注册了博客园一晃有3个月了,同时接触机器学习也断断续续的算是有1个月了.今天就用机器学习神器sklearn包的相关内容作为我的开篇文章吧. 本文将对sklearn包中的数据集做一个系统介绍,并简单说一下它们的使用. 道行尚浅,如正文描述有误还望小伙伴不吝赐教,不胜感激,即刻进入正文. 首先,一般机器学习的建模步骤是:数据收集 -> 特征工程 -> 模型选择 -> 模型训练 -> 模型评估 -> 超参数调整 -> 模型预测 -> 模型保存 由此可见,拥有大量优质的数

最近需要下载一大批GEO上的数据,问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件,换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载.但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包,不知道是网络问题还是怎么,GEOquery有时候运行也不太稳定,但是总体来说,很好地解决了我的问题. 首先假设我们想要下载的数据是GSE77445,这是一批DNA甲基化数据,我们可以在R语言中安装GEOquery之后,载入R包,然后直接输入: Data <- getGEO("GSE77445"

这篇文章主要讲解使用Sklearn进行数据预处理,我们使用Kaggle中泰坦尼克号事件的数据作为样本. 读取数据并创建数据表格,查看数据相关信息 import pandas as pd import numpy as np from pandas import Series,DataFrame data = pd.read_csv('tanic_train.csv')#导入进来的是dataframe格式 #data 可以打开data的具体信息,是dataframe的格式 #data.info()

一.标准化(Z-Score),或者去除均值和方差缩放 公式为:(X-mean)/std  计算时对每个属性/每列分别进行. 将数据按期属性(按列进行)减去其均值,并处以其方差.得到的结果是,对于每个属性/每列来说所有数据都聚集在0附近,方差为1. 实现时,有两种不同的方式: 使用sklearn.preprocessing.scale()函数,可以直接将给定数据进行标准化. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 >>> from skle

Sklearn 标准化数据 from __future__ import print_function from sklearn import preprocessing import numpy as np from sklearn.model_selection import train_test_split from sklearn.datasets.samples_generator import make_classification from sklearn.svm import S

Elasticsearch简介 什么是 Elasticsearch? Elasticsearch 是一个开源的分布式 RESTful搜索和分析引擎,能够解决越来越多不同的应用场景. 本文内容 本文主要是介绍了ES GEO数据写入和空间检索,ES版本为7.3.1 数据准备 Qgis使用渔网工具,对范围进行切割,得到网格的Geojson 新建索引设置映射 def set_mapping(es,index_name="content_engine",doc_type_name="e

Python: sklearn库 —— 数据预处理 数据集转换之预处理数据:      将输入的数据转化成机器学习算法可以使用的数据.包含特征提取和标准化.      原因:数据集的标准化(服从均值为0方差为1的标准正态分布(高斯分布))是大多数机器学习算法的常见要求. 如果原始数据不服从高斯分布,在预测时表现可能不好.在实践中,我们经常进行标准化(z-score 特征减去均值/标准差). 一.标准化(Z-Score),或者去除均值和方差缩放 公式为:(X-mean)/std  计算时对每个属性

一.标准化(Z-Score),或者去除均值和方差缩放 公式为:(X-mean)/std  计算时对每个属性/每列分别进行. 将数据按期属性(按列进行)减去其均值,并处以其方差.得到的结果是,对于每个属性/每列来说所有数据都聚集在0附近,方差为1. 实现时,有两种不同的方式: 使用sklearn.preprocessing.scale()函数,可以直接将给定数据进行标准化. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 >>> from skle

问题 实际处理和解决机器学习问题过程中,我们会遇到一些"大数据"问题,比如有上百万条数据,上千上万维特征,此时数据存储已经达到10G这种级别.这种情况下,如果还是直接使用传统的方式肯定行不通,比如当你想把数据load到内存中转成numpy数组,你会发现要么创建不了那么大的numpy矩阵,要么直接加载时报MemeryError. 在这种情况下我了解了几种选择办法,1. 对数据进行降维,2. 使用流式或类似流式处理,3. 上大机器,高内存的,或者用spark集群. 文档 Sklearn里面

关于缺失值(missing value)的处理 在sklearn的preprocessing包中包含了对数据集中缺失值的处理,主要是应用Imputer类进行处理. 首先需要说明的是,numpy的数组中可以使用np.nan/np.NaN(Not A Number)来代替缺失值,对于数组中是否存在nan可以使用np.isnan()来判定. 使用type(np.nan)或者type(np.NaN)可以发现改值其实属于float类型,代码如下: 1 2 3 4 5 6 7 8 >>> type(

