miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1.根据本物种已有的miRNA序列进行比对, 已知当miRNA序列从 miRBase或者 sRNAanno得到 (应该将clean reads比对到所研究物种到tRNA, rRNA, snoRNA,mRNA等数据,允许一个错配,将比对上等reads过

Bowtie和Bowtie2使用 [怪毛匠子整理] Source URL: http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112837-1.html Bowtie和Bowtie2使用 碱基 序列 种子 前导链 错配 基因组 末端 标题: Bowtie和Bowtie2使用 摘要: [Bowtie和Bowtie2使用]bowtie 比对http: bowtie-bio sourceforge net index shtmlhttp: www ncrna net bowti

bowtie:短序列比对的新工具(转) (2014-11-17 22:15:24) 转载▼ 标签: 转载   原文地址:bowtie:短序列比对的新工具(转)作者:玉琪星兆 Bowtie是一个超级快速的,较为节省内存的短序列拼接至模板基因组的工具.它在拼接35碱基长度的序列时,可以达到每小时2.5亿次的拼接速度. Bowtie并不是一个简单的拼接工具,它不同于Blast等.它适合的工作是将小序列比对至大基因组上去.它最长能读取1024个碱基的片段.换言之,bowtie非常适合下一代测序技术. 在

转载:http://blog.csdn.net/soyabean555999/article/details/62235577 一.转录组还是基因组? map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等.这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq).其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化.如果是mRNA测

生物信息学 Sanger采用链终止法进行测序 带有荧光基团的ddXTP+其他四种普通的脱氧核苷酸放入同一个培养皿中,例如带有荧光基团的ddATP+普通的脱氧核苷酸A.T.C.G放入同一个培养皿,以此类推,存在4种不同类型碱基的识别机制,同时,该ddXTP一旦结合在互补链上则会迫使复制停止. 高通量测序是二代测序,先建库后测序: 建库方法: 单末端测序:将DNA双链打碎并接上接头序列,通过改变条件使双链变单链,将待测的单链固定在flowcell上,再加入游离的脱氧核苷酸,采用边合成边测序方法比配并

灵敏度高 == 假阴性率低,即漏检率低,即有病人却没有发现出来的概率低. 用于判断:有一部分人患有一种疾病,某种检验方法可以在人群中检出多少个病人来. 特异性高 == 假阳性率低,即错把健康判定为病人的概率低. 用于:被某种试验判定为患病的人中,又有多少是真的患了这种病的. 好的检测方法:有高的灵敏度(低的假阴性率).同时又有高的特异性(低的假阳性率). ROC 曲线: 横轴:100 — 特异性..即100减去特异性,特异性高,100减去特异性就低,故越小越好. 纵轴:灵敏度值. ROC分析图的

原档:https://developer.apple.com/library/prerelease/ios/documentation/Swift/Conceptual/Swift_Programming_Language/Initialization.html#//apple_ref/doc/uid/TP40014097-CH18-ID203 参考:http://wiki.jikexueyuan.com/project/swift/chapter2/14_Initialization.html

What is TopHat? TopHat is a program that aligns RNA-Seq reads to a genome in order to identify exon-exon splice junctions. It is built on the ultrafast short read mapping program Bowtie. TopHat runs on Linux and OS X. How does TopHat find junctions?

Swift 开源项目精选-v1.0 2016-03-07 22:11 542人阅读 评论(0) 收藏 举报  分类: iOS(55)   Swift(4)    目录(?)[+]   转自 http://dev.swiftguide.cn/archive/featured-open-source-projects-in-swift_v1.0.html 目录 工具 存储 网络 图片 框架 界面 示例 应用 工具 SwiftyJSON By tangplin, lingoer : GitHub 上最

/home/liuhui/bin/trinityrnaseq_r20140413p1/util/support_scripts/get_Trinity_gene_to_trans_map.pl Trinity.fasta > Trinity.fasta_trans_map bowtie-build Trinity.fasta Trinity.fasta.bowtie rsem-prepare-reference --no-polyA --no-bowtie --transcript-to-gen

