tabix 可以对NGS分析中常见格式的文件建立索引,从而加快访问速度,不仅支持VCF文件,还支持BED, GFF,SAM等格式. 下载地址: 1 https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/ 2 3 ##安装 4 wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/tabix/tabix-0.2.6.tar.bz2 5 tar xjvf tabix-0.2.6.tar.bz2

在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能,能在编程时非常灵活的处理bam和bcf文件. 以下主要介绍pysam的安装和使用方

pysam 模块介绍!!!! http://pysam.readthedocs.io/en/latest/index.html 在开发基因组相关流程或工具时,经常需要读取.处理和创建bam.vcf.bcf文件.目前已经有一些主流的处理此类格式文件的工具,如samtools.picard.vcftools.bcftools,但此类工具集成的大多是标准功能,在编程时如果直接调用的话往往显得不够灵活. 本文介绍的是一个处理基因组数据的python模块,它打包了htslib-1.3.samtools-1

最近做了一个关于基因开发的项目,要求最终输出的文件可以在专门的基因浏览器上边显示,类似统计图的东西.废话不说上图(表示表达不出来0.0)! 先说下Jbrowse这个东西吧,一句话:一个简单的,便携式依靠javascript的基因组浏览器.没用过觉得挺高大上的,难度挺高.实际上用过之后觉得也就是那回事,没多少难度,很容易上手.因为我是在虚拟机上边访问,用的是linux系统,所以这里我以linux为版本简述一遍: 1.安装 与其说是安装我还是觉得下载比较好.为什么?实际上也就是下载一个文件,文件夹里

做群体变异检测后,通常会有提取子集的操作,之前没有发现bcftools有这个功能,都是自己写脚本操作,数据量一上来,速度真的是让人无语凝噎.这里记录下提取子vcf文件的用法,软件版本:bcftools-1.5 一.根据个体提取子集 根据样品名提取vcf文件,准备要保留的个体名文件 keep.list,一行一个个体(参考第三步). 无痛处理,速度超快,命令如下: 1 bcftools view -S keep.list test.vcf >sub_indv.vcf 二.根据染色体位置提取子集 注意

最近一直在处理samtools freebayes gatk 产生的snp数据, 结果文件都是vcf,于是自己就写了相应的类,但是总是不够完善. 海宝推荐这个模块,他都推荐了 我还抱着我那烂代码不放干啥 之前写的就当练习类了 安装: sudo pip install pyvcf 然后报错说没有counter模块,于是: sudo pip install counter 然后就安装好了 简单实用: import vcf myvcf = vcf.Reader(open('testpyvcf', 'r

利用bcftools软件将vcf格式生成gz格式和index格式,需要用到“-Oz”和“index”命令,具体如下: /bcftools-1.8/bin/bcftools view ExAC.vcf -Oz -o ExAC.vcf.gz /bcftools-1.8/bin/bcftools index ExAC.vcf.gz

1,jbrowse 是什么东西 ? JBrowse is a genome browser with a fully dynamic AJAX interface, being developed as the eventual successor to GBrowse. It is very fast and scales well to large datasets. JBrowse is javascript-based and does almost all of its work di

通过GATK calling出来的SNP如果使用UnifiedGenotype获得的SNP文件是分sample的,但是如果使用vcftools或者ANGSD则需要Vcf文件是multi-sample的,这里就需要我们将不同samples的文件进行合并,可以通过vcftools的perl模块进行,但是这种方式对perl的要求较高,且操作比较复杂,这里我们选择使用Bcftools,操作简便. 分三步: 将vcf进行压缩,批量压缩的方法: bgzip -c -f -@ merge.vcf > merg

转:http://blog.csdn.net/gzh0222/article/details/7711281 使用java vuser实现,发送gzip压缩json格式. /* * LoadRunner Java script. (Build: _build_number_) * * Script Description: * */ import lrapi.lr; import java.io.*; import java.io.BufferedReader; import java.io.B

下载安装bcftools 见如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:输入的vcf以gz格式存在,不然会报错:Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip 如何将vcf生成gz格式,见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式 如果只想提取指定位置(specifi

