cellphonedb气泡图

2024-08-31

单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)

在上一篇帖子中,我介绍了CellPhoneDB的原理.实际操作,以及一些值得注意的地方.这一篇继续细胞通讯分析的可视化. 公众号后台回复20210723获取本次演示的测试数据,以及主要的可视化代码. 所有的数据和结果文件均已打包,下载后直接就能跑下面的代码画图. 下面的代码可以绘制对称热图 (如果你不清楚为啥热图要沿着对角线对称,可以看一下之前的推文) library(tidyverse) library(RColorBrewer) library(scales) pvalues=read.ta

单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)

细胞通讯分析可以给我们一些细胞类群之间相互调控/交流的信息,这种细胞之间的调控主要是通过受配体结合,传递信号来实现的.不同的分化.疾病过程,可能存在特异的细胞通讯关系,因此阐明这些通讯关系至关重要. CellPhoneDB配有详实的受配体数据库,其整合了此前的公共数据库,还会手动矫正,以得到更加准确的受配体注释.此外,针对受配体有多个亚基的情况,也进行了注释.下面这张图显示了CellPhoneDB配有的数据库包含多少种分泌蛋白和膜蛋白.蛋白质复合物.受配体关系,以及它们来源于什么数据库. 1.

[R语言画图]气泡图symbols

绘制气泡图主要使用函数symbols(x,y,circle=r).当中x.y是坐标轴,r是每一个点的半径. x<-rnorm(10) y<-rnorm(10) r<-abs(rnorm(10)) symbols(x,y,circle = r, bg=rainbow(10)) 此外,我们还能够给每一个气泡加上文字. attach(mtcars) r<-sqrt(disp/pi) symbols(wt,mpg,circle=r, inches=0.3, bg="lightbl

HighCharts之气泡图

HighCharts之气泡图 1.HighCharts之气泡图源码 bubble.html: <!DOCTYPE html> <html> <head> <meta charset="UTF-8"> <title>HighCharts 2D气泡图</title> <script type="text/javascript" src="../scripts/jquery-1.11.

HighCharts之气泡图报错

HighCharts之气泡图报错具体报错如下: uncaught exception: Highcharts error #17: www.highcharts.com/errors/17 http://dup.baidustatic.com/tpl/wh.js Line 2

Excel 2010高级应用-气泡图（八）

Excel 2010高级应用-气泡图(八) 基本操作如下: 1.新建空白文档,并命名为气泡图,找到插入中的气泡图样 2.在其他图表中找到气泡图图样 3.单击气泡图图样,生成空白气泡图框 4.在气泡图图框下方新建数据源 5.在图框上方鼠标右键,选择"选择数据(E)...",并选中数据源 6.生成气泡图

Android图表库MPAndroidChart(十)——散点图的孪生兄弟气泡图

Android图表库MPAndroidChart(十)--散点图的孪生兄弟气泡图起泡图和散点图如出一辙,但是个人认为要比散点图好看一点,我们来看下实际的演示效果这个和散点图的实现很相似,我们一起来看下一.基本实现先看下我的xml <com.github.mikephil.charting.charts.BubbleChart android:id="@+id/mBubbleChart" android:layout_width="match_parent&quo

Python使用Plotly绘图工具，绘制气泡图

今天来讲讲如何使用Python 绘图工具,Plotly来绘制气泡图. 气泡图的实现方法类似散点图的实现.修改散点图中点的大小,就变成气泡图. 实现代码如下: import plotly as py import plotly.graph_objs as go pyplt = py.offline.plot trace0 = go.Scatter( x=[1, 2, 3, 4, 5, 6, 7], y=[8, 10, 12, 14, 16, 18, 20], mode='markers', mar

echarts使用踩坑实录之气泡图

最近想做一个统计文章点击率,评论率和点赞率的功能,听说echarts可以轻易完成它,于是我就选择使用echarts,考虑到我做的模块上文章是没有分类的,所以我的统计是基于一个个点,这一看嘛,感觉散点图可以胜任.为了突出表现那篇文章点击率或点赞率多,感觉气泡图就更能胜任这么回事.于是就选择气泡图干这件事. 简单地从官网拷贝个案例,直接从后台传递需要的json数据,原以为会想直方图那样简单,结果是数据加载了,然而默认没看见意料中的气泡!!怎么回事?? 一开始我怀疑是我后台返回的数据不符合需求,于是我

Matplotlib学习---用matplotlib画散点图，气泡图（scatter plot, bubble chart）

Matplotlib里有两种画散点图的方法,一种是用ax.plot画,一种是用ax.scatter画. 一. 用ax.plot画 ax.plot(x,y,marker="o",color="black") 二. 用ax.scatter画 ax.scatter(x,y,marker="o",s=sizes,c=colors) ax.plot和ax.scatter的区别: ax.plot:各散点彼此复制,因此整个数据集中所有的点只需配置一次颜色和大小

