miRNA MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下,数

MicroRNA (miRNA)  是一类内生的.长度约为20-24个核苷酸的小 RNA,其在细胞内具有多种重要的调节作用.每个 miRNA 可以有多个靶基因的表达,而几个 miRNA 也可以调节同一个基因的表达.据推测,miRNA 调节着人类三分之一的基因. miRNA命名 1.物种 hsa.mmu.rno分别代表人.小鼠.大鼠. 2.类别 mir.MIR.miR分别代表动物未成熟miRNA.植物未成熟miRNA.成熟 RNA. 3.序号 即阿拉伯数字.代表miRNA发现的先后顺序.一般情况下

相比动物miRNA 而言, 植物miRNA 的研究相对较少. 植物miRNA 相比动物miRNA , 有以下特点: 1) 植物miRNA 的长度为 21 nt 左右, 动物miRNA 长度在 22 ~ 23 nt; 2)   植物 miRNA 与 靶标转录本几乎完全互补配对,而动物 miRNA 不是: 3) 植物 miRNA 结合的区域可以位于任何区域,而动物 miRNA 主要在3‘ UTR 区结合: 植物miRNA 的形成过程: pri-miRNA          =>          

背景: miRNA通过和mRNA的3'UTR区结合,导致mRNA讲解或者抑制mRNA翻译,从而实现转录后调控的作用: 如果在miRNA和 mRNA的结合区域,发生了snp,就可能会影响miRNA和mRNA的结合:导致疾病或者其他的一些变化: 所以位于结合区域的snp 位点有极大的研究价值: 简介: PolymiRTS 数据库是一个miRNA 相关snp 位点的数据库,链接如下: http://compbio.uthsc.edu/miRSNP/ 数据库中收录的snp位点可以分成两种: 1)snp

URL: http://www.ibiomedical.net/ http://103.53.216.7/ Go to aldb database. (keywords: chicken, cow, pig; lincRNAs; expression; blast)ALDB: a domestic-animal long noncoding RNA database Go to miRBond database. (keywords: pig, chicken, cow, targetscan,

之前讲过预测植物miRNA的一款软件miR-PREFER, 今天在介绍一款软件miRDeep-p2, 也叫miRDP2 安装 在此之前,应安装一下软件 Bowite, Bowtie2, Vienna (RNA二级结构预测软件大礼包) 安装以上软件以后,在mirdp2下载最新版的miRDP2,以及ncRNA_rfam.tar.g 1 tar -xf miRDP2-v1.1.4.tar 2mv 1.1.4 miRDP2-v1.1.4 在TestData下载测试数据集--TestData.tar.gz

### miRNA特点 (1)广泛存在于真核生物中, 是一组不编码蛋白质的短序列RNA,它本身不具有开放阅读框架(ORF),并且由不同于mRNA的独立转录单位表达. (2)通常的长度为20-24 nt,但在3′端可以有1-2 个碱基的长度变化(对miRNA 的具体长度范围尚无统一标准). (3)成熟的miRNA , 5′端有磷酸基团, 3′端为羟基,且具有独特的序列特征.它们可以和上游或下游的序列不完全配对形成茎环结构. (4)miRNA5′端第一个碱基对U有强烈的倾向性,而对G却有抗性,但第2

转载:http://www.oebiotech.com/Article/mirnabjyyc.html http://www.ebiotrade.com/newsf/2014-9/201492594150379.htm miRNA自从被发现以来,一直备受关注,俨然已成为非编码RNA家庭中永不凋零的“玫瑰”.关于miRNA,主要有两个研究方向,其一是作为biomarker,这方面研究仅需足够庞大的临床样本支撑即可:miRNA的另一研究方向为功能机制研究,此时必须有miRNA靶基因的参与,可是如何确

生物信息学-miRNA 转录组的分类: Noncoding RNA可分为负责Regulatory和housekeeping,housekeeping就是组织日常功能miRNA便是Regulatory RNA中的一种,长度18-22bp,具有短序列特异性,数量少于lncRNA,在相关物种中保守,20%-30%的miRNA可通过对non-coding RNA的靶向结合,达到调控编码蛋白质过程,从而调控制造蛋白质. miRNA参与生命活动,RNAi(RNA interference)是miRNA的一种

miRNA分析--数据过滤(一) miRNA分析--比对(二) 根据miRNA Target Prediction in Plants, miRNA并非所有区域都要求严格匹配,其中第1位碱基和第14位以后的碱基是允许错配(以miRNA 5'为始). miRNA 文件提交不管是U或者T都是可以的 miRNA 靶基因预测我采用了3个工具 1.psRNATarget: A plant Samll RNA Target Analysis Server 进去以后,提交自己miRNA文件,fasta格式,并

