手把手教你看KEGG通路图! 亲爱的小伙伴们,是不是正关注代谢通路研究?或者你正面对数据,绞尽脑汁?小编当然不能让亲们这么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代谢通路图的正确解读方法,还在迷糊中的小伙伴赶紧mark起来吧~ 怎么看KEGG中代谢通路图? KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因和基因组百科全书,是系统分析基因功能,联系基因组信息和功能信息的知识库.其中包含有大量的通路图,如下图所示:   1.代谢通路中各种符号标识: 代谢通路图

转载:http://www.omicshare.com/forum/thread-107-1-3219.html (出处: OmicShare Forum) 不管是RNA-seq的分析数据,还是蛋白组的分析数据,都有一个数据库我们会经常遇到,那就是KEGG pathway.KEGG pathway中有着大量的通路图,以PI3K-Akt signaling pathway(ko04151)为例,里面包含了大量的蛋白等化合物,以及它们之间相互作用的关系,那么我们如何快速的读懂这些通路包含的信息,且看

pathway 的ID 是5个数字的组合,在pathway 数据库中,有几类通路图非常特殊: 1) 第一类, 以 011 开头的通路 共有 01100, 01120, 01130  三张通路图,从外观上看,就和我们常见的通路不一样 这三张其实是总的通路图,里面的每一条线代表的是1个KO

基因富集分析是分析基因表达信息的一种方法,富集是指将基因按照先验知识,也就是基因组注释信息进行分类. 信号通路是指能将细胞外的分子信号经细胞膜传入细胞内发挥效应的一系列酶促反应通路.这些细胞外的分子信号(称为配体,ligand)包括激素.生长因子.细胞因子.神经递质以及其它小分子化合物等. 富集性分析应用范围非常广,从Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG, 到Reactome Pathway等等. Go分析能够缩小查询基因的范围 BINGO :  查询这条通

发表时间:2019年4月 IF:5.232 一. 概述: 分支杆菌索状因子TDM(trehalose-6,6’-dimycolate)能够与巨噬细胞C-型凝集素受体(CLR)MINCLE结合引起下游通路变化.本文对TDM处理的巨噬细胞磷酸化蛋白质组进行定量分析,发现了依赖于MINCLE的信号通路和MINCLE非依赖的信号通路,两种信号通路具有不同的生物功能. 二. 研究背景:(简要介绍研究进展动态.研究目的和意义) 巨噬细胞对分支杆菌的识别依赖于TLR.CLR以及分支杆菌核酸.TDM是细胞壁主要

期刊:Mol Cell Proteomics 题目:Celastrol protects from cholestatic liver injury though modulation of SIRT1-FXR signaling 通讯作者及单位:Fei Li, State Key Laboratory of Phytochemistry and Plant Resources in West China,Kunming Institute of Botany, Chinese Academy

1.https://www.kegg.jp/kegg/tool/map_pathway2.html 2.如下图,筛选出基因所在的通路,并标上不同的颜色. 3.结果页面如下,有些基因会找不到对应的通路,如下图红字,找到通路的会列在下方,点击可以查看对应通路.

程序1: %在MATLAB中是用连续信号在等时间间隔点的样值来近似地表示连续信号的,当采样时间间隔足够小时,这些离散的采样值就能较好地近似出连续信号,matlab中连续信号的显示实际上还是离散信号的显示,只是取样点特别 %多的时候,用线连接起来,显示出来的图形就比较圆滑,接近连续信号:如果取样点特别少,连接起来就会变成折线: clear all; %这个其实可以没有,只不过以前出过问题,现在就加上! N=; %这个是你举得信号的点数,随便你了 fs=; %这个是抽样频率,记得要高于信号中最高频率

前言 openlayers4 官网的 api 文档介绍地址 openlayers4 api,里面详细的介绍 openlayers4 各个类的介绍,还有就是在线例子:openlayers4 官网在线例子,这个也是学习 openlayers4 的好素材. openlayers4 入门开发系列的地图服务基于 Geoserver 发布的,关于 Geoserver 方面操作的博客,可以参考以下几篇文章: geoserver 安装部署步骤 geoserver 发布地图服务 WMS geoserver 发布地

前言 无论使用哪种语言,都离不开面向过程与面向对象两个流派,而类图是面向对象程序设计中至关重要的一种软件表达形式,如何看懂类图,并设计好的软件架构,是我们作为软件工程师必不可少的技能之一. 今天小黑把类图学习的一些笔记和心得分享出来,供大家参考. 什么是类 了解类图之前,我们需要简单了解一下类的概念 类(Class)封装了数据和行为,是面向对象的重要组成部分,它是具有相同属性.操作.关系的对象集合的总称. 在面向过程设计中,数据和算法组织成为程序.而面向对象中,数据+算法的理论基础并没有改变,虽

如何看懂类图 1.类图简介 描述类的内部结构和类与类之间的关系,是一种静态结构图. 在UML类图中,常见的有以下几种关系: 泛化(Generalization),  实现(Realization),关联(Association),聚合(Aggregation),组合(Composition),依赖(Dependency). 2.各种关系的强弱顺序 泛化 = 实现 > 组合 > 聚合 > 关联 > 依赖 3.类图关系 3.1.泛化 表示继承关系, 表示类/接口对父类/接口的功能扩展.

