在基因注释时,难免碰到各种GENE在不同数据库之间的ID转换(例如,Ensembl ID 转Entrez ID,或者Entrez ID与GENE Symbol之间的转换).这里介绍一下常用的三个在线网站, DAVID.bioDBnet.Ensembl Biomart, DAVID访问太慢,Ensembl Biomart参数配置太麻烦,推荐使用bioDBnet. bioDBnet RESET API bioDBnet除支持web在线转换外,还提供了RESET API接口,允许程序语言(python

在自己的研究工作中,经常会遇到一些需要对Gene ID进行转换的情况.目前存在着大量的生物信息数据库,每个数据库都有自己定义的ID命名规则,转换起来实在是一个很大的工作.举个例子,之前构建的Human PPI network, 共选用相关数据库有6个,其中对于蛋白的命名相关的形式多达近10中,耗费了一个多月的时间才完成此ID归一化的过程.当然这个过程中是借助相关的Gene ID Coversion Tools.下面就对生物信息中用到的IDs Conversion的相关工具进行列举:1. DAVI

1)安装载入 ------------------------------------------- if("org.Hs.eg.db" %in% rownames(installed.packages()) == FALSE) {source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("org.Hs.eg.db")}suppressMessages(library(org.Hs.eg.db))

DAVID网站提供了id转换的功能 1 选择上传gene list文件 2 选择上传ID的类型,我们ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以这里选ENSEMBL_GENE_ID 3 这个是类型,因为只做ID转换,所以选Gene List就ok了 4 选择你要转换的ID类型,这里我选的ENTREZ_GENE_ID 5 然后选择提交就ok了 bioDBnet 1 输入文件ID类型 2 输出ID类型,这里的Gene ID就是指ENTREZ GENE ID 3 输入ID列表,点击

mid为62进制编码,id为常见的10进制编码. id从低位到高位,7个数字为一组,转换为62进制,并顺序合并,即转换为mid. mid从地位到高位,4个字母为一组,转换为10进制,并右移7位,计算和,得到id. 7位的10进制数最大为9999999,转换为62进制后为FXsj:8位的10进制数最大为99999999,转换为62进制后为9FXsj. 7位分隔10进制数,能保证最多获得4位62进制数. 参考了http://blog.csdn.net/dier4836/article/details

select  U.CnName+','  from f_splitstr('1828,1055333,1,1035681,752,494,22549,219,23860,478,23453,677,718,782,2358', ',')     join T_BD_User U on U.ID=F1  for xML PATH('') select RoleName,ExecutorName,  case  when temp.CnName='' then ''  when temp.CnNa

FORM frm_coverted_name USING usrid TYPE sy-uname                        CHANGING name TYPE adrp-name_text.     DATA: l_name_last TYPE adrp-name_last,           l_name_first TYPE adrp-name_first,           l_persnumber TYPE usr21-persnumber.          

主流的motif数据库 JASPAR dbcorrdb - SCENIC使用的 TRANSFAC® 7.0 Public 2005 and TRANSCompel 7.0 Public 2005 - 现在最新版要收费了 motif格式问题 我关注的这个motif (ENCSR000ARI) 是Ezh2的,并没有被收录在常规的TF数据库里,所以Homer里面没有. dbcorrdb这个数据库里有,但是很老的JASPAR格式,可以转成meme格式.[dbcorrdb__EZH2__ENCSR000A

1.基因系列中的data索引 2.基因ID之间的转换 对于生信,依托于别人的工具不如自己动手,由于研究发表的滞后性,往往很多工具提供的转换并不是最新的,况且开发者水平也参差不齐,理解原理才能让你来去自如. 今天主要记录几个ID转换的方式: 以果蝇为例 详细的了解阅读下面:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/README 1.从NCBI下载基因ID信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/GENE_INFO/Inverte

转自:http://www.biotrainee.com/thread-411-1-1.html 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accession number GLA, GLB, UG

