参考文章:http://weibo.com/p/23041883f77c940102vbkd?sudaref=passport.weibo.com 软件连接:https://github.com/alexdobin/STAR/ 因为不连续的转录本结构,相对短的片段长度,和测序技术持续增加的通量,高通量RNA-seq数据的准确比对是一个有挑战性且仍未解决的问题.当前可用的RNA-seq比对器遭受高比对错误率,低比对速度,片段长度限制和比对偏差.结果:为了比对我们的大量(> 800亿片段)ENCOD

sratoolkit.2.6.2-centos_linux64/bin/prefetch  下载SRA文件 fastq-dump    --split-3    SRR2923014.sra    转成fq文件

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51078460 前文 http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何採用 sra-toolkit 下载 sra 文件,可是假设你想下载整个项目的全部样本.应该如何批量下载呢.以下參考biostar站点的部分回帖.做简介. R语言 SRAdb 包 參考 https://www.biostars.org/p

本文近期更新地址: http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 随着測序技术的不断提高.二代測序数据成指数增长. NCBI提供了SRA数据库存储这些数据. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra 为了方便更好的分析这些数据,NCBI提供了下载的命令行工具:sra-toolkit. 包含下面命令: 官方文档: http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi

只要有ENA千万别用NCBI!!!! 最近开始分析网上Download的数据,一开始用人家现成的GWAS数据,后来觉得反正自己的数据到手该做的也是要做的,出来混早晚是要还的,所以就开始从头分析一些SRA的数据,我以为会很简单,事实证明是我简单了. 首先我们下了这样的一串数据,*.sra格式: -rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206512.sra -rwxrwxrwx genomics genomics 6月 : SRR1206514.sra -rwxr

System.Diagnostics.Process.Start(); 能做什么呢?它主要有以下几个功能: 1.打开某个链接网址(弹窗). 2.定位打开某个文件目录. 3.打开系统特殊文件夹,如“控制面板”等. 那么它是怎么实现这几个功能的呢?在讲应用前,我们先来看看Process.Star()的构造方法. 名称 说明 Process.Start () 启动(或重用)此 Process 组件的 StartInfo 属性指定的进程资源,并将其与该组件关联. Process.Start (Proce

NewLife.XCode是一个有10多年历史的开源数据中间件,由新生命团队(2002~2019)开发完成并维护至今,以下简称XCode. 整个系列教程会大量结合示例代码和运行日志来进行深入分析,蕴含多年开发经验于其中. 开源地址:https://github.com/NewLifeX/X(求star, 620+) 数据模型文件 数据模型文件是XCode数据库开发的中心,曾经流行和支持的DB First和Entity First,经过10多年优胜劣汰,只剩下Model First. XCode的

很多时候我们需要从GEO(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载RNA-seq数据,一个典型的下载页面是https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE76381(搜 GSE76381). 这里你会看到数据的总览: GSM2268339 1772067089_A01 GSM2268340 1772067089_A02 GSM2268341 1772067089_A03 -- Supplementary

1.prefetch SRRxxxxxx         -/ncbi/public/sra 2.fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3.SRA.SAM以及Fastq文件高速下载方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA数据库 SRA数据库: Sequence Read Archive:隶属NCBI (National Center for Biotechnology Information),它是一个保存高通量测序原始数据以及比对信息和元数据 (metad

简介 SRA数据库是美国国立卫生研究院(NIH)的高通量测序数据的主要归档,是国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列读取存档(SRA),欧洲生物信息学研究所(EBI)和DNA数据库 日本(DDBJ). 提交给三个组织中的任何一个的数据都是共享的. SRA数据库数据来自高通量测序平台(Roche 454 GSSystem®,Illumina GenomeAnalyzer®,Applied Biosystems SOLiDSystem®,HelicosHeliscope

GEO数据库 GEO数据库隶属于NCBI,是最大最全面的基因表达数据库,主要是芯片和转录组测序数据.除储存数据外,也提供一些数据挖掘工具,因此利用好这个数据库,没有实验,没有自己的数据也能发好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/   SRA文件的存放 从NCNI的这个站点(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/faspftp/)可以看出,sra原始的reads数据是在sra/sra-instant/下的,该目录下的ana

下了一些sra数据库中的公共数据,因为pretech和aspera不稳定,稍微大点的文件经常传断,部分文件我只能通过本地下载再上传. 那么问题来了,sra没有md5校验,我怎么知道我数据的完整性,尤其是通过本地下载的那些数据? 网上查了下是说,sra是自带md5校验的(The SRA archive format ("vdb") contains an md5 checksum as well as a few other consistency checks (I think). T