啥也不说了,实战java虚拟机,好好学习,天天向上!针对自己的软肋制定学习计划. 一部分内容看完,自己做的学习笔记和感想. 学java很简单,但懂java会有难度,如果你的工资还没超过1W,那是时候深入学习一下子了.    边学习边奉上5篇笔记 实战Java虚拟机之一“堆溢出处理” 实战Java虚拟机之二“虚拟机的工作模式” 实战Java虚拟机之三“G1的新生代GC” 实战Java虚拟机之四“禁用System.gc()” 实战Java虚拟机之五“开启JIT编译”  <实战Java虚拟机>一书的

Given two words (start and end), and a dictionary, find all shortest transformation sequence(s) from start to end, such that: Only one letter can be changed at a time Each intermediate word must exist in the dictionary For example, Given:start = "hit

以下数据由Fancier凡奉信息根据历年CMMI Institute公布的CMMI评估结果的汇总整理.数据跨度2008-2017年,包含对中国CMMI与全球CMMI的不同等级.版本的统计.

最近写大论文查到KO也是可以用于分类的一种信息. 如何使用KEGG进行通路富集http://blog.sciencenet.cn/blog-364884-779116.html kegg 数据库学习笔记 http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102wtqq.html 看懂KEGG代谢通路图 http://www.sohu.com/a/237066605_100199392 http://bubuko.com/infodetail-1993294.html

出处:http://blog.chinaunix.net/uid-28852942-id-3992727.html这篇文章不是介绍 nand flash的物理结构和关于nand flash的一些基本知识的.你需要至少了解 你手上的 nand flash的物理结构和一些诸如读写命令 操作的大概印象,你至少也需要看过 s3c2440中关于nand flash控制寄存器的说明. 由于本人也没有专门学过这方面的知识,下面的介绍也是经验之谈. 这里 我用的 K9F2G08-SCB0 这款nand flas

出处:http://blog.chinaunix.net/uid-28852942-id-3992727.html 这篇文章不是介绍 nand flash的物理结构和关于nand flash的一些基本知识的.你需要至少了解 你手上的 nand flash的物理结构和一些诸如读写命令 操作的大概印象,你至少也需要看过 s3c2440中关于nand flash控制寄存器的说明. 由于本人也没有专门学过这方面的知识,下面的介绍也是经验之谈. 这里 我用的 K9F2G08-SCB0 这款nand fla

这篇文章不是介绍 nand flash的物理结构和关于nand flash的一些基本知识的.你需要至少了解 你手上的 nand flash的物理结构和一些诸如读写命令 操作的大概印象,你至少也需要看过 s3c2440中关于nand flash控制寄存器的说明. 由于本人也没有专门学过这方面的知识,下面的介绍也是经验之谈. 这里 我用的 K9F2G08-SCB0 这款nand flash 来介绍时序图的阅读.不同的芯片操作时序可能不同,读的命令也会有一些差别. 当然其实有时候像nand flash

最近在研究一些信号分析的事情,感兴趣如何将频谱信号反变换成时域信号.fft 与ifft可以顺畅的转变,但是这个是一帧信号,当时间较长的信号再一起是,通过反变换变成一帧一帧的时域信号,如何把他们拼接起来非常感兴趣,以后会做一些尝试,这里先留个档案. 1.将声音转化为声谱图(Spectrogram) 通过短时傅里叶变换. 2.将声谱图转换为声音 1. 通过ifft将一帧一帧的FFT信号(即1维的FFT信号数组X(F)(i)[ i=0 to length( X(f) ) ])变换成一小段一小段的时域信

那种方法计算多空逆转更正确呢?——从此图1看应该是TEST005,但是实际上是ZCL_多空! TEST005具有滞后性!也就是说跌了一些在报警,可能已经跌了10%(如图2) ZCL_多空:当计算结果和TEST005相同时(没有跳空时), 可能也会事后报警,不过此类报警往往滞后性不强. 但当计算结果不同时,往往会提前预警,此时结合短线T+0操作,往往能卖在最高点!