这算是第二讲了,前面一讲是:Edit Distance编辑距离(NM tag)- sam/bam格式解读进阶 MD是mismatch位置的字符串的表示形式,貌似在call SNP和indel的时候会用到. 当然我这里要说的只是利用它来计算mismatch的个数 MD = line.get_tag('MD') pat = "[0-9]+[ATGC]+" MD_list = re.findall(pat,MD) for i in MD_list: for j in i: if j == '

自己是程序员,干嘛不自己写代码完成?下载工具还不一定管用!具体解决方案如下: 1,获得内容 NSArray *dictionary = [NSArray arrayWithContentsOfFile:[[NSBundle mainBundle] pathForResource:@"DiseaseListData" ofType:@"plist"]]; 2,保存文件格式和路径    NSString *documents = NSSearchPathForDirec

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事

默认情况下产生的Mapper.xml里面存在: 需要修改generatorConfiguration.xml,里面的table加属性,如: <table domainObjectName="User" tableName="test_user"> <columnOverride column="address" javaType="java.lang.String" jdbcType="VARCHA

本文主要是说明如果使用QGIS将文本格式的点坐标转换为矢量文件(如shapefile格式). 所需工具:QGIS 所需数据:文本格式的点文件 所需要处理的点坐标文件如下所示, 114.2 22.15 114.33 22.1 114.85 21.3 115.32 20.6 119.25 14.78 120.25 12.8 120.35 12.62 120.43 12.4 120.48 12.18 120.58 11.92 120.65 11.72 120.62 11.53 120.58 11.33

Python通过调用windows命令行处理sam文件 以samtools软件为例 一.下载或者索取得到windows版本的samtools软件,解压后如下: 进入文件内部,有如下几个文件: 二.将samtools设置环境变量: 上图是设置环境变量的窗口,建议在 系统变量里更改,这样即使变更用户名,环境变量依然有效. 在cmd中输入samtools,出现samtools的命令说明,表明环境变量成功 三. 调试 通过cmd的命令行调用samtools命令: A.将sam转化为bam文件  Samt

pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类.后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作. 1.安装Pysam $ pip install pysam 2.检查是否安装成功 import pysam # 注意,此步是进入python交互环境 3.读取bam文件 import pys

转自:https://www.cnblogs.com/wudage/p/7650685.html 总是在网络上copy别人的源代码,今天我也贴出自己今天写的源码,相信这个程序会对大家在平时的工作中需要频繁从数据库中提取数据转化成xml文件会有帮助.     最近公司项目中有一件事就是从数据库表中读出数据,然后转换成xml文件供客户端下载,由于数据库中表太多,不可能为单独的每个表都写一个转换程序.于是,经过分析,写了一个通用的用ResultSet对象转换成xml文件的程序.这样,只需把查询结果集(

转至:https://www.cnblogs.com/hssbsw/archive/2012/12/01/2797140.html csv 转换为DBF文件的方法 最近从SQL导出了许多CSV文件发到各部门用  本来csv用execl打开很方便,可是由于这次导出的含有身份证,而且是18位的  execl对于18位身份证很敏感,怎么也转换不成功,老爸最后3位修改为0  没有办法,另择它涂  通过咨询GOOGLE老师,得到一个csv转换为DBF的方法   1:建立一个DBF文件,字段要与csv字段统

项目需要一个在线浏览文档的功能,于是参照网上的代码写了一份利用Microsoft Office 2010和swftools-2013-04-09-1007.exe转换的程序 思路:调用电脑本机的office组件把ppt或者word转换为pdf文件,接着调用pdf2swf应用把pdf文件转换为swf. 参考:http://www.cnblogs.com/luckyxiaoxuan/archive/2012/06/15/2550303.html 但由于目前项目组没有windows的服务器,于是想着试

iconv命令用于转换指定文件的编码,默认输出到标准输出设备,亦可指定输出文件. 用法: iconv [选项...] [文件...] 有如下选项可用: 输入/输出格式规范:-f, --from-code=名称 原始文本编码-t, --to-code=名称 输出编码 信息:-l, --list 列举所有已知的字符集 输出控制:-c 从输出中忽略无效的字符-o, --output=FILE 输出文件-s, --silent 关闭警告--verbose 打印进度信息 -?, --help 给出该系统求

using System;using System.Collections.Generic;using System.Linq;using System.Text;using System.Xml;using System.Web.Script.Serialization;using Newtonsoft.Json;using System.Windows.Forms; namespace XmlToJsonDemo{ class Program { static void Main(strin