众多不同的数据库所采用的对 Gene 和 Protein 编号的 ID 也是不同的, 所以在使用不同数据库数据的时候需要进行 ID 转换. 常用数据库 ID ID 示例 ID 来源 ENSG00000116717 Ensemble ID GA45A_HUMAN UniProtKB/Swiss-Prot, entry name A5PJB2_BOVIN UniProtKB/TrEMBL, entry name A2BC19, P12345, A0A022YWF9 UniProt, accessio

使用KOBAS进行KEGG pathway和Gene Ontology分析 Article from Blog of Alfred-Feng http://blog.sina.com.cn/u/1706691033 现在使用在线的通路注释,一般使用DAVID.KOBAS等工具.不同的工具可能需要输入不同的基因名或基因编号.下面举例操作一遍. 1 在gprofiler网站进行基因ID转换. 进入网址“http://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gconvert.cgi”,选择g:

gene ontology为了查找某个研究领域的相关信息,生物学家往往要花费大量的时间,更糟糕的是,不同的生物学数据库可能会使用不同的术语,好比是一些方言一样,这让信息查找更加麻烦,尤其是使得机器查找无章可循.Gene Ontology就是为了解决这种问题而发起的一个项目.    Gene Ontology中最基本的概念是term.GO里面的每一个entry都有一个唯一的数字标记,形如GO:nnnnnnn,还有一个term名,比如"cell", "fibroblast gro

数据表数据源的省市区联动: 原始数据: //获取所有学校信息 $school=D('school'); $info=$school->getList(); 数据如下: 1 => array 'id' => string '2' (length=1) 'school_name' => string '仲恺农业工程学院' (length=24) 'province' => string '6' (length=1) 'city' => string '76' (length

四年前Clang添加了关键字instancetype,目的在于取代-alloc和-init等方法的返回类型id,那么使用instancetype到底比id好在哪里? instancetype宣言 不管何时,只要一个class要返回它相同的类实例,使用instancetype都是更加合适的. 我们知道,当调用类中(或者子类)的-alloc.-init或者class factory(+)方法,使用instancetype关键字会返回它的类实例.在这种情况下用instancetype而不是id有100

将 Int 和 BigInt 类型数值转换为字符串的可逆方法,可用于缩短网址或记录的ID转换等. 如: 9223372036854775807 => aZl8N0y58M7 class Convert { /** * 默认密钥字符串 * @var string */ const KEY = '0123456789abcdefghijklmnopqrstuvwxyzABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'; /** * 将 Int 类型十进制数值转换为指定进制编码 * @param

相同点: 都可以作为方法返回值类型 在initWithName:方法中是一样的,例如: - (id)initWithName:(NSString *)name; - (instancetype)initWithName:(NSString *)name; 编译器在编译时直接将id转换成instancetype类型 不同点: 1.instancetype只能作为返回值类型,不能像id一样作为参数类型; 2.作为返回值类型时,在自定义方法中也有不同之处 + (id)constructAnArray;

1 .依照cocoa的命名规则,alloc,init这类方法,如果以id为返回类型,会返回类本身的类型,但类方法的返回类型,LLVM(clang)编译器无法判断,也就是说如果       用id作为返回类型,有可能会将一个编译时错误变为一个运行时错误,instancetype则能够保证编译器正确判断返回的类型. 2.  instancetype只能作为返回值,不能像id那样作为参数. 3 .+ (id)fooWithBar:(NSInteger)bar;  编译器不会自动将id 转换成 inst

通过JSON传递数据的时候经常需要传递日期,Java中可以通过GSON将日期转换为特定格式的JSON数据. 1.普通的GSON转换日期 public void query(HttpServletRequest request, HttpServletResponse response, RegisterService service) throws Exception { Integer id = Integer.parseInt(request.getParameter("id"))

转自:http://blog.csdn.net/yangzychina/article/details/8818941 今天研究代码的时候,发现居然返回 instancetype 类型,很惊讶自己学识浅显. Clang的文档里提到instancetype is a contextual keyword that is only permitted in the result type of an Objective-C method. 也就是说,instancetype只能作为返回值,不能像id