1.supplementary alignment supplementary alignment是指一条read的一部分和参考区域1比对成功,另一部分和参考区域2比对成功,参考区域1和参考区域2没有交集(或很少),那么一条read就会产生两条sam文件, 将其中的一条sam文件作为represent alignment,而另一条作为supplementary alignment (flag为2048). 将上面的fastq文件去跑bwa,read有两条sam文件,第二条的flag值为2048:

UICollectionView的布局是可以自己定义的,在这篇博客中先在上篇博客的基础上进行扩充,我们先使用UICollectionViewFlowLayout,然后好好的介绍一下UICollectionView的一些回调方法,主要包括UICollectionViewDataSource,UICollectionViewDelegateFlowLayout,UICollectionViewDelegate相关回调方法,并通过实例来介绍每个回调的用法.并且给每个Section添加定制的Header

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1. Velvet的安装 Velvet用于基因组的de novo组装,支持各种原始数据,包括Illumina的short reads和454的long reads. 首先下载velvet的安装包,直接使用make命令来编译,即可获得可执行主程序velveth和velvetg.安装如下: $ wget http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz $ tar zxf velvet_1.2.10.tgz $ cd velvet_1.2.

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1. SAM格式说明 SAM代表Sequence Alignment/Map格式,是一种制表符分隔的文本格式,包含一个可选的头部分(header section,有人称之为“注释部分”),和一个比对部分(alignment section).如果包含头部分,那么头部分必须置于比对部分之前.头部分的行以@符号开头,而比对部分的行不以@符号开头.比对部分的每一行包含11个必选的字段,用于说明重要的比对信息,如比对位置(mapping position)等:另有可变数量的可选字段,用于存储其他信息(f

The control of users and groups is a core element of Fedora system administration. This chapter explains how to add, manage, and delete users and groups in the graphical user interface and on the command line, and covers advanced topics, such as crea

groupadd [options] group 说明The groupadd command creates a new group account using the values specified on the command line plus the default values from the system. The new group will be entered into the system files as needed.Options 参数 -f, --force T

Unicode的编码和实现 大概来说,Unicode编码系统可分为编码方式和实现方式两个层次. 编码方式 字符是抽象的最小文本单位.它没有固定的形状(可能是一个字形),而且没有值.“A”是一个字符,“€”也是一个字符.字符集是字符的集合.编码字符集是一个字符集,它为每一个字符分配一个唯一数字. Unicode 最初设计是作为一种固定宽度的 16 位字符编码.也就是每个字符占用2个字节.这样理论上一共最多可以表示216(即65536)个字符.上述16位统一码字符构成基本多文种平面.基本多文种平面的

以前写过一篇贴子是写中文在unicode中的编码范围 unicode中文范围,但写的不是很详细,今天再次研究了下unicode,并给出详细的unicode取值范围. 本次研究的unicode对象是unicode 5.2.0版本.现在最新的是6.0版 对于这次研究的unicode把编码分为以下几个平面(英文中是plane,可以认为就是不同的区位) Unicode可以逻辑分为17平面(Plane),每个平面拥有65536( = 216)个代码点,虽然目前只有少数平面被使用. 平面0 (0000–FF

[javascript]html5中使用canvas编写头像上传截取功能 本人对canvas很是喜欢,于是想仿照新浪微博头像上传功能(前端使用canvas) 本程序目前在谷歌浏览器和火狐浏览器测试可用,ie浏览器无法支持. 因为ie的安全机制不允许img使用本地路径,所以若想ie支持本程序,必须先将图片上传,然后给img对象上传后的图片地址.我在这里没写,是因为暂时没写上传功能的后端代码,并且还不确定有没有更好的解决办法. 一.如下是新浪的头像截取功能预览图:

一:  Json的特性和在数据交互中的地位就不用说了,直接看案例. 首先在android studio中创建assets文件目录,用于存放Json数据文件,android studio 1.3 默认项目文件目录下是没有assets文件夹的, 所以需要我们进行创建,创建方法如下:

声明如下: TCustomPanel = class(TCustomControl) private FFullRepaint: Boolean; FParentBackgroundSet: Boolean; procedure CMCtl3DChanged(var Message: TMessage); message CM_CTL3DCHANGED; protected procedure CreateParams(var Params: TCreateParams); override;

Hadoop集群硬件环境 4台机器 ip地址 172.16.1.131 172.16.1.132 172.16.1.133 172.16.1.134 每台内存16G 8核cpu 直接使用报错:

4.4.7. The CONSTANT_Utf8_info Structure The CONSTANT_Utf8_info structure is used to represent constant string values: 代表常量字符串. The items of the CONSTANT_Utf8_info structure are as follows: 条目如下: tag The tag item of the CONSTANT_Utf8_info structure ha

1.经常使用创建方式思考: String text = "this is a test text "; 上面这一句话实际上是运行了三件事  1.声明变量 String text; 2.在内存中开辟空间 (内存空间一) 3.将变量的text的引用指向开辟的内存空间 当有 text = "this is a change text"; 这一句话运行了两件事 1.在内存中开辟空间 2.将变量text 的引用指向 新开辟的内存空间 3.内存空间一此时依旧存在,这就是说明了S

1. [命令]:cat [功能说明]: concatenate files and print on the standard output #连接文件并打印到标准输出,有标准输出的都可以用重定向定向导入到文件里面 [语法格式]: cat [OPTION]...[FILE]... [选项参数]: 参数 说明 简解 -b,--number-nonblank number nonempty output lines 非空输出行编号 -n,--number number all outputnline

1.介绍 图为faster rcnn的rpn层,接自conv5-3 图为faster rcnn 论文中关于RPN层的结构示意图 2 关于anchor: 一般是在最末层的 feature map 上再用3*3的窗口去卷积特征.当3*3的卷积核滑动到特征图的某一个位置时,以当前滑动窗口中心为中心映射到原图的一个区域(注意 feature map 上的一个点是可以映射到原图的一个区域的,这个很好理解,感受野起的作用啊-...),以原图上这个区域的中心对应一个尺度和长宽比,就是一个anchor了.fas

沉淀再出发:java中的equals()辨析 一.前言 关于java中的equals,我们可能非常奇怪,在Object中定义了这个函数,其他的很多类中都重载了它,导致了我们对于辨析其中的内涵有了混淆,再加上和“==”的比较,就显得更加的复杂了. 二.java中的equals() 2.1.Object.java中的equals()     让我们来看一下Object.java中的equals().     首先是Object的定义: /* * Copyright (c) 1994, 2012, O

1.bowtie 短序列比对工具,blast也是短序列比对工具,速度快,结果易理解. 输入可以是fastq或者fasta文件. 生成比对结果文件sam格式的吧. 2.bwa 转自:https://www.jianshu.com/p/1552cc6ac3be 将DNA序列比对到参考基因组上的软件,包含三种算法: BWA-backtrack:适合比对长度不超过100bp的序列: BWA-SW:合于长度为70-1M bp的序列: BWA-MEM:合于长度为70-1M bp的序列,高质量的测序数据,其比