本节课程,需要完成扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 先看一下扩增子分析的整体流程,从下向上逐层分析 分析前准备 # 进入工作目录 cd example_PE250 上一节回顾:我们拿到了双端数据,进行了质控.并对实验设计进行了填写和检查.最后将双端数据合并为单个文件进行下游分析.   接下来我们将序列末端的barcode标签切下来,因为它们是人为添加的,不属于实验对象:再根据标签序列与实验设计文件比对,对每条序列属于哪个样品进行分类:最后我们切除掉扩增使用的引物,因为它们是人工合成的

生物信息学 染色体可以据染色图谱判断染色体号码,1-22号染色体依次变短,它们影响机体发育,23号染色体决定性别.肿瘤是由于遗传密码变异造成的.因此,遗传密码的解读非常重要,但是因为遗传密码长度非常长,所以虽然已经全部测出来,但是破译它们依然存在很多难题. 生物信息学是一个学科领域,它的研究对象基因组,所以最初下定义是基因组信息学,主要内容是获取处理.存储.分配.分析和解释生物数据,即对生物信息的获取管理和信息挖掘. 破译具体而言是序列分析,对于编码序列看编码何种蛋白质,而对于非编码序列看起到何

外显子测序时带有adapt接头,因此我们需要去除adapt接头,cutadapt的作用是去除adapt接头,一般用到如下命令: cutadapt -a AACCGGTT -o output.fastq input.fastq "-a"参数表明后面跟着的"AACCGGTT"是我们想要去除的adapt接头,如果你的外显子接头为其他序列,请将"AACCGGTT"改为你想去除的adapt接头: "-o"参数后面跟着的是输出文件&quo

trim.seqs 有以下几个主要应用: 1)根据barcode 拆分序列: 2)去除PCR引物 3) 去除低质量序列 trim.seqs 在使用时必须输入一个fasta 格式的序列,然后在加至少一个的选项:其选项有很多,下面一一介绍: 1)oligos: 从字面意义看是寡聚核苷酸, 这里是指barcode 和 PCR 引物的序列,这个选项对应的是一个文件,文件内容如下: forward CATGCTGCCTCCCGTAGGAGT #reverse TCAGAGTTTGATCCTGGCTCAG

cutadapt 是一款质量过滤的软件, 它可以删除adapter, primer. polyA尾等序列:也可以用来去除低质量序列 源代码: https://github.com/marcelm/cutadapt/ 官方文档:http://cutadapt.readthedocs.org/en/stable/ 安装:           git clone https://github.com/marcelm/cutadapt/           cd cutadapt           p

cutadapt 参考:用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头 fastqc可以用于检测,检测出来了怎么办? 看了几篇高水平文章,有不少再用cutadapt,虽然有时候数据真的不错,但是还是要质控一下,修剪一下. cutadapt -a ADAPTER_FWD -A ADAPTER_REV -o out.1.fastq -p out.2.fastq reads.1.fastq reads.2.fastq 待续~

说起去除字符串首尾空格大家肯定第一个想到trim()函数,不过在sqlserver中是没有这个函数的,却而代之的是ltrim()和rtrim()两个函数.看到名字所有人都 知道做什么用的了,ltrim()去除字符串左边的空格,rtrim()去除字符串右边的空格,要去除首尾空格同时使用这个两个函数就好了. 测试: select ltrim(' test ') --去除左边的空格 select rtrim(' test ') --去除右边的空格 select ltrim(rtrim(' test '

1.序列化注意事项 (1).Net 序列化是基于对象的.所以只有实例字段呗序列化.静态字段不在序列化之中. (2)枚举永远是可序列化的. 2.XML序列化时去除默认命名空间xmlns:xsd和xmlns:xsi #region 序列化 /// <summary> /// 序列化 /// </summary> /// <param name="type">类型</param> /// <param name="obj&quo