现在需要分析访问日志,怎么办? 比如分析D:\Servers\Apache2.2\logs\access2014-05-22.log http://my.oschina.net/cart/针对这个问题特意开发了一款小工具分析Apache 日志,拆分字段成CSV文件并插入Mysql数据库分析 <?php $date = '2014-05-22'; file_put_contents($date.'.csv', ''); file_put_contents($date.'.csv', '"IP

在以前使用hadoop的时候因为mahout里面很多都要求输入文件时序列文件,所以涉及到把文本文件转换为序列文件或者序列文件转为文本文件(因为当时要分析mahout的源码,所以就要看到它的输入文件是什么,文本比较好看其内容).一般这个有两种做法,其一:按照<hadoop权威指南>上面的方面直接读出序列文件然后写入一个文本:其二,编写一个job任务,直接设置输出文件的格式,这样也可以把序列文件读成文本(个人一般采用这样方法).时隔好久,今天又重新试了下,居然不行了?,比如,我要编写一个把文本转为

原因: 每一行物理数据最后都存在一个换行符. 如果integer或者number类型的字段位于控制文件的最后,最后其实都会有CR/LF的换行符,在用sqlldr导入时会把换行符也算作那个数字的一部分,使得对应的导入ORDERADV_TK 的值与ORDERADV_TK在数据库中定义的NUMBER类型不匹配,从而出错. 解决办法: 在该列后面追加“INTEGER EXTERNAL TERMINATED BY WHITESPACE”.

ST-E00211::H5L3NCCXY:::: chr14 141M = - ACTTCACCTCCTGGAGTCCTGGACTTCCCCACATCTCCCCTGCCCCTCCCACGTTTCCATAGTCCAAGGGCCAGAGTAAATGAAAATACAGCAGCCGCCCAAGCAATGGGGCCCATGCTGGGGCTTCAGTCATCCCCATGT JFJFJFJJJJJJJJJJJJJJJFAJJJJJJJJJFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ

使用VirtualBox把IMG文件转换为VDI文件 首先确保已安装VirtualBox. 需要使用的命令: 语法:$ VBoxManage convertdd input.img output.vdi$ VBoxManage convertdd input.img output.vdi 示例:$ VBoxManage convertdd eos3.0.base.img eos.vdi$ VBoxManage convertdd eos3.0.base.img eos.vdi 根据转换文件大小,

数据文件内容data.txt {USER_TYPE=1,CREATE_USER=ZHANG,UPDATE_USER=li,OPER_NUM=D001,SRC=2,UPDATE_TIME=2018-11-11 18:08:08.0,TABLE_NUM=T17,OPTIONS=FIND,PRIMARY_Key=dfewew7e-6hs3-j2j3-de9232jh,PHONE=1818111888,STATUS=1,MODES=1,VERSION=1,CREATE_TIME=2018-11-11 1

sam文件怎么打开 (Security Accounts Manager安全帐户管理器)负责SAM数据库的控制和维护.SAM数据库位于注册表HKLM\SAM\SAM下,受到ACL保护,可以使用regedt32.exe打开注 册表编辑器并设置适当权限查看SAM中的内容. SAM数据库在磁盘上就保存在%systemroot%system32\config\目录下的sam文件中,在这个目录下还包括一个security文件,是安全数据库的内容,两者有不少关系 最近没有事情就翻翻自己的系统文件夹, 走到C

# -*- coding: cp936 -*- #python 27 #xiaodeng #python之模块py_compile用法(将py文件转换为pyc文件):二进制文件,是由py文件经过编译后,生成的文件. #办法一: import py_compile #加r前缀进行转义 py_compile.compile(r'D:\test.py')#py文件完整的路径. 办法二: #cmd命令符下操作步骤1.打开cmd,切换到 cd c:\\python34 2.运行 1)python -m p

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事