好吧,这是本周(2016.10.21-28)的学习任务之一:安装bowtie2并学习其使用方法&参数设置 所以,啃文档咯,官方文档Version 2.2.9 http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml 以下是我的整理.我不生产文档,我只是文档的搬运工么么哒- Bowtie2适合将长度50-1000bp的reads比对到长的参考序列上.Bowtie 2 indexes the genome with an FM Index (bas

Radio Basics for RFID The following is excerpted from Chapter 3: Radio Basics for UHF RFID from the Book, The RF in RFID: Passive UHF RFID in Practice by Daniel M. Dobkin. Order a copy of The RF in RFID: Passive UHF RFID in Practice before December 3

//构造过程 import UIKit /* 构造过程(Initialization): 1.构造过程是使用类.结构体或枚举类型的一个实例的准备过程.在新实例可用前必须执行这个过程,具体操作包括设置实例中每个存储型属性的初始值和执行其他必须的设置或初始化工作.通过定义构造器( Initializers )来实现构造过程,这些构造器可以看做是用来创建特定类型新实例的特殊方法 2.类和结构体在创建实例时,必须为所有存储型属性设置合适的初始值.存储型属性的值不能处于一个未知的状态.当你为存储型属性设置

Reference : 1. wikipedia The dipole antenna is the simplest and most widely used class of antenna.It consists of two identical conductive elements such as metal wires or rods, which are usually bilaterally symmetrical.Each side of the feedline to the

http://www.gene-quantification.de/liquid-biopsy.html Liquid Biopsy -- Definitions Liquid Biopsy -- reliable biomarkers Liquid Biopsy -- the role in cancer diagnostics Liquid Biopsy -- the role of Exosomes Biofluids Guidelines Liquid Biopsy Research P

subprocess 主要用于执行外部命令和程序, 极大的增强了Python的功能. 比如你要用bowtie, 你可以在python中调用这个程序. 运行python时,我们都是在创建并运行一个进程, 一个进程又可以fork, exec另一个进程,这个进程为前一个进程的子进程,在这里python是父进程, 调用bowtie的进程是子进程. 几个封装函数: 1, call() 父进程等待子进程完成, 如果没有出现错误,返回returncode 0 eg: subprocess.call('samt

初始化 初始化是一个在类.结构体或枚举的实例对象创建之前,对它进行预处理的过程,包括给那个对象的每一个存储式属性设定初始值,以及进行一些其他的准备操作. 通过定义初始化器(initializer)来实现初始化过程,它就像一种在创建该类型实例对象时会自动调用的方法.不同于OC的初始化,Swift中并不需要返回值. 类类型的实例对象还可以定义析构器(deinitializer),它在实例对象被销毁之前执行一些自定义的清理工作. 类和结构体必须在初始化时给所有的存储式属性设定合适的初始化值,在实例对象

CoreData: warning: Unable to load class named 'CoreDataSwift2_2.Bowtie' for entity 'Bowtie'. Class not found, using default NSManagedObject instead. fatal error: NSArray element failed to match the Swift Array Element type xcode 7 中遇到这种问题纠结了好久,最终解决了.

关于Core Data的一些整理(二) 创建NSManagedObject的子类时,有一点是在这中间要强调的一点是,要不要勾选 Use scalar properties for primitive data types. 勾选上这个选项之后就是使用的是你在定义的时候使用的原始数据类型. 如果没有勾选的话,就会存在类型的转化,转换情况如下: String maps to String Integer 16/32/64, Float, Double and Boolean map to NSNum

新公司已经呆了一个多月,目前着手一个数据可视化的项目,数据可视化肯定要用到图形库如D3.Highcharts.ECharts.Chart等,经决定我的这个项目用阿里旗下蚂蚁金服所开发的G2图表库. 官方地址:https://antv.alipay.com/g2/doc/index.html Github:https://github.com/antvis 2016年发布的开源库,时间虽短但库功能齐全,唯一不足的是社区太少,对于我这类菜鸟来说是件非常难过的事情,没办法硬着头皮终于找到思路--项目完

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