目录 1.Conda连接不上镜像源问题 2. aspera不能再独立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下载方法 记录下下载过程,为自己和后人避坑. 1.Conda连接不上镜像源问题 首先是anaconda安装软件或创建环境时遇到的问题.即使换完清华源和其他镜像源以后依旧报错. CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsi 尝试了很多方法:换源,删除.co

System.Diagnostics.Process.Start(); 能做什么呢?它主要有以下几个功能: 1.打开某个链接网址(弹窗). 2.定位打开某个文件目录. 3.打开系统特殊文件夹,如“控制面板”等. 那么它是怎么实现这几个功能的呢?在讲应用前,我们先来看看Process.Star()的构造方法. 名称 说明 Process.Start () 启动(或重用)此 Process 组件的 StartInfo 属性指定的进程资源,并将其与该组件关联. Process.Start (Proce

1.什么是iconfont? 说白了就是用图标制作而成的一套字体文件,本质是一个字体文件(扩展名是ttf\woff\svg的文件).它是用来制作网页常用小图标的一种方法.以下是天猫首页使用iconfont的场景: 2.用iconfont有什么优缺点? 1)文件小,以往常用的sprite图如果要放上上百个图标,那么这张图的大小可能有100k+,而上百个图标做成的iconfont文件,往往只有十几k 2)可缩放,因为是矢量的字体文件,因此不像sprite图放大到一定尺寸了图片失真严重 3)缺点:只能

1.MouseDown事件 当鼠标指针位于控件上并按下鼠标键时发生. 2.MouseUp事件 当鼠标指针在控件上并释放鼠标按键时发生. 与 mouseout 事件不同,只有在鼠标指针离开被选元素时,才会触发 mouseleave 事件. 如果鼠标指针离开任何子元素,同样会触发 mouseout 事件. 3.Process.Start()方法详解_System.Diagnostics.Process.Start()的用法 System.Diagnostics.Process.Start(); 能做

C# Process.Start()方法详解 System.Diagnostics.Process.Start(); 能做什么呢?它主要有以下几个功能: 1.打开某个链接网址(弹窗). 2.定位打开某个文件目录. 3.打开系统特殊文件夹,如“控制面板”等. 那么它是怎么实现这几个功能的呢?在讲应用前,我们先来看看Process.Star()的构造方法. 名称 说明 Process.Start () 启动(或重用)此 Process 组件的 StartInfo 属性指定的进程资源,并将其与该组件关

http://blog.csdn.net/czw2010/article/details/7896264 System.Diagnostics.Process.Start(); 能做什么呢?它主要有以下几个功能: 1.打开某个链接网址(弹窗). 2.定位打开某个文件目录. 3.打开系统特殊文件夹,如“控制面板”等. 那么它是怎么实现这几个功能的呢?在讲应用前,我们先来看看Process.Star()的构造方法. 名称 说明 Process.Start () 启动(或重用)此 Process 组件

本文转自:http://webcache.googleusercontent.com/search?q=cache:v4Sh6GlfJPYJ:blog.csdn.net/czw2010/article/details/7896264+&cd=7&hl=zh-CN&ct=clnk&gl=cn System.Diagnostics.Process.Start(); 能做什么呢?它主要有以下几个功能: 1.打开某个链接网址(弹窗). 2.定位打开某个文件目录. 3.打开系统特殊文

操作:需要用安装好的sratoolkit把sra文件转换为fastq格式的测序文件,并且用fastqc软件测试测序文件的质量 作业:理解测序reads,GC含量,质量值,接头,index,fastqc的全部报告,搜索中文教程 具体步骤 [1]SRA文件转换成fastq文件 -----单个文件转换 fastq-dump -- -O outputdir -A file1.sra -----多个文件批量转换 # .编写一个脚本 sra_to_fq.sh ` do fastq-dump -- -O ./

IO流 JAVA流式输入输出原理:可以想象成一根管道怼到文件上,另一端是我们程序,然后流的输入输出都是按照程序本身作为第一人称说明的.比如 input,对于我们程序来说就是有数据输入我们程序,output就是我们程序输出数据到文件等.对象不能搞错了,否则就南辕北辙了. 通过不同的角度对流的输入输出功能进行分类: 按数据流的方向分为:输入流和输出流 按处理数据单位不同分为:字节流和字符流(2个字节) 按功能不同分为:节点流和处理流 输入流和输出流 JAVA JDK 所提供的所有流类型位于包 jav