微生物16S的OTU聚类工具有很多,最常用的就是 usearch.cdhit-OTU.mothur. 这些工具大多都是针对二代测序平台的,usearch的64bit版本是收费的. 如果要跑PacBio的OTU聚类,目前就只能用 mothur 了. mothur有着非常详细的说明文档! General operations Sequence processing OTU-based approaches Hypothesis testing approaches Frequently asked

1. 聚类简介 0x1:聚类是什么? 聚类是一种运用广泛的探索性数据分析技术,人们对数据产生的第一直觉往往是通过对数据进行有意义的分组.很自然,首先要弄清楚聚类是什么? 直观上讲,聚类是将对象进行分组的一项任务,使相似的对象归为一类,不相似的对象归为不同类 但是,要达到这个目的存在几个很困难的问题 . 上述提及的两个目标在很多情况下是互相冲突的.从数学上讲,虽然聚类共享具有等价关系甚至传递关系,但是相似性(或距离)不具有传递关系.具体而言,假定有一对象序列,X1,....,Xm,所有相邻元素(X

宏观流程如下图: client端 生成StreamGraph env.addSource(new SocketTextStreamFunction(...)) .flatMap(new FlatMapFunction()) .keyBy("word") .timeWindow(Time.seconds(5)) .reduce(new ReduceFunction()) .print() StreamExecutionEnvironment上的一系列api调用会在env->tran

[Information Retrieval II] 搜索引擎分类: 1.目录式搜索引擎. 2.全文搜索引擎. 3.元搜索引擎(Meta-Search Engine). 搜索引擎的4个阶段:下载(crawl) -> 分析(segment & pagerank)-> 索引(indexing)-> 查询(retrieval). crawler,也就是传说中的爬虫,或者蜘蛛. 下载.分析.索引被称为“离线部分”(offline part),也叫做在线系统:查询部分被称为“在线部分“(o

目录 1.原理的区别 2.实操比较 UPGMA NJ法 保存树文件 更深理解 1.原理的区别 主要区别在于,非加权组平均法(UPGMA)是基于平均链接方法的聚集层次聚类方法,而邻接法(NJ)是基于最小演化准则的迭代聚类法. UPGMA的假定条件是:在进化过程中,每一世系发生趋异的次数相同,即核苷酸或氨基酸的替换速率是均等且恒定的. UPGMA生成有根树,而NJ生成无根树.由于UPGMA方法假定演化速率相等,因此分支末端相等,NJ方法允许不相等的演化速率,因此分支长度与变化量成正比. UPGMA示

Linq to SQL 语法查询(链接查询,子查询 & in操作 & join,分组统计等) 子查询 描述:查询订单数超过5的顾客信息 查询句法: var 子查询 = from c in ctx.Customers where (from o in ctx.Orders group o by o.CustomerID into o where o.Count() > 5 select o.Key).Contains(c.CustomerID) select c; in 操作 描述:查

今天在Win7环境通过XShell链接VirtualBox的CentOS;始终链接不上,原来是因为虚拟机选择网络链接方式不对[推荐连接方式:Host-only Adapter(主机模式). 知识提要: VBox在主机中模拟出一张专供虚拟机使用的网卡,所有虚拟机都是连接到该网卡上的,我们可以通过设置这张网卡来实现上网及其他很多功能.主机模式通过虚拟机及网卡的设置可以完成一下三种网络连接模式所实现的功能. NAT Bridged Adapter Internal 虚拟机与物理主机的关系:默认不能相互

从11月份开始,自学前端开发,写静态页面中,经常用到一个大的div下包含三个小的div,平均分布div大小样式,写过多次,也多次忘记,每次都要现找资料,不想之后,在这么麻烦,索性今天自己记录一下,方便后面用的好找. 写出的效果如图: html: <div class="bigdiv"> <div class="top"> <h1>....</h1> </div> <div class="ce

谷歌推荐的开源穿透服务器,包含trun和stun服务,主页:https://code.google.com/p/rfc5766-turn-server/(个人觉得可以利用这个来进一步搭建VPN,有兴趣的可以试试) 由于国内通讯都被监控,所以WebRTC是不能直接P2P的,都需要中继服务作为转发的,所以在国内使用WebRTC是需要搭建中继服务. 安装:版本:turnserver-3.2.3.95.tar.gz  系统环境:centos 下载必要库 yum install -y make auoma

2015年7月16日将会发布有史以来最令人兴奋的控件-Wijmo 金融图表,它的一体化设计为单个自定义集合提供了所有主要的金融图表,这是市场上的其他控件都不具备的独一无二的好处.它像Wijmo其他任意一款控件那样轻量级,而实际上自身也是应用程序.相信您很快会因其灵活性和强大的功能而会爱上它. 如果想使用金融图表,那么您可能还需要一个金融图表的入门教程.不然单凭名称和定义, 很不容易理解怎样为不同的场景选用合适的可视化工具.这里一系列金融图表博客就是我们为您精心准备的最好资源. 图表 #1: 平均

