一.bwa比对软件的使用 1.对参考基因组构建索引 bwa index -a bwtsw hg19.fa   #  -a 参数:is[默认] or bwtsw,即bwa构建索引的两种算法,两种算法都是基于BWT的(BWT search while the CIGAR string by Smith-Waterman alignment.).-a bwtsw对于短的参考序列是不工作的,必须要大于等于10Mb:-a is 不适用于大的参考序列,必须要小于等于2G: output:hg19.fa.am

1.supplementary alignment supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功,另一部分和参考区域2比对成功,参考区域1和参考区域2没有交集(或很少),那么一条read就会产生两条sam文件, 将其中的一条sam文件作为represent alignment,而另一条作为supplementary alignment (flag为2048). 将上面的fastq文件去跑bwa,read有两条sam文件,第二条的flag值为2048:

SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就可以知道它代表的含义了. 该脚本的使用方法如下截图所示: 脚本工具的使用方法: 将下面的代码保存在记事

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转载:http://www.cnblogs.com/nkwy2012/p/6362996.html  SAM是Sequence Alignment/Map 的缩写.像bwa等软件序列比对结果都会输出这样的文件.samtools网站上有专门的文档介绍SAM文件.具体地址:http://samtools.sourceforge.net/SAM1.pdf 很多人困惑SAM文件中的第二列FLAG值是什么意思.根据文档介绍我们可以计算,但是为了方便大家,下面给大家提供一个脚本工具,大家直接输入flag值就

ST-E00211::H5L3NCCXY:::: chr14 141M = - ACTTCACCTCCTGGAGTCCTGGACTTCCCCACATCTCCCCTGCCCCTCCCACGTTTCCATAGTCCAAGGGCCAGAGTAAATGAAAATACAGCAGCCGCCCAAGCAATGGGGCCCATGCTGGGGCTTCAGTCATCCCCATGT JFJFJFJJJJJJJJJJJJJJJFAJJJJJJJJJFFJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJJ

*********************************************************************示例:全表扫描的10046文件解读*********************************************************************注:trace文件略· PARSING IN CURSOR #20 :这里的#20是游标号, 这个游标号非常重要, 后面的 FETCH .WAIT.EXECUTE.PARSE 都通过这个游标

sam文件怎么打开 (Security Accounts Manager安全帐户管理器)负责SAM数据库的控制和维护.SAM数据库位于注册表HKLM\SAM\SAM下,受到ACL保护,可以使用regedt32.exe打开注 册表编辑器并设置适当权限查看SAM中的内容. SAM数据库在磁盘上就保存在%systemroot%system32\config\目录下的sam文件中,在这个目录下还包括一个security文件,是安全数据库的内容,两者有不少关系 最近没有事情就翻翻自己的系统文件夹, 走到C

给你一个SAM文件,如何提取出登录密码? SAM文件 ① LMHASH Administrator:500:0182bd0bd4444bf867cd839bf040d93b:c22b315c040ae6e0efee3518d830362b::: Guest:501:aad3b435b51404eeaad3b435b51404ee:31d6cfe0d16ae931b73c59d7e0c089c0::: HelpAssistant:1000:132893a93031a4d2c70b0ba3fd876

Python通过调用windows命令行处理sam文件 以samtools软件为例 一.下载或者索取得到windows版本的samtools软件,解压后如下: 进入文件内部,有如下几个文件: 二.将samtools设置环境变量: 上图是设置环境变量的窗口,建议在 系统变量里更改,这样即使变更用户名,环境变量依然有效. 在cmd中输入samtools,出现samtools的命令说明,表明环境变量成功 三. 调试 通过cmd的命令行调用samtools命令: A.将sam转化为bam文件  Samt

pysam模块 因为要分析sam文件中序列的情况,因此要对reads进行细分,所以之前想用数据库将sam文件信息存储,然后用sql语句进行分类.后来发现很麻烦,pysam就是一个高效读取存储在SAM / BAM / CRAM格式文件中的映射短读序列数据信息的python模块,可以轻松地对reads进行操作. 1.安装Pysam $ pip install pysam 2.检查是否安装成功 import pysam # 注意,此步是进入python交互环境 3.读取bam文件 import pys

现在BWA大家基本上只用其mem算法了,无论是二代还是三代比对到参考基因组上,BWA应用得最多的就是在重测序方面. Aligning sequence reads, clone sequences and assembly contigs with BWA-MEM - arXiv:1303.3997v2 摘要 BWA-MEM is a new alignment algorithm for aligning sequence reads or assembly contigs against a

目录 1 关于schema.xml文件 2 解读schema.xml文件 2.1 field - 配置域 2.2 fieldType - 配置域类型 2.3 copyField - 配置复制域 2.4 dynamicField - 配置动态域 2.5 uniqueKey - 配置唯一标识 2.6 其他配置说明 3 关于schema.xml的优化 3.1 field的配置技巧 3.2 field的配置示例 1 关于schema.xml文件 Solr将数据以结构化的形式存储到文件系统中, 在存储的过

1 [root@localhost ~]# cat /etc/fstab 2 3 # 4 # /etc/fstab 5 # Created by anaconda on Sat Nov 3 12:03:31 2018 6 # 7 # Accessible filesystems, by reference, are maintained under '/dev/disk' 8 # See man pages fstab(5), findfs(8), mount(8) and/or blkid(8

在linux系统中,提供了/proc目录下文件,显示系统的软硬件信息.如果想了解系统中CPU的提供商和相关配置信息,则可以查/proc/cpuinfo.但是此文件输出项较多,不易理解.例如我们想获取,有多少颗物理CPU,每个物理cpu核心数,以及超线程是否开启等信息,下面我们就看来一步一步的去探索. 首先要明确物理CPU.核数.逻辑cpu数的概念 ①物理CPU数(physical id):主板上实际插入的cpu数量,可以数不重复的 physical id 有几个 ②CPU核心数(cpu core

maven的核心是pom.xml,POM(Project Object Model,项目对象模型)定义了项目的基本信息,用于描述如何构建,声明项目依赖.以Hello World项目为例,创建一个hello-world的文件夹,里面新建一个pom.xml文件,内容如下: <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> <project xmlns="http://maven.apache.org/POM/4.0

/*************************************************************************            Global Variables for EPANET Program                                                                                                VERSION:    2.00                 

在 VS2010 中,C++ 的工程文件已经和 2005 / 2008 有了很大的不同,而是完全采用 MSBUILD 的属性方式进行表达,并且可以让用户通过一次性的配置而对所有的属性进行自定义: 根据我的理解和实际使用中发现的一些信息,现整理成文与大家分享: 一.工程文件分为三个主要部分:初始化配置信息.默认配置信息和本地配置信息: 二.配置信息全部采用属性文件的方式进行组织,并且可以通过“导入”进行引用: 三.属性文件中可以包含工程属性.编译属性和链接属性的配置: 四.所有的配置项可以通过使用

Wizard产生的头文件类包含了必须的#include文件.构造函数.析构函数和UI对象: #include <QMainWindow> namespace Ui {class Notepad;} class Notepad : public QMainWindow { Q_OBJECT public: ); ~Notepad(); private: Ui::Notepad *ui; }; 解释如下: 行4提供了主应用窗口: 行6声明Notepad类在Ui命名空间内(Ui命名空间是由uic t

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