @"d:\test\1.xml"; XElement xe = new XElement("root",new X

此程序可以输入一串MD5的值,并在指定的文件中搜索到原始值.程序自有用处. #输入加密的MD5值,并搜索文件中的原始值 by qianxiao996 #博客地址:https://blog.csdn.net/qq_36374896 #使用方法 #目录下必须有一个名为字典的TXT文件 #输入32位的MD5 即可寻找出文件中的原始值 import os import hashlib def curlmd5(src): m = hashlib.md5() m.update(src.encode('UTF

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事

pom build节点下面添加resource配置: <resources> <resource> <directory>src/main/resources/</directory> <filtering>true</filtering> <includes> <include>**/*.properties</include> </includes> </resource>

iOS开发一些特殊的软件需要在项目中配置对应的key值,然而近期在项目中发现一个有意思的现象,苹果官方文档中提供的key值很多,但其实有一些彼此可能有冲突,当你同时配置了彼此冲突的key值,可能会出现一些奇葩的现象,而且不容易发现问题所在,下面我就我遇到的情况和大家分享一下: 因为项目需要,需要配置定位相关的key值,同时需要后台长时间运行,所以在应用中我配置了NSLocationWhenInUseUsageDescription这个定位的key值,为了在使用时获取用户的位置信息:同时我用申请了

1. 在build.gradle 中  buildConfigField  的参数有3个 第一个类型 第二个为名称 第三个是值 如果是字符串类型 请不要忘记 双引号! buildTypes {        release {            buildConfigField 'String','CUSTOMIZED_VERSION','"common"'        }        advanced {            buildConfigField 'String

折腾这么多都是白瞎,STAR就有输出没有别对上的pair-end reads的功能 参见:How To Filter Mapped Reads With Samtools I had the same issue but with Paired End Reads, and I solved using samtools and bamToFastq. You can find bamToFastq here: https://code.google.com/p/hydra-sv/ If you

<profiles>        <profile>            <id>test-cd</id>            <properties>                <env>test-cd</env>            </properties>            <activation>                <activeByDefault>

using Newtonsoft.Json; JsonSerializer serialiser = new JsonSerializer(); string newContent = string.Empty; using (StreamReader reader = new StreamReader(file.FullName)) { string json = reader.ReadToEnd(); dynamic jsonObj = JsonConvert.DeserializeObje

概述:我们在做项目时,经常需要从某个properties文件中读取properties文件中的值.现在我封装了一下方法,直接读取配置文件中的值. 代码如下所示: /** * Created by qinlinsen on 2017-07-03. * 本例只要是读取任何一个.properties文件的值.如果配置文件没有的话都设有默认值,从而避免了NullPointException. */ public class KSConfigurationTest { Properties propert

[怪毛匠子 整理] samtools学习及使用范例,以及官方文档详解 #第一步:把sam文件转换成bam文件,我们得到map.bam文件 system"samtools view -bS map.sam > map.bam"; #第二步:sort 一下 BAM 文件,得到map.sorted.bam system"samtools sort map.b/am map.sorted"; #第三步:创建一个关于bam的索引文件,我们得到一个map.sorted.b

Pysam可用来处理bam文件 安装: 用 pip 或者 conda即可 使用: Pysam的函数有很多,主要的读取函数有: AlignmentFile:读取BAM/CRAM/SAM文件 VariantFile:读取变异数据(VCF或者BCF) TabixFile:读取由tabix索引的文件: FastaFile:读取fasta序列文件: FastqFile:读取fastq测序序列文件 一般常用的是第一个和第二个. 例子: 1 import pysam 2 3 bf = pysam.Alignm

/// <summary> /// /// </summary> /// <param name="xmlpath">节点路径</param> /// <param name="getLatest"></param> /// <returns></returns> public static string GetPropertyValue(string xmlpath,

1.Properties与ResourceBundle 两个类都可以读取属性文件中以key/value形式存储的键值对,ResourceBundle读取属性文件时操作相对简单. 2.Properties 该类继承Hashtable,将键值对存储在集合中.基于输入流从属性文件中读取键值对,load()方法调用完毕,就与输入流脱离关系,不会自动关闭输入流,需要手动关闭. /** * 基于输入流读取属性文件:Properties继承了Hashtable,底层将key/value键值对存储在集合中, *

为了简化读取properties文件中的配置值,spring支持@value注解的方式来获取,这种方式大大简化了项目配置,提高业务中的灵活性. 1. 两种使用方法1)@Value("#{configProperties['key']}") 2)@Value("${key}") 2. 配置文件示例 ftp:ftplp: 10.2.23.89ftpPort: 21ftpUser: uftpftpPwd: 12345678ftpRemotePath: /home 说明:以

# 1.你想创建多少Saver对象就可以创建多少,如果你需要去保存和恢复不同的子图模型 # 同样的变量可以在不同的saver对象中被加载 # 只有在Saver.restore()方法被调用的时候才会对变量的值进行计算 # 2.如果你在session开始的时候只恢复一部分变量的值. # 你必须重新初始化其他变量的值 # 3.如果想检查checkpoint文件中变量的值,可以使用print_tensors_in_checkpoint_file函数 # 4.默认情况下,Saver使用tf.Variab

"reference" //引用 "color" //颜色 "boolean" //布尔值 "dimension" //尺寸值 "float" //浮点值 "integer" //整型值 "string" //字符串 "fraction" //百分数,比如200% 枚举型的格式: < attr name="orientation&q

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事