consensus sequence:称为一致序列.一些遗传元件(如启动子)中反复出现且很少有改变的DNA序列.不同种生物编码同一种蛋白质的基因也会有共有序列.通过序列比较发现相似但不一定完全相同的核苷酸序列或氨基酸序列. consensus 的意思很多,接下来还会总结.

UVA 11636 Hello World 二的幂答案就是二进制长度减1,不是二的幂答案就是是二进制长度. #include<cstdio> int main() { ; ){ ; ) r++; printf("Case %d: %d\n",++kas,r); } ; } LA 3602 DNA Consensus String 贪心构造,每一位上选出现次数最多的. #include<bits/stdc++.h> using namespace std; ,ma

<tex2html_verbatim_mark> Figure 1. DNA (Deoxyribonucleic Acid) is the molecule which contains the genetic instructions. It consists of four different nucleotides, namely Adenine, Thymine, Guanine, and Cytosine as shown in Figure 1. If we represent a

题目(中英对照): DNA (Deoxyribonucleic Acid) is the molecule which contains the genetic instructions. It consists of four different nucleotides, namely Adenine, Thymine, Guanine, and Cytosine as shown in Figure 1. If we represent a nucleotide by its initial

DNA (Deoxyribonucleic Acid) is the molecule which contains the genetic instructions. It consists of four different nucleotides, namely Adenine, Thymine, Guanine, and Cytosine as shown in Figure 1. If we represent a nucleotide by its initial character

这道题挺简单的,刚开始理解错误,以为是从已有的字符串里面求最短的距离,后面才发现是求一个到所有字符串最小距离的字符串,因为这样的字符串可能有多个,所以最后取最小字典序的字符串. 我的思路就是求每一列每个基因A.C.G.T的数量,找到最大值,最大值可能不止一个,但是锁定字典序最小的那个为所求字符串当前列的值,求解实例如下所示 TATGATACTAAGCTACAAAGATCCTGAGATACTAAGATGT 对于上述字符串,第一列A,C,G,T的值分别为1,0,0,4,可见最大值为4,说明当前列到每

https://vjudge.net/problem/UVALive-3602 题意: 给定m个长度均为n的DNA序列,求一个DNA序列,使得它到所有的DNA序列的汉明距离最短,若有多个解则输出字典序最小的解. ps:汉明距离指的是两个等长字符串中字符不同的位置的个数. 思路: 贪心原则,记录每一个位置上哪个字母出现的次数最多,如果有相同的就取字典序最小的那个,然后放进答案就可以了. 代码: #include <iostream> #include <string> #includ

题意:给定m个长度为n的DNA序列,求一个最短的DNA序列,使得总Hamming距离最小. Hamming距离等于字符不同的位置个数. 析:看到这个题,我的第一感觉是算时间复杂度,好小,没事,完全可以暴力,只要对每个串的同一个位置, 都选出现最多的,如果有一样的选ASIIC码小的(因为要求字典序小).然后记录最字符和Hamming距离即可. 代码如下: #include <iostream> #include <cstdio> #include <algorithm>

原题地址:https://icpcarchive.ecs.baylor.edu/index.php?option=com_onlinejudge&Itemid=8&page=show_problem&problem=1603 题目大意: 给定m个长度均为n的DNA序列,使其(那个啥序列来着,噢)Hamming,(好吧,这单词我复制的T T)序列尽量短,Hamming指的是字符不同位置的个数.(For example, assume we are given the two stri

最近审题老是一错再错,Orz 题目中说求一个Hamming值总和最小的字符串,而不是从所给字符中找一个最小的 这样的话,我们逐列处理,所求字符串当前位置的字符应该是该列中出现次数最多其次ASCII值最小的 代码有点挫了,if语句太多了 //#define LOCAL #include <iostream> #include <cstdio> #include <cstring> using namespace std; ][], ans[]; ]; int main(v