miRNA分析--数据过滤(一) 在比对之前为了减少比对时间,将每一个样本中的reads进行合并,得到fasta格式,其命名规则如下: 样本_r数子_x数字 r 中的数字表示reads序号: x 中的数字表示该条reads重复次数 比对分为两条策略 1.根据本物种已有的miRNA序列进行比对, 已知当miRNA序列从 miRBase或者 sRNAanno得到 (应该将clean reads比对到所研究物种到tRNA, rRNA, snoRNA,mRNA等数据,允许一个错配,将比对上等reads过

miRNA 数据过滤我使用cutadapt 1 cutadapt -a AGATCGGAAGAGCACACGTCT -m 15 -q 20 --discard-untrimmed -o outname .fa --discard-untrimmed 把reads中不含有adaper的reads去掉 -a 剪切reads 3'端adapter(双端测序第一条read),加$表示adapter锚定在reads3'端可找公司要 -g 剪切reads 5'端adapter(双端测序第一条read),加$

1.miRbasehttp://www.mirbase.org/2.miRDBhttp://www.mirdb.org/miRDB/policy.html3.miRandahttp://www.microrna.org/microrna/home.do4.TargetScanhttp://www.targetscan.org/vert_71/5.miRTarBasehttp://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/

题意: 给你一个序列,每次询问l,r问多少个a[i]^a[j]有k个1,k固定. 序列长度1e5,a[i]<=2^14 时限1s,空间40M 题解: 个人其实开始没什么思路,看了题解也好久,题解写得十分差,让人看了一头雾水. 首先想法就是莫队, 我们想暴力的话,可以把每个时间的状态考虑,res[i][j]表示前1-i个,和j xor 有k个1的个数 这样前后维护两个,就解决了. 空间限制怎么办,考虑莫队复杂度是N √M,就缩小了空间,就ok1了.

sto \(lxl\) orz 考虑莫队,每次移动端点,我们都要询问区间内和当前数字异或有 \(k\) 个 \(1\) 的数字个数 询问 \([l,r]\) 可以再次离线,拆成询问 \([1,l-1]\) 和 \([l,r]\) 然后考虑莫队要移动 \([l,r]\) 的 \(l\) 到 \(p\) 假设 \(p>l\) 那么相当于每次询问 \(a[l]\) 和 \([l+1,r]\),然后 \(++l\) 直到 \(l=p\) 即每次询问 \(a[l]\) 和 \([1,l]\) ,\(a[l

题面 传送门 题解 lxl大毒瘤 我们考虑莫队,在移动端点的时候相当于我们需要快速计算一个区间内和当前数字异或和中\(1\)的个数为\(k\)的数有几个,而这个显然是可以差分的,也就是\([l,r]\)的询问可以拆成\([1,r]-[1,l-1]\) 我们考虑莫队移动指针的过程,以\([l,r]\)移动左指针到\(p\)为例,要减去的答案是\(l\)和\([1,r]-[1,l-1]\),\(l+1\)和\([1,r]-[1,l]\),...,总的来说,我们我们要对于\([1,r]\)这个前缀计算

题目大意: 给定一个长度为\(n\)的序列\(a\),\(k\),和\(m\)次询问. 每次询问给定区间\([l,r]\),求满足\(l\leqslant i< j\leqslant r\)且\(\_\_ \text{builtin}\_ \text{popcount} (a_i\oplus a_j)=k\)的数对\((i,j)\)的个数. 40MB. 解题思路: 二次离线莫队lxl黑科技. 对于一次询问\([l,r]\),我们考虑右端点往右移动一格后变成\([l,r+1]\),多出来的数其实是

题目链接 题意 区间两数异或在二进制下有 \(k\) 个 \(1\) 的对数. Sol 普通莫队的话,如果要实时维护好区间内的答案需要支持区间对一个数求答案. 直接做不是很好做,容易发现其实这也就是一个区间询问.那么可以把莫队中要求的东西再次离线下来. 我们把上述询问拆成前缀相减的形式,这样我们要做到就是多次询问一个前缀对一个数的答案. 由于在数据范围下二进制下有 \(k\) 个 \(1\) 的数并不是太多,我们可以直接从前往后做,遇到一个数 \(x\) 则把 \(x\oplus number(

题面传送门 莫队二次离线 mol ban tea,大概是这道题让我第一次听说有这东西? 首先看到这类数数对的问题可以考虑莫队,记 \(S\) 为二进制下有 \(k\) 个 \(1\) 的数集,我们实时维护一个桶 \(cnt_i\) 表示当前区间中值为 \(i\) 的数有多少个,那么加入一个数 \(v\) 的时候,答案会增加 \(\sum\limits_{y\in S}cnt_{y\oplus v}\),这样暴力莫队复杂度是 \(n\sqrt{n}\dbinom{14}{k}\),如果你过了我请你

长链非编码RNA(lncRNA) 转自:http://blog.sina.com.cn/s/blog_909da11301010bkz.html     长链非编码RNA(lncRNA)是一类转录本长度超过200nt的RNA分子,它们并不编码蛋白,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控.转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平. lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能.然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组