P1140 相似基因 (dp)
题目背景
大家都知道,基因可以看作一个碱基对序列。它包含了44种核苷酸,简记作A,C,G,TA,C,G,T。生物学家正致力于寻找人类基因的功能,以利用于诊断疾病和发明药物。
在一个人类基因工作组的任务中,生物学家研究的是:两个基因的相似程度。因为这个研究对疾病的治疗有着非同寻常的作用。
题目描述
两个基因的相似度的计算方法如下:
对于两个已知基因,例如AGTGATGAGTGATG和GTTAGGTTAG,将它们的碱基互相对应。当然,中间可以加入一些空碱基-,例如:
这样,两个基因之间的相似度就可以用碱基之间相似度的总和来描述,碱基之间的相似度如下表所示:
那么相似度就是:(-3)+5+5+(-2)+(-3)+5+(-3)+5=9(−3)+5+5+(−2)+(−3)+5+(−3)+5=9。因为两个基因的对应方法不唯一,例如又有:
相似度为:(-3)+5+5+(-2)+5+(-1)+5=14(−3)+5+5+(−2)+5+(−1)+5=14。规定两个基因的相似度为所有对应方法中,相似度最大的那个。
输入输出格式
输入格式:
共两行。每行首先是一个整数,表示基因的长度;隔一个空格后是一个基因序列,序列中只含A,C,G,TA,C,G,T四个字母。1 \le1≤序列的长度\le 100≤100。
输出格式:
仅一行,即输入基因的相似度。
输入输出样例
7 AGTGATG
5 GTTAG
14
思路:dp[i][j]表示当前i和j匹配的最优情况 我们知道有三种情况 即i与j直接匹配 i和空格匹配 j和空格匹配 我们选取这三个的最大值
#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<algorithm>
#include<iostream>
#include<string>
#include<vector>
#include<stack>
#include<bitset>
#include<cstdlib>
#include<cmath>
#include<set>
#include<list>
#include<deque>
#include<map>
#include<queue>
#define ll long long int
using namespace std;
inline ll gcd(ll a,ll b){return b?gcd(b,a%b):a;}
inline ll lcm(ll a,ll b){return a/gcd(a,b)*b;}
int moth[]={,,,,,,,,,,,,};
int dir[][]={, ,,};
int dirs[][]={, ,, ,-, ,,-, -,- ,-, ,,- ,,};
const int inf=0x3f3f3f3f;
const ll mod=1e9+;
int c[][]={ {,-,-,-,-},
{-,,-,-,-},
{-,-,,-,-},
{-,-,-,,-},
{-,-,-,-,}
};
int dp[][]; //i和j匹配的最优解
int main(){
ios::sync_with_stdio(false);
int n,m;
string a,b;
cin>>n>>a>>m>>b;
map<char,int> mm;
mm['A']=;
mm['C']=;
mm['G']=;
mm['T']=;
for(int i=;i<=n;i++)
for(int j=;j<=m;j++)
dp[i][j]=-inf;
dp[][]=;
for(int i=;i<=n;i++){
dp[i][]=dp[i-][]+c[mm[a[i-]]][]; //初始化
}
for(int i=;i<=m;i++)
dp[][i]=dp[][i-]+c[][mm[b[i-]]]; //初始化
for(int i=;i<=n;i++)
for(int j=;j<=m;j++){
dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-][j]+c[mm[a[i-]]][]); //i和空格匹配
dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i][j-]+c[][mm[b[j-]]]); //j和空格匹配
dp[i][j]=max(dp[i][j],dp[i-][j-]+c[mm[a[i-]]][mm[b[j-]]]); //i和j匹配
}
cout<<dp[n][m]<<endl;
return ;
}
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