#include <stdio.h>#include <string.h> int main(){    int a[4][1000]; // A/C/G/T在每列中出现的次数    char c, x;    char bas[4] = { 'A', 'C', 'G', 'T' };    int T, m, n, i, j, k, dist;    scanf("%d", &T);    while (T--)    {        scanf(&

https://cn.vjudge.net/problem/UVA-1368 二维的hamming距离算法: For binary strings a and b the Hamming distance is equal to the number of ones (population count) in a XOR b. int hamming_distance(unsigned x, unsigned y) { ; unsigned val = x ^ y; // Count the n

题目 https://icpcarchive.ecs.baylor.edu/index.php?option=com_onlinejudge&Itemid=8&page=show_problem&problem=1603 题意 问使m个n长碱基序列汉明码最小的序列 思路 明显,取最频繁的 代码 #include <algorithm> #include <cassert> #include <cmath> #include <cstdio&

题目描述:算法竞赛入门经典习题3-7 题目思路:每列出现最多的距离即最短 #include <stdio.h> #include <string.h> int main(int argc, char *argv[]) { int m,n ; scanf("%d%d",&m,&n) ; ][n+] ; ;i<m;i++) scanf("%s",&c[i]) ; //for(int i=0;i<m;i++) /

题目: 链接 题意: 题目虽然比较长,但读完之后题目的思路还是比较容易想出来的. 给出m个长度为n的字符串(只包含‘A’.‘T’.‘G’.‘C’),我们的任务是得出一个字符串,要求这个字符串与给出的m个字符串的汉明距离的和最小,输出这个字符串和最小的汉明距离和. 如果有多个符合题意的字符串,就输出字典序最小的那个字符串. 思路: 1.首先给出汉明距离的定义: 汉明距离表示相同长度的字对应位不同的数量. 例如: 10100和11000的汉明距离就是2. 2.对m个字符串的每一位分别统计‘A’.‘T

[链接] 我是链接,点我呀:) [题意] 在这里输入题意 [题解] 枚举每一位字母是什么. 从小到大枚举. 然后计算每一位的总贡献是多少. 取最小的那个输出. [代码] #include <bits/stdc++.h> using namespace std; const int M = 50; const int N = 1e3; const char b[] = {'A','C','G','T'}; int T,n,m; char s[M+10][N+100]; int main(){ #

题目链接:https://vjudge.net/problem/UVA-1368 题意:给出一组字符串,求出一组串,使与其他不同的点的和最小 题解:这个题就是一个点一个点求,利用桶排序,求出最多点数目的集合,如果点数相同,则按字母序最小的点为准 ac代码 #include<iostream>#include<cstdio>#include<cstring>using namespace std;char ch[60][1100],ans[1100];int main()

原文:http://homepages.ulb.ac.be/~dgonze/TEACHING/bioinfo_glossary.html Affine gap costs: A scoring system for gaps within alignments that charges a penalty for the existence of a gap and an additional per-residue penalty proportional to the gaps length

三代纠错的重要性不言而喻,三代的核心优势就是长,唯一的缺点就是错误率高,但好就好在错误是随机分布的,可以通过算法解决,这也就是为什么现在有这么多针对三代开发的纠错工具. 纠错和组装是分不开的,纠错就是为了组装,单纯的为了纠错而纠错是没有意义的. 目前的算法大致可以分为三种:1.三代数据自纠:2.二代对三代纠:3.二代三代混合纠错. 目前已有的三代纠错程序: PacBioToCA 自纠(falcon也是用MHAP,SMRT的HGAP使用的是另一种速度慢的自纠算法,自纠的核心是多重序列比对) CCS

Chapter2 WHICH DNA PATTERNS PLAY THE ROLE OF MOLECULAR CLOCKS 寻找模序 一. 转录因子会结合基因上游的特定序列,调控基因的转录表达,但是在不同个体中,这个序列会有一些差别.本章讲述用贪婪.随机算法来寻找这个序列:寻找模序. 二.一些概念: 1. Score.Profile 的含义如图 根据profile matrix 可以计算出某个kmer在某一profile下的概率 三. 提出问题:Motif Finding Problem: Gi