当我们进行群体遗传分析时,得到vcf后,可利用plink进行主成分(PCA)分析: 一.软件安装 1 conda install plink 二.使用流程 第一步:将vcf转换为plink格式 1 plink --vcf F_M_trans.recode.vcf.gz --recode --out testacc --const-fid --allow-extra-chr 2 3 4 # --vcf vcf 或者vcf.gz 5 # --recode 输出格式 6 # --out 输入前缀 7

重测序便宜了,群体的测序和分析也多了起来.群体结构分析,是重测序最常见的分析内容.群体结构分析应用十分广泛,首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容,其次在进行GWAS分析的时候,本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量,来校正群体结构对关联分析带来的假阳性.我们之所以冠以 "群体结构三剑客"的称呼,那是因为这三张图(或者说三项分析)几乎总是在一篇文章中一起出现.虽然这三张图常常一起出现,但它们能够解释的生物学问题,以及绘制的方法都是有所不同的,所以我们还是

MySQL Workbench 是一款专为MySQL设计的ER/数据库建模工具.你可以用MySQL Workbench设计和创建新的数据库图示,建立数据库文档,以及进行复杂的MySQL 迁移.这里介绍使用MySQL Workbench画E-R图. 方法/步骤 在开始菜单里找到软件,点击打开

用rose画UML图(用例图,活动图) 首先,安装rose2003,电脑从win8升到win10以后,发现win10并不支持rose2003的安装,换了rose2007以后,发现也不可以. 解决途径:在虚拟机中安装(我装的是win xp的系统,安装的是rose2003). 如果需要安装包,可以联系我.此外,还有Visio2013的安装包等.都有用过,不过还是觉得rose最好用了. 然后开始贴图吧!毕设做的电商购物系统的UML设计图.   用例图: 1.用户用例模型 2.系统管理员用例模型 3.订

最近在用python中的matplotlib画折线图,遇到了坐标轴 "数字+刻度" 混合显示.标题中文显示.批量处理等诸多问题.通过学习解决了,来记录下.如有错误或不足之处,望请指正. 一.最简单的基本框架如下:已知x,y,画出折线图并保存.此时x和y均为数字. # -*- coding: utf-8 -*- import matplotlib.pyplot as plt #引入matplotlib的pyplot子库,用于画简单的2D图 import random x= range(0

相机拍的图,电脑上画的图,word里的文字,电脑屏幕,手机屏幕,相机屏幕显示大小一切的一切都搞明白了! 先说图片X×dpi=点数dotX是图片实际尺寸,简单点,我们只算图片的高吧,比如说拍了张图片144×144 72dpi,那么它的实际高就是144÷72=2吋dpi是每吋点数,在相机拍出一张图片之后它的dpi就确定了(右键属性摘要里就能看),比如最常见的72dpi,还说上面提到的144×144 72dpi的图片,72dpi的意思是说如果也按照72dpi打印图片的话打印出来还是高2吋(X)的可是我

虽然最后做成PPT里的图表会被要求用EXCEL画,但当我们只是在分析的过程中,想看看数据的走势,直接在SAS里画会比EXCEL画便捷的多. 修改起来也会更加的简单,,不用不断的修改程序然后刷新EXCEL里的透视表,,甚至有时还是需要重新插入图表等等麻烦的操作. 以下将介绍折线图(PROC GPLOT的用法): 先看代码: AXIS1 ORDER=(1990 TO 2012 BY 5) MINOR=(NUMBER=1);AXIS2 ORDER=(13000 TO 20000 BY 1000) MI

想要的效果 如上是silverlight版本.原理是设定一个调色板,为256的渐变色(存在一个png文件中,宽度为256,高度为1),然后针对要处理的距离矩阵图形,取图片中每个像素的Alpha值作为索引,对应到调色板的颜色.每个像素处理之后,则形成上面的热度图.该图主要表达了一个数据分布的密度. 网络上有一个Gildor.HeatmapDemos工程,我主要参考了SL版本.要注意elipseRadius,如果过小,即每个圆彼此不相交,则看不到热度效果,所以代码设置初始值为100.(上图的数值初始

在线画时序图的网站:https://www.websequencediagrams.com/ 该网站提供拖拉图形和编写脚本代码2个方式来制作时序图,同时提供多种显示风格. 实例: 1.脚本代码: title Automated test data generation tool parallel {     user->+tool: Open program     tool-->-user: Return login interface     user->+tool: Log in

总结2015搭建日志,监控,ci,前端路由,数据平台,画的图与界面 - hugo - ITeye技术网站 极分享:高质分享+专业互助=没有难做的软件+没有不得已的加班 极分享:高质分享+专业互助=没有难做的软件+没有不得已的加班

近期为发小论文一直在研究作业调度问题,好不easy把数据搞出来了,结果又被画甘特图给难住了,查了各种资料.anygantt,highchart.Jfree chart等都试了,效果都不咋好.无意中留意到网上实用matlab画甘特图的,自己改动了一下.感觉画出的图还能够.感觉还是matlab好用啊.代码简单,函数库强大.废话少说直接上代码. %fileName:mt06_final.mt06 %fileDescription:create a gatt chart whith the data g