很多时候数据库表中某些字段是由中文和字母或数字组成,但有时我们又需要将字段中的中文去掉.想要实现这种需求的方法有很多,下面就是其中一种解决方法. 首先我们先建立测试数据 create table test( id int primary key identity(1,1), name varchar(20) not null ) insert into test(name) values('测试2') insert into test(name) values('测试a') insert int

取消chrome浏览器下input和textarea的默认样式: outline:none;/*清空chrome中input的外边框*/ html5默认input内容清除“×”按钮去除办法: input::-ms-clear { display: none; }

/* #region 去除标题栏ICON [DllImport("user32.dll")] static extern int GetWindowLong(IntPtr hwnd, int index); [DllImport("user32.dll")] static extern int SetWindowLong(IntPtr hwnd, int index, int newStyle); [DllImport("user32.dll")

Given a sorted array, remove the duplicates in place such that each element appear only once and return the new length. Do not allocate extra space for another array, you must do this in place with constant memory. For example,Given input array A = [

function trims(str){ return str.replace(/[ ]/g,""); //去除字符串中间的空格 }

首先确认一点,魅族Smartbar的推出,是敢于创新,大胆向前的做法.在软件兼容的情况下,Smartbar确实提高单手操作的便利,而且和flymeOS整体性融合度比较好. 但是,往往事与愿违,现实中众多的App还没有按照Android 4.0的标准去适配开发(有兴趣的童鞋可以看看http://pan.baidu.com/s/1oVx7d),从而导致了Smartbar不兼容的情况,出现传说中的双底栏. 如图不兼容(底栏处): 兼容的情况下还是挺好看的 这双底栏看着,确实挺蛋疼的.何况这微信整天用.

// 去除html的 标签 String str = "  2016-09-02"; if (str.indexOf("\u00A0") != -1) { str= str.replaceAll("\u00A0", "");} System.err.println(str); 成功删掉,好烦啊 增加一个方法: /** * java去除字符串中的空格.回车.换行符.制表符 * @param str * @return */ pu

主要尝试了3种列表去除重复元素 #2.去除列表中的重复元素 #set方法 def removeDuplicates_set(nums): l2 = list(set(l1)) #用l1的顺序排序l2 #l2.sort(key=l1.index) return l2 #重构字典方法 def removeDuplicates_dict_fromkeys(nums): l2 = {}.fromkeys(nums).keys() return list(l2) #列表推到式,普通方法 def remov

#!/bin/bash if [ -f str.txt ] ## 如果str.txt存在,则返回true then strval=$(cat str.txt|awk '{printf "%s",$1}'|sed 's/ //g') ## 使用awk去除换行,使用sed去除空格 if [ "" == "$strval" ] ## 判断文件是否为空 then echo "empty" elif [ "all"

一些朋友不喜欢Windows系统中快捷方式图标上面的小箭头,下面介绍如何修改注册表去除快捷方式图标上的小箭头. 1.开始->运行->输入regedit,启动注册表编辑器,然后; 2.依次展开如下分支:“HKEY_CLASSES_ROOT\lnkfile“,删除“lnkfile”子项中的“IsShortcut”字符串值项: “IsShortcut”值项用来控制是否显示普通应用程序和数据文件快捷方式中小箭头的 3.再依次展开如下分支:“HKEY_CLASSES_ROOT\piffile”,删除“p

JS中去掉空格 //去除空格  String.prototype.Trim = function() {      return this.replace(/\s+/g, "");  }        //去除换行  function ClearBr(key) {      key = key.replace(/<\/?.+?>/g,"");      key = key.replace(/[\r\n]/g, "");      re

首先,我们定义一个Student类来测试. public class Student { public int ID { get; set; } public string Name { get; set; } public int Age { get; set; } } List<Student> data = new List<Student> { ,Name=}, ,Name=}, ,Name=}, ,Name=}, ,Name=}, ,Name=} }; 在这样一个数据中.