1)背景 伴随着大规模的基因分型及测序工程的产生(例如1000 Genomes Project),之前的信息贮存格式例如gff文件它记录了每一个基因的详细信息,其中许多基因信息在基因组之间是共享的,而我们需要记录的仅仅是不同基因组之间变异的地方,因此这些格式会显得格外冗余.这就迫切需要一种新的格式来记录高效的记录这些变异信息.VCF(Variant Call Format)就是这样一种用来贮存基因序列变异信息的文本文件(通常是压缩格式). 2)VCF格式简介 VCF 格式文件包含有2部分:1)

 Android vcard使用示例,生成vcf文件 我们备份手机联系人时,导出到SD卡时,会在SD卡中生成一个vcf文件,用于保存联系人姓名,手机号码. vCard 规范容许公开交换个人数据交换 (Personal Data Interchange PDI)信息,在传统纸质商业名片可找到这些信息.规范定义电子名片(或叫vCard)的格式. 而在Android上使用vcard就要借助第三方包: 将它复制进工程,然后Add jar即可,实现代码很简单,如下: if (Environment.get

bgzip – Block compression/decompression utility tabix – Generic indexer for TAB-delimited genome position files SAMtools and BCFtools are distributed as individual packages. The code uses HTSlib internally, but these source packages contain their own

浏览器控制台看一下RequestHeader有一个Accept-Encoding,而RespondHeaders中也会有一个Content-Encoding和他进行对应. Accept-Encoding当我们的浏览器发起一个文件的请求时告诉服务器支持哪几种压缩方式,也就是服务器用这几种压缩方式浏览器都能解压,当服务器接收到请求后,知道浏览器支持的压缩方式,服务器就会自动识别其中一种进行压缩并且告诉浏览器自己用了哪个方式压缩,浏览器知道后就知道用哪种对应方式解压了 根据拓展名限制一下支持的几钟压缩

Blog:<NodeJS模块研究 - zlib> Github:https://github.com/dongyuanxin/blog nodejs 的 zlib 模块提供了资源压缩功能.例如在 http 传输过程中常用的 gzip,能大幅度减少网络传输流量,提高速度.本文将从下面几个方面介绍 zlib 模块和相关知识点: 文件压缩 / 解压 HTTP 中的压缩/解压 压缩算法:RLE 压缩算法:哈夫曼树 文件的压缩/解压 以 gzip 压缩为例,压缩代码如下: const zlib = re

一. zip压缩工具 可以用来压缩文件和目录,压缩目录是需要指定目录下的文件. [root@davery tmp]# cp 1.txt davery/[root@davery tmp]# du -sh davery/4.0K davery/[root@davery tmp]# yum inistall -y zip已加载插件:fastestmirror没有该命令:inistall.请使用 /usr/bin/yum --help[root@davery tmp]# yum install -y z

1.常用的压缩格式 tar tar.bz2 tar.gz 2.gzip压缩 gzip xxx //压缩 gzip -d xxx.gz //解压缩 gzip对文件夹的压缩 gzip -r xxx //文件夹压缩 gzip -rd xxx.gz //文件夹解压缩 gzip虽然可以对文件夹压缩,但是并不能提供打包的服务,只是对文件夹中所有的文件进行单独的压缩 3.bzip2压缩工具 和gzip类似,这个工具负责压缩和解压缩bz2格式的压缩包 bzip2 -z xxx //压缩 bzip2 =d xxx

前言 今天给大家介绍一下在 ASP.NET Core 日常开发中用的比较多的两个中间件,它们都是出自于微软的 ASP.NET 团队,他们分别是 Microsoft.AspNetCore.ResponseCompression 和 Microsoft.AspNetCore.ResponseCaching , 下面让我们一起看看的功能以及如何去使用吧. Getting Started Microsoft.AspNetCore.ResponseCompression Microsoft.AspNetC

目录: 前序 效果图 简介 全部代码 前序: 接触 golang 不久,一直是边学边做,边总结,深深感到这门语言的魅力,等下要跟大家分享是最近项目 服务端 用到的图片压缩程序,我单独分离了出来,做成了 exe 程序,可以在 Window 下运行.也可以放到 Linux 环境下编译运行,golang 是一种静态.跨平台的语言. 效果图 - 压缩前 压缩后 开始main: showTips 做了一些有好提示的文字输出,execute 是核心,压缩函数的调用也在里面 func main() { sho