1.几大常用格式 这张ppt介绍了现在常用的三种格式:dicom主要由扫描器产生,一般是一个slice一个文件:analyze 格式= .img/.hdr spm下用的最多:nifti ,由fsl & afni & spm几个老大哥共同确定的格式,支持3d或者4d. 2.利用spm的dicom import 把dicom原始数据转换成分析格式. 一般从sanner拷出来的文件夹中,每一个文件夹里的dicom文件,代表一个被试一次run的结果.spm会自动将dicom转成hdr/img格式.

 引言 Introduction 需要特别说明,spm是每一个体素为单位,计算统计量,进行t检验. 1.分别在每个体素上做方差分析; 2.对每个体素的方差分析结果,计算t检验统计量; 3.计算等同于t检验统计量的z值; 4.绘制一副t检验统计量map,或者z值map; 5.利用随机场理论,纠正统计检验结果的显著性水平. 命名说明 Naming of parts observation = a voxel value, in the voxel we are analysing, for one

基于下面这份ppt:Comparing SPM and FSL, by lChris Rorden fsl & spm都是免费的,都很受欢迎.spm更受欢迎. 两者的区别在于何时利用normalise 归一化操作. 二者的头动矫正算法是不同的: spm是基于variance指标,fsl是基于normalised correlation 指标.spm的头动,包含非刚体变换unwarp操作.fsl的会将头动参数传递给feat的统计模型中.spm的头动矫正,sophisticated(好,但是复杂),

原文地址:http://www.cnblogs.com/minks/p/4889497.html 近年来,血氧水平依赖性磁共振脑功能成像(Blood oxygenation level-dependent functional magnetic resonance imaging, BOLD-fMRI)技术得到极快的发展,除了与扫描硬件.扫描技术的进步有关外,更得力于以图形图像等计算机科学为核心的相关学科的支持:图像数据的后处理技术成为fMRI中的关键环节 一.功能图像数据的性质 功能磁共振数据

Source: http://mindhive.mit.edu/node/112 1. What is smoothing? "Smoothing" is generally used to describe spatial smoothing in neuroimaging, and that's a nice euphamism for "blurring." Spatial smoothing consists of applying a small blur

来源: http://blog.sciencenet.cn/blog-479412-572049.html,http://52brain.com/thread-15512-1-1.html SPM8允许两种FDR校验.一个是voxel-wise FDR,另一个是topological FDR. 如果要做voxel-wise FDR 校验,就把spm_defaults里的68行的defaults.stats.topoFDR 改为0. (有很多朋友下载下来的spm在处理结果是只显示FWE矫正和NOR

来源: 整理文件的时候翻到的,来源已经找不到了囧感觉写得还是不错,贴在这里保存. 近年来,血氧水平依赖性磁共振脑功能成像(Blood oxygenation level-dependent functional magnetic resonance imaging, BOLD-fMRI)技术得到极快的发展,除了与扫描硬件.扫描技术的进步有关外,更得力于以图形图像等计算机科学为核心的相关学科的支持:图像数据的后处理技术成为fMRI中的关键环节 一.功能图像数据的性质 功能磁共振数据包括解剖(结构)

course link: https://class.coursera.org/fmri1-001 Part 1  ❤ Three fundmental goals in fMRI: localization (brain mapping approach: task comparison, brain-behavior correlation, information-based mapping); connectivity (functional connectivity (seed-bas

本程序意在解释这样几个问题:完整版代码在本文的最后. 1.实验的设计如何转换成设计矩阵? 2.设计矩阵的每列表示一个刺激条件,如何确定它们? 3.如何根据设计矩阵和每个体素的信号求得该体素对刺激的敏感性? 程序详解: 1.构造hrf hrf_small = [ 0 4 2 -1 0 ]; figure(1); clf; plot(0:4,hrf_small,'o-'); grid on; xlabel('Time (in units of TRs, 4s long each)'); ylabel

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% clear all;clc; %%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%% % haemodynamic response function: BOLD signal has stereotyped shape every % time a stimulus hits it. We usually use the spm_hrf.m in S

1.02年ola是第一个应用cca在fmri激活检测上的学者. <exploratory fmri analysis by autocorrelation maximization> 2.06年川大的那位肖柯硕士论文,几乎是完全基于ola的论文,只是最后最temporal和spatial做了融合.也是用于做激活检测. <基于CCA的fMRI时空模型数据处理方法的研究> 3.02年南理工的yang jian,发表了impca,改变以前基于向量的方式,进行实验,而是直接采用图像矩阵的方