R绘图第九篇：绘制散点图和气泡图（ggplot2）

绘制散点图(scatterplots)使用geom_point()函数,气泡图(bubblechart)也是一个散点图,只不过点的大小由一个变量(size)来控制.散点图潜在的最大问题是过度绘图:当一个位置或相邻的位置上出现有多个点,就可能把点绘制在彼此之上, 这会严重扭曲散点图的视觉外观,你可以通过使点变得透明(geom_point(alpha = 0.05))或者设置点的形状(geom_point(shape = "."))来帮助解决该问题. geom_point(mapping

数据输入——生成你需要的echart图(世界地图，气泡图)

上一篇文章介绍了:堆积柱状图.扇形图.嵌套环形图,现在来介绍一下:世界地图和气泡图 1.世界地图 http://echarts.baidu.com/examples/editor.html?c=map-world-dataRange 这个就不多做介绍了,大家看图就可以了,颜色越深表示value越大,白色表示data中没有这个国家. 2.气泡图按照这张图的意思来解释图中的1 2 3 4 5 1.[x轴数据(无需定义范围),y轴数据(无需定义范围),气泡大小,对应的国家(鼠标放上去才会显示),年份

<Android 应用之路> MPAndroidChart~BubbleChart(气泡图) and RadarChart(雷达图)

简介 MPAndroidChart是PhilJay大神给Android开发者带来的福利.MPAndroidChart是一个功能强大并且使用灵活的图表开源库,支持Android和iOS两种,这里我们暂时只关注Android版本. Wiki https://github.com/PhilJay/MPAndroidChart/wiki Javadoc https://jitpack.io/com/github/PhilJay/MPAndroidChart/v3.0.0-beta1/javadoc/ 今

Highcharts 气泡图

Highcharts 气泡图配置 chart 配置配置 chart 的 type 为 'bubble' .chart.type 描述了图表类型.默认值为 "line". chart.zoomType 属性可配置图表放大 ,通过拖动鼠标进行缩放,沿x轴或y轴进行缩放,可以设置为:'x','y','xy'. var chart = { type: 'bubble', zoomType: 'xy' }; 实例文件名:highcharts_bubble_basic.htm <htm

GapMinder气泡图:在线互动图表数据平台

GapMinder:在线互动图表数据平台是一个将国际统计数据转换成活动的.交互的和有趣的图表,以在线统计数据为基础的互动图表集的完美世界.目的是通过增进对可以自由访问的公共统计数据的使用和理解,以促进以事实为基础的世界观察. Gapminder是由一家瑞典的非营利组织开发而成,2007年三月Google买下该单位统计数据分析软体Trendalyzer,并将相关程式设计人员纳入Google大家庭. Trendalyzer为一基于网页(Web-based)之互动式统计数据浏览界面.一般预估,若该软体

数据可视化基础专题（十二）：Matplotlib 基础（四）常用图表（二）气泡图、堆叠图、雷达图、饼图、

1 气泡图气泡图和上面的散点图非常类似,只是点的大小不一样,而且是通过参数 s 来进行控制的,多的不说,还是看个示例: 例子一: import matplotlib.pyplot as plt import numpy as np # 处理中文乱码 plt.rcParams['font.sans-serif']=['SimHei'] x_data = np.array([2011,2012,2013,2014,2015,2016,2017]) y_data = np.array([58000,

数据可视化实例（五）：气泡图（matplotlib，pandas）

https://datawhalechina.github.io/pms50/#/chapter2/chapter2 关联 (Correlation) 关联图表用于可视化2个或更多变量之间的关系. 也就是说,一个变量如何相对于另一个变化. 带边界的气泡图有时,您希望在边界内显示一组点以强调其重要性. 在这个例子中,你从数据框中获取记录,并用下面代码中描述的 encircle() 来使边界显示出来. 导入所需要的库 # 导入numpy库 import numpy as np # 导入pandas

Pathway富集分析气泡图

data.tsv > pathway = read.table("data.tsv",header = T, sep="\t") > library(ggplot2) > p = ggplot(pathway,aes(Pvalue,Pathway)) > p=p + geom_point() > p=p + geom_point(aes(size=Count)) > pbubble = p+ geom_point(aes(size

📈📈📈📈📈iOS 图表框架 AAChartKit ---强大的高颜值数据可视化图表框架,支持柱状图、条形图、折线图、曲线图、折线填充图、曲线填充图、气泡图、扇形图、环形图、散点图、雷达图、混合图

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Python数据可视化之Excel气泡图

最终实现的效果如图: 很多人学习python,不知道从何学起.很多人学习python,掌握了基本语法过后,不知道在哪里寻找案例上手.很多已经做案例的人,却不知道如何去学习更加高深的知识.那么针对这三类人,我给大家提供一个好的学习平台,免费领取视频教程,电子书籍,以及课程的源代码!QQ群:101677771 主要的步骤如下:1.从.xlsx文件中读出制图所需要的的数据2.使用matplotlib库绘图并保存完整代码如下: # -*- coding: utf-8 -*- """

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