最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载.但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包,不知道是网络问题还是怎么,GEOquery有时候运行也不太稳定,但是总体来说,很好地解决了我的问题. 首先假设我们想要下载的数据是GSE77445,这是一批DNA甲基化数据,我们可以在R语言中安装GEOquery之后,载入R包,然后直接输入: Data <- getGEO("GSE77445"

  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接,网上查发现都是老的方法,NCBI页面已经变更,于是看了NCBI的help,并且记录下来新版的sra数据下载方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit.另外咨询师兄,总结得到新的wget下载的方法. 方法1 NCBI告知的方法(中断不能继续下载) 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software:点击software,选择需要的sra t

从NCBI下载数据本来是一件很简单的事情,但是今天碰到几个坑: 1.paper里没有提供SRA数据号.也没有提供路径: 2.不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下载 所以通过在NCBI官网,直接在SRA搜索栏里: 输入paper的title关键词NIFTY BGI 搜索结果: 选一个文件点击进去 进去之后,再点击SRP 然后: 出现如下内容: 然后选择所有SRR文件: 下载Accession list之后得到文件列表: SRR354208 SRR357358 SRR357397 SRR3

目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题.即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错. CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsi 尝试了很多方法:换源,删除.co

sratoolkit.2.6.2-centos_linux64/bin/prefetch  下载SRA文件 fastq-dump    --split-3    SRR2923014.sra    转成fq文件

要实现网络数据的下载与上传,主要有三种方式 > NSURLConnection  针对少量数据,使用“GET”或“POST”方法从服务器获取数据,使用“POST”方法向服务器传输数据; > NSURLSession(ios7.0新推出的) 针对大量数据,可使用“GET”方法实现线程安全的多线程下载,监控下载进度等,也可以使用“PUT”方法实现上传[put 方法存在严重的安全隐患,目前很少有服务器支持此种上传方式]; > AFNetWorking(2.0之前的版本) 对NSURLConne

NSURLSession加载数据.下载.上传文件   NSURLSession类支持三种类型的任务:加载数据.下载和上传.下面通过样例分别进行介绍.   1,使用Data Task加载数据 使用全局的sharedSession()和dataTaskWithRequest方法创建. func sessionLoadData(){ //创建NSURL对象 let urlString:String="http://hangge.com" var url:NSURL! = NSURL(stri

NSURLSession类支持三种类型的任务:加载数据.下载和上传.下面通过样例分别进行介绍. 1,使用Data Task加载数据 使用全局的sharedSession()和dataTaskWithRequest方法创建. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 func sessionLoadData(){     //创建NSURL对象     let urlString:String="http://hangg

由于经常需要涉及到TCGA数据的分析,我简单的整理了一下数据批量下载的文件后缀. cancer_name <- "SKCM" output_path <- paste0("/home/wang/Documents/课题/data/zip/", cancer_name) system(paste0("mkdir ", output_path)) axel_string <- paste0("axel -n 30 -o &

Android中使用HttpURLConnection实现GET POST JSON数据与下载图片 Android6.0中把Apache HTTP Client全部的包与类都标记为deprecated不再建议使用 全部跟HTTP相关的数据请求与提交操作都通过HttpURLConnection类实现,现实是 非常多Android开发人员一直都Apache HTTP Client来做andoirdclient与后台HTTP接口数 据交互,本人刚刚用HttpURLConnection做了一个andro

Elasticsearch简介 什么是 Elasticsearch? Elasticsearch 是一个开源的分布式 RESTful搜索和分析引擎,能够解决越来越多不同的应用场景. 本文内容 本文主要是介绍了ES GEO数据写入和空间检索,ES版本为7.3.1 数据准备 Qgis使用渔网工具,对范围进行切割,得到网格的Geojson 新建索引设置映射 def set_mapping(es,index_name="content_engine",doc_type_name="e

故障显示: 一些软件包的数据文件无法下载 以下软件包要求安装后下载附加数据,但其数据无法下载或无法处理. ttf-mscorefonts-installer 这是一个永久错误,系统中的这些软件包将无法使用.您可能需要修复网络连接,然后卸载并重新安装它们. 解决方法: 到这个地址下载 http://sourceforge.net/projects/corefonts/files/the fonts/final/    下面的这些文件都下载到一个单独的目录, 注意新建一个,例如:/home/<use

问题描述:Nltk下载数据包,安装频繁报错. import nltk nltk.download() 运行上面的代码,下载nltk的数据包.但是在下载过程中因为各种问题导致网络传输失败,下载不成功. 解决方法:先下载nltk的数据包,安装到上面的目录,点击refresh,即可. 数据包下载地址: 链接:https://pan.baidu.com/s/1T-YV1bjjNO0Fty_8uyP8cw 提取码:f709

BIMFACE二次开发系列目录     [已更新最新开发文章,点击查看详细] 在前一篇博客<C#开发BIMFACE系列45 服务端API之创建离线数据包>中通过调用接口成功的创建一个离线数据包 离线数据包是存储在BIMFACE公有云服务器上的,所以使用之前需要将其下载到本地.本文将介绍通过接口下载离线数据包的操作过程. 获取离线数据包下载地址 调用接口的实现代码 1 /// <summary> 2 /// 获取数据包下载地址 3 /// </summary> 4 ///

很多时候我们需要从GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载RNA-seq数据,一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381). 这里你会看到数据的总览: GSM2268339 1772067089_A01 GSM2268340 1772067089_A02 GSM2268341 1772067089_A03 -- Supplementary

1)介绍 我们用SRAdb library来对SRA数据进行处理. SRAdb 可以更方便更快的接入  metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通过 NCBI SRA数据库中的metadata信息 作用. 首先dbConnect ()接入 R system 中的local database systems, 所有的搜索就在本地文件的基础上进行.the queries we

1.注册一个NCBI账户 注册geo账户(老用户和新用户): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 有3个月的时间 GEO DataSets >> GEO Home >> Login to Submit  >> Recover Account (老用户) 或者 Contact Information (新用户) 2.GEOarchive has three required components:(准备文件) 1)a m

关键词: 省市区三级, 乡镇四级, 全国, 行政区划, 坐标边界, 矢量数据, 地理围栏, 免费下载, 2018 2019 2020 2021 2022年份, 最新数据, 长期更新, 开源维护, 支持SHP GeoJSON SQL格式, 支持导入数据库 全国省市区三级坐标边界数据 数据大小:13MB+压缩包 解压后130M+ 数据来源:高德开放平台 文件格式:csv通用纯文本格式 (可转换成shp.geojson.sql.导入数据库) 文件名:ok_geo.csv.7z 坐标系:默认GCJ-02

一.下载到本地 yum install lrzsz sz filename  下载 rz filename  上传   linux下导入.导出mysql数据库命令 一.导出数据库用mysqldump命令(注意mysql的安装路径,即此命令的路径): 1.导出数据和表结构: mysqldump -u用户名 -p密码 数据库名 > 数据库名.sql #/usr/local/mysql/bin/   mysqldump -uroot -p abc > abc.sql 敲回车后会提示输入密码 2.只导

String code_url = "https://ic.snssdk.com/user/mobile/send_code/v2/"; HttpUtils httpUtils = new HttpUtils(); //网址 RequestParams params = new RequestParams(); params.addBodyParameter("type", "1");// 必填 params.addBodyParameter(&