甘特图小伙伴们都非常的熟悉,首先小编简单的向各位小伙伴介绍一下什么是甘特图,甘特图内在思想简单,即以图示的方式通过活动列表和时间刻度形象地表示出任何特定项目的活动顺序与持续时间.基本是一条线条图,横轴表示时间,纵轴表示活动(项目),线条表示在整个期间上计划和实际的活动完成情况.它直观地表明任务计划在什么时候进行,及实际进展与计划要求的对比.管理者由此可便利地弄清一项任务(项目)还剩下哪些工作要做,并可评估工作进度. 还记得在软考的时候,甘特图经常和PERT图放在一起,考察我们,既然提到了PERT

雷达图常用于对多项指标的全面分析.例如:HR想要比较两个应聘者的综合素质,用雷达图分别画出来,就可以进行直观的比较. 用Matplotlib画雷达图需要使用极坐标体系,可点击此链接,查看对极坐标体系的介绍:https://www.cnblogs.com/kallan/p/6738577.html. 下面,我们从五个方面(编程能力,沟通技能,专业知识,团队协作,工具掌握)来对路人甲和路人乙进行比较. 代码如下: import numpy as np from matplotlib import p

这里利用Jake Vanderplas所著的<Python数据科学手册>一书中的数据,学习画图. 数据地址:https://raw.githubusercontent.com/jakevdp/data-CDCbirths/master/births.csv 准备工作:先导入matplotlib和pandas,用pandas读取csv文件,然后创建一个图像和一个坐标轴 import pandas as pd from matplotlib import pyplot as plt birth=p

工作需要在线画各种UML图,类图.协作图.用例图等等,调查了一些在线画UML图的工具,有的做的很好但要收费,例如:http://www.gliffy.com/,发现现在免费好用的是ProcessOn:http://www.processon.com/,挺不错的,基本满足我的需求,推荐一下(推广费打我卡上). 上面一些图是我随便在线画的,仅供参考.

在跟踪spring源码的时候,看见网上的博客好多使用了idea自带的展示类继承关系图的功能,这个地方使用了idea的diagrams-show diagram,就可以显示类的继承图,很神奇的样子,记录一下这个功能:同时idea也继承一个插件plantuml,可以画时序图和类图等: 1.打开preference-找到plugin 2.点击browse repositories 3.安装后重启,点击file-new 4.建完以后编写对应调用关系即可,注意箭头代表调用方向

画时序图工具TimingDesigner 9.2 安装指导 先上文件下载链接:http://bbs.eetop.cn/viewthread.php?tid=250446&;highlight=timing%2Bde%24igner 安装.破解方法:一.安装1)解压“TimingDesigner_v9.2_win.zip”后有两个文件:“td.win32.td92.exe”和“TDlic.dat”:2)安装“td.win32.td92.exe”到C盘或D盘,此处选择安装目录为“D:\Program

学习python的道路是漫长的,今天又遇到一个问题,所以想写下来自己的理解方便以后查看. 在使用matplotlib的过程中,常常会需要画很多图,但是好像并不能同时展示许多图.这是因为python可视化库matplotlib的显示模式默认为阻塞(block)模式.什么是阻塞模式那?我的理解就是在plt.show()之后,程序会暂停到那儿,并不会继续执行下去.如果需要继续执行程序,就要关闭图片.那如何展示动态图或多个窗口呢?这就要使用plt.ion()这个函数,使matplotlib的显示模式转换

R语言分高水平作图函数和低水平作图函数 高水平作图函数:可以独立绘图,例如plot() 低水平作图函数:必须先运行高水平作图函数绘图,然后再加画在已有的图上面 第一种方法:plot()函数 > sales<-read.csv("dailysales.csv", header=TRUE) #读取文件和列名 > plot(sales$units~as.Date(sales$date,"%d/%m/%y"), #修改日期格式 + type="l

一:导入R包及需要画热图的数据 library(pheatmap) data<- read.table("F:/R练习/R测试数据/heatmapdata.txt",head = T,row.names=1,sep="\t") 二:画图 1)pheatmap(data)#默认参数 2)pheatmap(data,clustering_distance_rows = "correlation")#聚类线长度优化 3)pheatmap(data

怎样使用visio画数据库模型图     计算机专业的学生在做程序的需求分析文档或者毕业设计的时候,针对自己开发的系统,肯定少不了要画数据库的模型图.许多同学喜欢用word实现,当然,word可以满足这样的功能,但我们还有更好的选择,那就是同样属于office系列的visio专业画图工具,从美观性和方便性来说比word强大太多.下面就讲讲怎样使用visio画数据库模型图,以visio2003为例   工具 Mircrosoft Office Visio 2003 步骤 1 打开Visio 200