最坏,平均和最佳运行时间(Worst, Average and Best Cases) 在上一篇文章中,我们讨论到了渐进分析可以解决分析算法的问题,那么在这一篇中,我们用线性搜索来举例说明一下如何用渐进分析法来分析算法的性能. 我们从三个方面分析算法: 1.最坏情况 2.平均情况 3.最佳情况 这是一段很简单的线性查找的代码 从arr[] 中查找x // Linearly search x in arr[]. If x is present then return the index, // o

10.6 You have 10 billion URLs. How do you detect the duplicate documents? In this case, assume that "duplicate" means that the URLs are identical. 这道题让我们在一百亿个URL链接中寻找相同项,看这数据量简直吓尿了,如果每个URL链接平均100个字符的话,每个字符是4个字节,那么总共需要占4TB的空间,我们无法在内存中导入这么大的数据量.假如

结论: > Socket 理论上 支持 只上行,或者 只下行. > 心跳包 必须是 上下行的 —— 心跳包请求(上行) - 心跳包响应(下行). > 如果 长时间 只有单向链接(只发送不接受,或者 只接受不发送) —— 路由器 就会 丢弃 Socket数据. > 心跳包 不是 必须的 —— 任意 上下行组合 都能 维持 Socket 所需的 软件(操作系统.程序).硬件(电脑.路由器,手机基站)的 有效性. 相关链接: http://www.cnblogs.com/lcw/p/35

一.如何增大service进程的max open files ulimit -n 只能改小max open files,不能改大.需要按照以下步骤: 修改/etc/security/limits.conf文件,将"soft nofile 655360"和"hard nofile 655360"这两行的655360改成期望的值 退出,重新ssh该机器(否则无效) 修改对service的启动脚本,增加"ulimit -n 950000",其中9500

链接分析算法之:SALSA算法 SALSA算法的初衷希望能够结合PageRank和HITS算法两者的主要特点,既可以利用HITS算法与查询相关的特点,也可以采纳PageRank的“随机游走模型”,这是SALSA算法提出的背景.由此可见,SALSA算法融合了PageRank和HITS算法的基本思想,从实际效果来说,很多实验数据表明,SALSA的搜索效果也都优于前两个算法,是目前效果最好的链接分析算法之一. 从整体计算流程来说,可以将SALSA划分为两个大的阶段:首先是确定计算对象集合的阶段,这一阶

原题链接 Lcm(a,b)表示a和b的最小公倍数,A(n)表示Lcm(n,i)的平均数(1 <= i <= n), 例如:A(4) = (Lcm(1,4) + Lcm(2,4) + Lcm(3,4) + Lcm(4,4)) / 4 = (4 + 4 + 12 + 4) / 4 = 6.   F(a, b) = A(a) + A(a + 1) + ...... A(b).(F(a,b) = ∑A(k), a <= k <= b) 例如:F(2, 4) = A(2) + A(3) +

觉得有用的话,欢迎一起讨论相互学习~Follow Me 移动平均法相关知识 移动平均法又称滑动平均法.滑动平均模型法(Moving average,MA) 什么是移动平均法 移动平均法是用一组最近的实际数据值来预测未来一期或几期内公司产品的需求量.公司产能等的一种常用方法.移动平均法适用于即期预测.当产品需求既不快速增长也不快速下降,且不存在季节性因素时,移动平均法能有效地消除预测中的随机波动,是非常有用的.移动平均法根据预测时使用的各元素的权重不同 移动平均法是一种简单平滑预测技术,它的基本思

在使用Xshell链接虚拟机VM里面的Linux的时候.链接失败,报 Could not connect to ): Connection failed 解决步骤: 1.重启VM.Linux.Xshell 2.重启未解决的话.本地命令行 ping Linux的IP C:\Users\Administrator>ping 192.168.80.129 3.本地命令行 ping 通的话,转第5步. C:\Users\Administrator>ping 192.168.80.129 正在 Ping

$.fn.fishBone = function(data) { var colors = ['#F89782','#1A84CE']; /**入口*/ //1.创建dom $(this).children().remove(); $(this).append(creataFishBone(data)); //2.自适应 var rowcount = fixWindow(); //3.翻页滚动效果 jQuery(".fishBone").slide({ titCell: ".

原文链接:http://www.jqueryfuns.com/resource/2173 $.fn.fishBone = function(data) { var colors = ['#F89782', '#1A84CE', '#F7A259', '#43A6DA', '#F9BF3B','#88C7CC','#EF6D5F','#60A96E','#F03852','#3A9284']; /**入口*/ //1.创建dom $(this).children().remove(); $(thi

Windows的gcc环境,往官网http://sourceforge.net/project/showfiles.php?group_id=2435 下载MinGW,安装,安装完毕后按照包 配置环境变量 a.在PATH的值中加入"C:\Program Files\MinGWStudio\MinGW\bin".这是寻找gcc编译器的路径.如果PATH中还有其他内容,需要用英文状态下分号进行分割 b.新建LIBRARY_PATH变量,在其值中加入"C:\Program File