关于fmri数据分析的两大类,四种方法: 数据驱动: tca:其实这种方法,主要是提取时间维的特征.如果用它来进行数据的分析,则必须要利用其他的数据方法,比如结合ICA. ica:作为pca的一般化实现.是一种结构化的方法,就像和小波.傅立叶类似.只不过,比他们要更一般化.小波和傅立叶主要是在频率域做分析,而ica提取出的成分是统计独立的.这些成分,可以理解为本质上有是独立的成分.这就已经超越了频域相同的范畴,更加一般化了. 聚类:什么意思呢.先找指标,特征.然后,剩余的方法,就完全和老冯的属性

1.  MRI analysis tutorials:http://www.mccauslandcenter.sc.edu/CRNL/wp-content/tools/tutorial/index.html 2.  国外关于神经科学的软件库:http://neuro.debian.net/ 3.  spm主站:http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/ 4.  fsl主站:http://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/ 5. 美国某大学开始的一个公开

1.spm初学者教程:http://www.ernohermans.com/wp-content/uploads/2011/11/spm8_startersguide.pdf 2.spm官方mannual:http://www.fil.ion.ucl.ac.uk/ 在spm官网上有,spm的教程,官方mannual,以及与mannual对应的datasets. 3.利用spm做block(或者epoch)设计:http://www.mccauslandcenter.sc.edu/CRNL/wp-

计划实现功能:将STM32F103采集到的温湿度,PM2.5等数值,通过UART与ESP8266通讯,使得ESP8266对外仅充当串口功能的黑盒.ESP8266通过MTQQ发布订阅数据,设备上传.接收 阿里云的数据,通过SmartConfig配网. 用到工具和环境: 1.安信可ESP8266 IDE集成环境,https://wiki.ai-thinker.com/ai_ide_install  注:cygwin的文件已存在在下载文件中,不需要网上搜索下载.不要被链接中的内容误导 2.如何使用安信

转自莫毕业 目前,脑成像数据主要有DTI.fmri.3D三种模态.这些数据在分析前都要进行格式转换,不同公司的扫描仪存储格式也不尽相同.脑成像处理软件也很多,不同软件使用的格式也不一样,所以数据转换是脑成像数据处理的第一步,必须非常清楚.这里主要以siemens的机器为准,介绍在windowx下的MRIcron的dcm2nii转换和MRIConvert转换. 从扫描中心下载的原始数据是以dicom数据格式存在的压缩文件,解压后,得到原始文件.来自siemens的扫描仪的原始文件以“IMA”下为后

fMRI数据分析处理原理及方法 来源: 整理文件的时候翻到的,来源已经找不到了囧感觉写得还是不错,贴在这里保存. 近年来,血氧水平依赖性磁共振脑功能成像(Blood oxygenation level-dependent functional magnetic resonance imaging, BOLD-fMRI)技术得到极快的发展,除了与扫描硬件.扫描技术的进步有关外,更得力于以图形图像等计算机科学为核心的相关学科的支持:图像数据的后处理技术成为fMRI中的关键环节 一.功能图像数据的性质

背景 在学习fMRI数据处理的过程中,通过其他的资料看到了别人推荐的有用的fMRI数据处理软件和小插件,在此记录一下,以便后期慢慢学习使用. 1.NeuroImaging Analysis Kit (NIAK) fMRI数据预处理及质量控制pipeline. 2.FieldTrip 处理EEG.MEG数据的非GUI工具,实现一些高级功能如coherence analysis. 3.GLM Flex 做二次统计用,除了SPM包括的那些,还允许更多功能如三因素分析和缺失数据兼容. 4.Medical

1.libsvm数据格式 libsvm使用的训练数据和检验数据文件格式如下: [label] [index1]:[value1] [index2]:[value2] … [label] [index1]:[value1] [index2]:[value2] … label  目标值,就是说class(属于哪一类),就是你要分类的种类,通常是一些整数. index 是有顺序的索引,通常是连续的整数.就是指特征编号,必须按照升序排列 value 就是特征值,用来train的数据,通常是一堆实数组成.

最近公司需要开发一个自定义邮箱功能,上网查询一下,利用163邮箱发送邮件. 由于163 的反垃圾机制,(坑爹机制.) 一般出现 554有在1)测试中用了test,测试,关键字在主题或者内容里面. 但是我遇到的情况是这样的:相同的代码,本地环境运行能发送邮件成功(邮件内容也是一样的)而测试环境就不能. 然后我启用debug模式. EHLO tclserver-124-251-36-10.tcl.opi.com //问题在这里 ............ //里面很多内容,截取有用的部分作为说明 55