一.标准化(Z-Score),或者去除均值和方差缩放 公式为:(X-mean)/std  计算时对每个属性/每列分别进行. 将数据按期属性(按列进行)减去其均值,并除以其方差.得到的结果是,对于每个属性/每列来说所有数据都聚集在0附近,方差为1. 实现时,有两种不同的方式: 使用sklearn.preprocessing.scale()函数,可以直接将给定数据进行标准化. 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 >>> from skle

数据预处理 标准化 (Standardization) 规范化(Normalization) 二值化 分类特征编码 推定缺失数据 生成多项式特征 定制转换器 1. 标准化Standardization(这里指移除均值和方差标准化) 标准化是很多数据分析问题的一个重要步骤,也是很多利用机器学习算法进行数据处理的必要步骤. 1.1 z-score标准化 z-score标准化指的是将数据转化成均值为0方差为1的高斯分布,也就是通常说的z-score标准化,但是对于不服从标准正态分布的特征,这样做效果会

from sklearn import preprocessing    #导入sklearn的处理函数用于处理一些大值数据 x_train, x_test, y_train, y_test = train_test_split(x, y, random_state=1)    print(x_train)         #未处理正常数据print(preprocessing.scale(x_train))  #正规化后的数据 正常数据: 正规化后的数据: 正规化后的数据取值范围在 [1,-1

很多时候我们需要从GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载RNA-seq数据,一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381). 这里你会看到数据的总览: GSM2268339 1772067089_A01 GSM2268340 1772067089_A02 GSM2268341 1772067089_A03 -- Supplementary

1. 标准化 标准化是为了让数据服从一个零均值和单位方差的标准正态分布.也即针对一个均值为 \(mean\) 标准差为 \(std\) 的向量 \(X\) 中的每个值 \(x\),有 \(x_{scaled} = \frac{x - mean}{std}\). >>> from sklearn import preprocessing >>> import numpy as np >>> X_train = np.array([[ 1., -1., 2

1.注册一个NCBI账户 注册geo账户(老用户和新用户): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/submitter/ 有3个月的时间 GEO DataSets >> GEO Home >> Login to Submit  >> Recover Account (老用户) 或者 Contact Information (新用户) 2.GEOarchive has three required components:(准备文件) 1)a m

from sklearn import datasets from sklearn.linear_model import LinearRegression #加载数据 loaded_data = datasets.load_boston() data_X = loaded_data.data data_Y = loaded_data.target #是否需要对数据进行拆分 #定义模型 model = LinearRegression() #训练 model.fit(data_X,data_Y)

## 版权所有,转帖注明出处 章节 SciKit-Learn 加载数据集 SciKit-Learn 数据集基本信息 SciKit-Learn 使用matplotlib可视化数据 SciKit-Learn 可视化数据:主成分分析(PCA) SciKit-Learn 预处理数据 SciKit-Learn K均值聚类 SciKit-Learn 支持向量机 SciKit-Learn 速查 前面章节中,我们首先加载数据,接着查看数据集的基本信息,然后可视化数据进一步查看数据集信息.接下来,我们开始处理数据

1. one hot encoder sklearn.preprocessing.OneHotEncoder one hot encoder 不仅对 label 可以进行编码,还可对 categorical feature 进行编码: >>> from sklearn.preprocessing import OneHotEncoder >>> enc = OneHotEncoder() >>> enc.fit([[0, 0, 3], [1, 1, 0

小伙伴们大家好~o(￣▽￣)ブ,沉寂了这么久我又出来啦,这次先不翻译优质的文章了,这次我们回到Python中的机器学习,看一下Sklearn中的数据预处理和特征工程,老规矩还是先强调一下我的开发环境是Jupyter lab,所用的库和版本大家参考: Python 3.7.1(你的版本至少要3.4以上) Scikit-learn 0.20.0 (你的版本至少要0.19) Numpy 1.15.3, Pandas 0.23.4, Matplotlib 3.0.1, SciPy 1.1.0 1 skl

缺失值 机器学习和数据挖掘中所使用的数据,永远不可能是完美的.很多特征,对于分析和建模来说意义非凡,但对于实际收集数据的人却不是如此,因此数据挖掘之中,常常会有重要的字段缺失值很多,但又不能舍弃字段的情况.因此,数据预处理中非常重要的一项就是处理缺失值. import pandas as pd data = pd.read_csv(r"C:\work\learnbetter\micro-class\ week 3 Preprocessing\Narrativedata.csv",ind